大家好，番茄君又來(lái)更新嘍~今天給大家說(shuō)說(shuō)上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化吧!

1.?什么是上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化（Epithelial-Mesenchymal Transition，EMT）？

上皮細(xì)胞-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化，是指上皮細(xì)胞通過(guò)特定程序轉(zhuǎn)化為具有間質(zhì)表型細(xì)胞的生物學(xué)過(guò)程。其主要的特征有細(xì)胞黏附分子(如E-鈣黏蛋白)表達(dá)的減少、細(xì)胞角蛋白細(xì)胞骨架轉(zhuǎn)化為波形蛋白(Vimentin)為主的細(xì)胞骨架及形態(tài)上具有間充質(zhì)細(xì)胞的特征等。

2.?EMT有什么生物學(xué)意義？

通過(guò)EMT，上皮細(xì)胞失去了細(xì)胞極性，失去與基底膜的連接等上皮表型，獲得了較高的遷移與侵襲、抗凋亡和降解細(xì)胞外基質(zhì)的能力等間質(zhì)表型。EMT是上皮細(xì)胞來(lái)源的惡性腫瘤細(xì)胞獲得遷移和侵襲能力的重要生物學(xué)過(guò)程。

3.?EMT相關(guān)的生信思路有哪些？

（1）EMT相關(guān)signature：

（2）EMT相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分、預(yù)后模型：

（3）EMT與其他熱點(diǎn)關(guān)聯(lián)：

比如分析EMT相關(guān)選擇性剪切

分析缺氧、免疫和EMT相關(guān)基因：

分析EMT相關(guān)lncRNA：

4.?EMT相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)

做EMT相關(guān)的生信分析，首先要獲得EMT相關(guān)的基因集合，方法之一就是通過(guò)EMT相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)。

今天給大家介紹一個(gè)通過(guò)文獻(xiàn)匯總的和 EMT 有關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)：dbEMT2.0 (http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/index.html)。該數(shù)據(jù)庫(kù)的主要目的是通過(guò)維護(hù)一個(gè)高質(zhì)量的上皮細(xì)胞間充質(zhì)轉(zhuǎn)化基因數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)支持EMT研究，而且是免費(fèi)的哦。

目前，dbEMT通過(guò)PubMed文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)中收集了1184個(gè)與EMT相關(guān)的基因（1011個(gè)編碼基因和173個(gè)非編碼基因）。其中，173個(gè)非編碼基因中就包含了miRNAs。想了解EMT相關(guān)的miRNAs，直接搜索dbEMT即可。

（1）數(shù)據(jù)庫(kù)的首頁(yè)（HOME）展示了數(shù)據(jù)庫(kù)的概況：

（2）菜單欄“BROWSE”中的“chromosomes”可以按基因組位置瀏覽所有上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化基因：

（3）另外，數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)這 1184 個(gè)基因基于對(duì)腫瘤的作用進(jìn)行了區(qū)分：

（4）“BROWSE”中的“pathway”可以瀏覽所有EMT基因相關(guān)的KEGG路徑圖：

點(diǎn)擊某一個(gè)通路會(huì)顯示具體的通路圖，顯示EMT相關(guān)基因如何參與KEGG通路。

其中紅色矩形代表dbEMT 2.0中的EMT相關(guān)基因。該通路中剩余的綠色基因不包含在dbEMT 2.0中。

（5）QUERY中可以對(duì)基因、突變和文獻(xiàn)等進(jìn)行檢索，也可搜索上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化相關(guān)基因的途徑、疾病、相互作用因子、與上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子以及基因組位置的信息。

（6）BLAST可以對(duì)基因序列進(jìn)行比對(duì)搜索：

（7）TUTORIAL是數(shù)據(jù)庫(kù)的相關(guān)教程：

（8）DOWNLOAD中，可以下載數(shù)據(jù)庫(kù)總結(jié)的 1184 個(gè)基因和EMT相關(guān)基因的pubmed ID。

通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)可以輕松獲得EMT相關(guān)的基因集合，那么接下來(lái)做EMT相關(guān)的生信分析就水到渠成了！除了通過(guò)EMT數(shù)據(jù)庫(kù)，也可以通過(guò)分子特征數(shù)據(jù)庫(kù)獲取EMT相關(guān)基因哦~

如果你也想做另辟蹊徑、獨(dú)樹(shù)一幟的生信分析思路，或者對(duì)EMT感興趣想要設(shè)計(jì)創(chuàng)新思路的，快來(lái)咨詢(xún)番茄君吧！超多個(gè)性化、創(chuàng)新性高的分析思路供你選擇！