小果的單日小技巧DAY8:誰還不會450K甲基化數(shù)據(jù)的免疫浸潤分析???
爾云間? 一個專門做科研的團(tuán)隊
歡迎點贊+收藏+關(guān)注
生信人R語言學(xué)習(xí)必備
立刻擁有一個Rstudio賬號
開啟升級模式吧
(56線程,256G內(nèi)存,個人存儲1T)
450K甲基化數(shù)據(jù)是一種常用的DNA甲基化芯片,它是基于基因芯片技術(shù)開發(fā)而來的,其中包含了大量的DNA片段探針,用于檢測DNA中甲基化的CpG位點。
通過比較樣本中CpG位點的甲基化狀態(tài),可以確定不同基因或區(qū)域的甲基化水平,從而揭示甲基化與疾病的關(guān)系,如腫瘤的發(fā)生、發(fā)展等。腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤程度與某些基因的甲基化狀態(tài)有關(guān),通過對450K甲基化數(shù)據(jù)進(jìn)行免疫浸潤分析,可以了解腫瘤微環(huán)境中免疫細(xì)胞浸潤的程度和種類,并探究甲基化狀態(tài)與免疫浸潤之間的關(guān)系。
在生信云平臺【450K甲基化數(shù)據(jù)的免疫浸潤分析】上傳數(shù)據(jù),即可收獲結(jié)果。上傳數(shù)據(jù)包括:包含450K甲基化芯片分組及不同位點甲基化水平的數(shù)據(jù)文件
空間轉(zhuǎn)錄組是當(dāng)前單細(xì)胞組學(xué)研究的熱點之一,而Nature Methods也將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評為2020年度技術(shù),那我們也要跟上時代浪潮,學(xué)會空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)。
上傳文件1:Group450.csv

上傳文件2:methylation450.csv

上傳數(shù)據(jù)后等待片刻就能得到結(jié)果啦!跟著小果一起看看吧!
1、輸出結(jié)果
1.?Wilcox.result.csv(包含了經(jīng)過 Wilcoxon rank-sum test 檢驗的差異甲基化位點的統(tǒng)計信息)
2.?Immune.infiltration.result.csv(包含了不同類型免疫細(xì)胞浸潤得分)

3.?B.pdf

注:橫坐標(biāo)為分組,縱坐標(biāo)為B細(xì)胞
4.?meth.DMP.results.csv(差異甲基化位點的分析結(jié)果)

5.?Neutro.pdf

注:橫坐標(biāo)為分組,縱坐標(biāo)為中性粒細(xì)胞
6.?Eosino.pdf

注:橫坐標(biāo)為分組,縱坐標(biāo)為Eosino細(xì)胞
7.?CD4T.pdf

注:橫坐標(biāo)為分組,縱坐標(biāo)為CD4T細(xì)胞
8.?NK.pdf

注:橫坐標(biāo)為分組,縱坐標(biāo)為NK細(xì)胞
9.?CD8T.pdf

注:橫坐標(biāo)為分組,縱坐標(biāo)為CD8T細(xì)胞
10.?Mono.pdf

?注:橫坐標(biāo)為分組,縱坐標(biāo)為Mono細(xì)胞
11.?MethBeta.logistic.adj.csv(logistic回歸模型調(diào)整后的甲基化數(shù)據(jù)結(jié)果文件)

好啦,到這里全部輸出文件就介紹完畢了。
看了小果的介紹是不是想要迫不及待地試一下了呢?

“生信果”,生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復(fù)現(xiàn)、生信硬核知識技能、服務(wù)器、生物信息學(xué)的教程,以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內(nèi)容,一起見證小白和大佬的成長。