審稿意見-B級警報PLAT220的解決示例
案例來源：Angew. Chem. Int. Ed.?2023, e202312837.
DOI：10.1002/anie.202312837
CCDC：2290011
? ? ? ? ?
圖形用戶界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）
精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）
CIF文件下載：CCDC[3]官網(wǎng)
? ? ? ? ?
審稿意見：
Reviewer 2, Comment 9: There is still a B alert in the Check_Cif which has been commented by "Author Response: Due to disordered hexanes molecules." And authors address this in their commentation. But to me this seems to be a minor problem that can be solved with a little bit of care. Furthermore, how does squeeze - although I am not a fan of it - help here?
? ? ? ? ?
該數(shù)據(jù)B級警報如圖1所示，審稿人指的是B級警報PLAT220，而至于B級警報PLAT910，這個是數(shù)據(jù)測試收集的問題，不是靠精修來解決，審稿人當(dāng)然知道這點，所以并未對該警報提出問題。
? ? ? ? ?
? ? ? ? ?
該數(shù)據(jù)最初是筆者幫忙解析和精修的，當(dāng)時遇到上述兩個B級警報，實在沒解決，就做了上述解釋。最后還是逃不過審稿人。審稿人覺得PLAT220是個小問題，很好解決，雖然不喜歡squeeze，但還是建議試試看能否有所幫助。投稿時的數(shù)據(jù)如圖2所示。
? ? ? ? ?
假設(shè)該化合物主體結(jié)構(gòu)即為A，則該數(shù)據(jù)代表的結(jié)構(gòu)即為A·C6H14（類似于CuSO4和CuSO4·5H2O），論文作者表示元素分析是按A來計算的，而不是按照A·C6H14來計算的，確定了這一點后，筆者首先考慮PLAT220會不會是無序的正己烷占有率定高了，畢竟正己烷碳原子橢球相比于主體結(jié)構(gòu)原子而言很大（雖然游離溶劑原子橢球普遍較大），所以考慮將正己烷占有率減半，即按照A·0.5C6H14來精修，雖然正己烷原子橢球變小了，看著也舒服多了，但是B級警報PLAT220仍然存在，而且其數(shù)值不變（10.0），如圖3所示，另外R1和wR2均有所增大，這可能表明努力的方向不對。
? ? ? ? ?
而且正己烷處的電子云密度圖表明占有減半不對，該處確實應(yīng)該是1個正己烷，而不是半個正己烷，如圖4所示。
? ? ? ? ?
隨后采用審稿人建議的squeeze，不過此處用Olex2中的Solvent?Mask嘗試了一下，將溶劑正己烷遮掩掉，結(jié)果不僅PLAT220還在且數(shù)值不變，還冒出了PLAT232，如圖5所示，這表明溶劑遮掩不起作用。
? ? ? ? ?
上述嘗試表明，對于本案例中的PLAT220問題，還是沒有找到癥結(jié)所在，仔細(xì)觀察PLAT220的描述“NonSolvent Resd 1 C Ueq(max)/Ueq(min) Range 10.0 Ratio”，該警報指的是非溶劑（NonSolvent）殘基中碳原子Ueq的最大值和最小值的比值過大，其官方釋義如圖6所示。
? ? ? ? ?
看來之前疏忽了，一直在溶劑（正己烷）上努力，對象搞錯了，能有效果才有鬼了！進而仔細(xì)觀察主體結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)有一個無序的異丙基第二組分的其中一個甲基碳橢球極小，Ueq僅為0.009，如圖7所示。
? ? ? ? ?
于是在ins中添加指令“EADP C41 C41A”使C41A的各向異性位移參數(shù)（ADP）與C41的ADP相同，如圖8所示。
? ? ? ? ?
至此，找到癥結(jié)并對癥下藥后，問題得到完美解決，如圖9所示。
? ? ? ? ?
參考文獻(xiàn)
[1]?Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.?OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst.?2009,?42, 339–341.
[2]?(a) Sheldrick, G. M.?SHELXL-2019/2,?Program for Crystal Structure Refinement, University of G?ttingen, Germany, 2019.?(b) Sheldrick, G. M. A short history of?SHELX.?Acta Cryst.?2008,?A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with?SHELXL.?Acta Cryst.?2015,?C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for?SHELXL?– model, implementation and application.?Acta Cryst.?2019,?A75, 50–62.
[3]?(a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising.?Acta Cryst.?2002,?B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising.?Acta Cryst.?2016,?B72, 171–179.
