最近小云在下載測序原始數(shù)據(jù)時(shí)，因?yàn)闇y序數(shù)據(jù)量多，而且服務(wù)器大多都在國外，所以下載速度特別慢，于是想要尋求高效下載的方法。經(jīng)過一番搜尋，終于發(fā)現(xiàn)一款超強(qiáng)高速下載利器，它就是Aspera！

一、為什么選用Aspera

在我們下載測序數(shù)據(jù)的時(shí)候，通常使用 sra-tools 中的 prefetch 功能來下載測序數(shù)據(jù)。該工具可以通過 SRR 號從 NCBI 的 SRA 數(shù)據(jù)庫中下載 SRA 文件。但是，使用這種方法下載速度會有所限制，并且需要額外的步驟將 SRA 文件轉(zhuǎn)化為 FASTQ 文件。此外，該過程中還會消耗大量時(shí)間和計(jì)算資源。因此，我們選用Aspera軟件，從EBI（European Bioinformatics Institute）的ENA(European Nucleotide Archive)數(shù)據(jù)庫直接下載FASTQ格式文件。這樣做的好處是使得下載速度有了很大程度上的提升。

二、Aspera的下載和安裝

在這里，小果推薦使用conda安裝，因?yàn)檫@是最為簡單方便的方法，具體的步驟如下：

#激活conda環(huán)境
conda activate rna

#安裝apsera
conda install -c hcc aspera-cli

按照上述的步驟，首先我們要先激活conda的環(huán)境，然后使用conda命令進(jìn)行安裝，如圖所示，在出現(xiàn)了Proceed([y]/n)?，即是否繼續(xù)安裝時(shí)候，輸入"y"字符，即可繼續(xù)安裝。

在這里需要注意的是安裝完成后需打開提供的鏈接點(diǎn)擊“submit”，同意軟件條款。

之后，我們可以檢查看看是否安裝成功，通過輸入ascp -h，有輸出幫助文檔的話，則代表安裝成功

?

二、通過EBI搜索Aspera下載鏈接

在這里我們先打開ENA網(wǎng)站（https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home），它是一個(gè)歐洲核苷酸存儲庫，是世界上最大的公共核酸序列數(shù)據(jù)庫之一。該數(shù)據(jù)庫收集、存儲和分發(fā)來自全球各地的核酸序列和相關(guān)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，包括DNA、RNA和原核生物的基因組數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)等。

在如圖的步驟一中搜索BioProject或SRR編號（如：PRJNA812958或SRR18231894），找到所需的項(xiàng)目或SRA數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊“Show Column Selection”勾選sra_aspera信息，然后直接點(diǎn)擊復(fù)制SRA Aspera下載地址，或者在步驟二中下載TSV文件獲取SRA Aspera下載地址，其中最后一列的紅色箭頭即為Aspera下載地址信息。

如圖所示，我們可以看到下載好PRJNA812958的tsv文件

三、利用SRR號批量下載FASTQ數(shù)據(jù)或SRA數(shù)據(jù)

當(dāng)然，如果已經(jīng)獲取到 SRR 號，我們還可以通過腳本直接下載對應(yīng)的數(shù)據(jù)，無需訪問 EBI 網(wǎng)站以獲取鏈接。

首先我們先來看看如何下載單個(gè)數(shù)據(jù)：

ascp ?-vQT -l 50m -P33001 -k 1 -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR182/094/SRR18231894 ?./

·?ascp：Aspera Connect 工具的命令名稱。

·?-v：啟用詳細(xì)模式，顯示實(shí)時(shí)狀態(tài)和統(tǒng)計(jì)信息。

·?-QT：禁用傳輸窗口，以提高文件傳輸速度。

·?-l 50m：設(shè)置每個(gè)數(shù)據(jù)塊的大小為 50 MB。

·?-P33001：指定服務(wù)器的端口號為 33001。

·?-k 1：開啟加密傳輸模式，并使用默認(rèn)的安全密鑰。

·?-i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh：指定 Aspera Connect 工具所使用的私鑰。

·?era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR182/094/SRR18231894：指定要下載的 SRA 文件所在的服務(wù)器地址和路徑。

·?./：指定下載文件的保存路徑，即當(dāng)前目錄。

在執(zhí)行了以上命令之后，該命令就會使用 Aspera Connect 工具下載指定的 SRA 文件到當(dāng)前目錄中。在執(zhí)行該命令前，需要確保已經(jīng)在本地計(jì)算機(jī)上安裝了 Aspera Connect 工具，并且具備訪問遠(yuǎn)程服務(wù)器的權(quán)限。

接下來看看批量下載數(shù)據(jù)：

我們將搜索得到的Aspera下載地址（如上圖中的tsv文件的高亮部分）存入“aspera_links.txt”文件。運(yùn)行以下命令進(jìn)行批量下載：

cat aspera_links.txt | while read x; do ascp -vQT -l 50m -P33001 -k 1 -i ~/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@$x ?./; done

因此，在執(zhí)行完該命令之后，將會循環(huán)讀取 aspera_links.txt 文件中的每個(gè)鏈接，將鏈接作為服務(wù)器地址，然后使用 Aspera Connect 工具下載對應(yīng)的 SRA 數(shù)據(jù)文件到當(dāng)前目錄中。

需要注意的地方是，我們在這里下載的SRA文件沒有.sra后綴，格式轉(zhuǎn)換前需要先改名：

cat SRR_Acc_List.txt | while read x; do mv $x $x.sra; done

在執(zhí)行完該命令之后，將會循環(huán)讀取 SRR_Acc_List.txt 文件中的每個(gè)文件名，將文件名添加 .sra 擴(kuò)展名，并將原來的文件名改為新名稱。

好啦，以上就是對Aspera的一個(gè)基礎(chǔ)介紹啦！大家可以在自己的虛擬機(jī)或者服務(wù)器上面使用conda下載好Aspera，然后使用對應(yīng)的指令對測序原始數(shù)據(jù)進(jìn)行下載吧！相信效率和之前相比也會大幅度提升呢！