地面核大戰(zhàn)數(shù)年后，輻射塵埃逐漸落地，只有少量幾處輻射區(qū)會長期殘存。

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蒼穹空間站上的幸存者們資源幾乎耗盡，不得已分為幾個小組返回地面收集資源。

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地面的怪物因為輻射變得更加危險，蒼穹空間站上剩余的人會投擲克隆體到地面代替死亡的人，但這也加速消耗著空間站不多的資源。

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奶策劃作為地面人員的總負責人，本次行動名為“MC終末旅行”。

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眾人千辛萬苦，收集了生態(tài)圈的DNA信息、大量的礦物、食物，乘坐兩艘飛船返回蒼穹空間站。可數(shù)次核泄漏事故也加劇了地表環(huán)境的惡化，怪物們變異的更加危險……

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返回途中A飛船遭遇不明撞擊，墜落至超大城市群中，B飛船成功返回空間站，帶回了必備的資源。

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撞擊A飛船的就一個寄生蟲母巢，寄生蟲們開始侵占這個世界，而A飛船的墜毀摧毀了大多數(shù)的科技，幸存的人們只能用簡陋的武器生存下去。（以后A飛船成員簡稱A組，B飛船成員簡稱B組）

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A組成員如何在這惡劣的世界生存，詳見“MC末世生存第一季”。

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在此期間，p教授主動接受感染研究寄生蟲，終于搞清楚了寄生蟲的來源。這是一種來自外星的篩選武器，該文明隨機向各星球中投擲寄生蟲，能夠把寄生蟲全部清除地表的文明將獲得發(fā)展權，失敗的文明則會被寄生蟲占領，寄生蟲在消滅所有生命后，將把整個星球的資源匯集，方便制造者收割。

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A組成員通過在地面建造巨大的跑道，調(diào)整燈光變化，終于和空間站上的B組取得了聯(lián)系（順便賽了個馬）。

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空間站上的成員獲得消息，與A組制定了消滅寄生蟲計劃，將蒼穹空間站為依托，建設全球衛(wèi)星系統(tǒng)，同時標記寄生蟲信息，進行全球打擊。

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而為了對抗變得更加強大的寄生蟲們，受感染的pi教授通過研究獲得了強化人體的技術，A組成員變得可以飛檐走壁。

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詳見“MC末世生存第二季”。

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在此期間，主世界一度淪落，A組通過殘存的量子技術退守下界。經(jīng)過艱苦的戰(zhàn)斗，A組重新收集物資，研究出了凈化世界的方法。并在主世界的地面上建立了坐標，向空間站上傳了所有寄生蟲的生物信息。

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蒼穹空間站的人們早已部署完成全球軌道衛(wèi)星，接收到寄生蟲生物信息的瞬間，軌道衛(wèi)星發(fā)起全球打擊，消滅了所有寄生蟲。

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人類通過了篩選，pi教授和大姐頭帶著一波新人開始治愈破碎的大地……

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這一切，是真的么？

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世界上，還有最后一只寄生蟲—pi教授。

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后面的故事，詳見“MC末世生存dlc”。