眾所周知，《名偵探柯南》中的主線劇情就是以工藤新一為代表的紅方人員和黑衣組織對抗的故事，此次便將重點梳理柯南TV版動畫中涉及主線劇情的集數(shù)。

P.S.由于部分劇集中涉及到主線的情節(jié)過于零散，故暫不收錄。

故事的緣起

001 云霄飛車殺人事件

005 新干線大爆破事件（與漫畫劇情存在出入 可參看漫畫【033話】黑色公文包之謎）

056 電玩公司殺人事件（龍舌蘭登場）

灰原哀篇

135 黑暗組織十億元搶劫事件（宮野明美下線）

136-139 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件（灰原哀登場）

190-192 與黑暗組織的再會（啊~雪莉 / 第一次變回宮野志保）

236-238 名偵探齊聚一堂！工藤新一VS怪盜基德（首次提及烏丸蓮耶）

貝爾摩德篇

181-182 黑暗中的死角（【候選人】新出醫(yī)生初登場）

245-246 戰(zhàn)斗游戲的陷阱（【候選人】茱蒂老師初登場）

249-250 神秘的乘客（【候選人】赤井秀一初登場）

277-278 來自芝加哥的男人（詹姆斯初登場）

332-333 殘留下來的無聲證言（收到組織威脅的板倉卓）

334-336 接觸黑色組織（柯南冒充板倉卓交易險被發(fā)現(xiàn)）

365-366 隱藏在廁所中的秘密（宮野艾蓮娜的錄音帶）

371-375 與黑暗組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案（貝爾摩德身份揭曉）

376-377 找尋臀部上的記號（小哀拒絕FBI證人保護計劃）

紅與黑的對決篇

459-463 黑色沖擊！組織之手逼近的瞬間（水無憐奈初登場）

467-468 無法回頭的兩個人（本堂瑛佑初登場）

502-505 黑暗組織之影

527-528 黑色相片的下落（本堂瑛佑父親照片）

538-551 紅與黑的碰撞（水無憐奈身份揭曉）

波本篇

556 紅白黃色和偵探團（【候選人】沖矢昴初登場）

614-615 偵探團VS搶匪團（“傷疤赤井”初登場）

629-632 引發(fā)危機的紅色前兆/黑色13的暗示/步步逼近的黑色期限/搖曳的紅色目標

697-698 幽靈飯店的推理對決（【候選人】世良真純初登場）

719-720 婚禮前夕（【候選人】安室透初登場）

742-743 工藤優(yōu)作的未解決事件（沖矢昴知道柯南真實身份）

751-752 迫近灰原秘密的黑影（第二次變回宮野志保）

753-756 漆黑的神秘列車（波本身份揭曉）

緋色篇

757-758 密室中的柯南/揭開謎底的波本（安室透懷疑沉睡的小五郎）

774-775 又甜又冷的宅急便（沖矢昴、安室透出場）

783-784 現(xiàn)場的鄰人是前男友（羽田秀吉初登場）

786-787 茱蒂的回憶與賞花的陷阱（柯南與茱蒂交流情報被竊聽）

812-813 戀愛小說的意外結(jié)果（領域外的妹妹初登場）

823-824 氣氛僵硬的茶會（安室透調(diào)查楠田陸道死因）

832-836 緋色的序章/追尋/交叉/回歸/真相（安室透、沖矢昴身份揭曉）

朗姆篇（連載中）

845-846 三個第一發(fā)現(xiàn)者（朗姆身份線索）

865-867 縣警的黑暗（【候選人】黑田兵衛(wèi)初登場）

891-892 關系不好的女子樂隊（回憶中的蘇格蘭威士忌）

916-917 與17年前同樣的現(xiàn)場（羽田浩司案相關）

918-919 靈魂偵探殺害事件（琴酒最近一次出場）

921-922 背叛的舞臺（安室透與赤井秀一的恩怨來由）

936-937 漣漪中的魔法師（赤井一家）

944-945 新老師的骸骨事件（【候選人】若狹留美初登場）

949-950 隔壁的江戶式推理秀（【候選人】脅田兼則初登場）

951-952 手臂白皙的女人（朗姆三選一）

964-965 燃燒帳篷的怪物（黑田VS若狹）

998-999 尋找瑪麗亞（BOSS身份揭曉）

1009-1011 充滿謎團的雞尾酒（紅茶會談）

長野縣三人組

564-566 風林火山 迷宮的鎧甲武士/陰影與雷光的對決（大和敢助、上原由衣初登場）

608 危險的二人組

609-612 死亡之館 赤壁（諸伏高明初登場）

705-706 毒與幻的設計

807-809 紅衣女的慘劇

865-867 縣警的黑暗