如何從Nature文章思考并形成我們自己的生信分析思路？這套獨家秘笈輕易不外傳！

2022-09-18 12:54 作者:爾云間 0人讀過 | 我要投稿

你是否曾想過發(fā)表一篇Natrue級別的文章？

即使不能立即實現(xiàn)，也可以向著這個目標努力。

比如從Natrue文章衍生出一篇生信分析思路！

想必資深粉絲都知道，小云的公司不僅具有專業(yè)的云生信團隊，還有一系列培訓(xùn)課程，教大家了解最新的科研熱點和課題設(shè)計思路。也就是說你們從生信分析角度入手了一篇文章，還可以知道如何延伸形成后續(xù)的課題。

那么如果反向操作是否可行呢？

當(dāng)然可以！小云今天就教你如何從Nature文章思考并形成我們自己的生信分析思路！

2021年11月Natrue上的一篇研究發(fā)現(xiàn)免疫B細胞能夠分泌代謝物γ-氨基丁酸 (GABA)。GABA是大腦中的神經(jīng)遞質(zhì)，在神經(jīng)發(fā)育中起著關(guān)鍵作用，它與某些神經(jīng)系統(tǒng)疾病有關(guān)。但這篇研究中發(fā)現(xiàn)B細胞釋放的GABA能促進單核細胞分化成分泌IL-10的抗炎巨噬細胞、降低了腫瘤浸潤CD8+T細胞的數(shù)量，抑制CD8+T細胞殺傷腫瘤的功能、調(diào)節(jié)抗腫瘤免疫，促進腫瘤生長。

然后，2022年Nature子刊nature cell biology的另一項研究表明，結(jié)腸癌及肺癌細胞也可以分泌神經(jīng)遞質(zhì)GABA，并促進腫瘤生長，抑制腫瘤免疫。

這兩篇研究說明腫瘤細胞和免疫細胞也能分泌神經(jīng)遞質(zhì)，并發(fā)揮作用。神經(jīng)遞質(zhì)通過與其受體結(jié)合發(fā)揮功能，而且腫瘤細胞和免疫細胞上也廣泛表達神經(jīng)遞質(zhì)受體。那么生信分析的思路就來了，我們可以做神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)基因的生信思路呀！于是小云搜索后，發(fā)現(xiàn)了一篇最近發(fā)表的神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)的生信文章：

發(fā)表時間：2022年8月

發(fā)表雜志：Frontiers in cell and developmental biology

影響因子：6.081

文章題目：綜合分析確定神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)基因作為肝細胞癌預(yù)后和治療的生物標志物

數(shù)據(jù)信息

研究思路

大家千萬不要被看似復(fù)雜的分析流程圖嚇到，其實分析內(nèi)容很簡單：ICGA數(shù)據(jù)作為內(nèi)部驗證，TCGA數(shù)據(jù)作為外部驗證，9例臨床樣本數(shù)據(jù)作為驗證數(shù)據(jù)。然后均基于神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)基因（NRGs）建立的風(fēng)險評分進行分組，分析差異表達基因和信號通路。然后，使用ROC分析和nomogram預(yù)測模型檢驗?zāi)Ｐ驮\斷的有效性。最后基于9個DEGs預(yù)測潛在的靶向藥物。

主要研究結(jié)果

1.基于神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)基因（NRGs）構(gòu)建風(fēng)險評分

ICGC-LIRI-JP數(shù)據(jù)集分析了115個神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)基因(NRGs)對HCC患者預(yù)后的影響，其中9個NRGs與患者的預(yù)后相關(guān)（圖2A）。利用LASSO回歸模型建立了基于9個NRGs的風(fēng)險評分。根據(jù)風(fēng)險評分，將HCC患者分為兩組，生存曲線顯示風(fēng)險評分越高的患者生存期（OS）越短(圖2E)。ROC分析表明，該風(fēng)險評分模型可以有效預(yù)測患者的生存 (圖2F)。

圖2.基于神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)基因（NRGs）構(gòu)建風(fēng)險評分

2.在TCGA-LIHC數(shù)據(jù)集和臨床HCC樣本中驗證了風(fēng)險評分的有效性

外部驗證數(shù)據(jù)集和臨床樣本數(shù)據(jù)同樣根據(jù)風(fēng)險評分，將HCC患者分為兩組，篩選差異表達基因(DEGs)，利用基因本體(GO)分析DEGs的功能富集，并識別潛在的信號通路。從ICGC-LIRI- JP數(shù)據(jù)集和TCGA-LIHC數(shù)據(jù)集共篩選出447個相互的DEGs(圖3A)。PPI網(wǎng)絡(luò)揭示了相互的DEGs之間的聯(lián)系，以及一些關(guān)鍵蛋白 (圖3B)。