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迪贏生物提供化學(xué)合成5’-rApp修飾服務(wù)

2023-03-21 14:32 作者:上海迪贏生物  | 我要投稿

什么是5’-rApp?

5’-rApp是指含有5’5’?腺苷焦磷酸基帽的核酸,具有高能焦磷酸鍵,是一種活化形式的核酸分子。5‘-腺苷酰化修飾的寡核苷酸可以在不依賴ATP的情況下連接到不同序列的3’OH端,常用做3‘端為羥基的miRNA或單鏈DNA文庫(kù)構(gòu)建時(shí)的3’接頭,減少分子間的自連。


迪贏生物提供5’腺苷?;揎?/strong>

目前rAppDNA合成方式有兩種:酶法合成和化學(xué)合成。其中酶法合成步驟復(fù)雜,需要在酶的作用下將ATP分解成AMP和PPi,然后將AMP轉(zhuǎn)移到寡核酸5‘磷酸基團(tuán)上,生成腺苷?;a(chǎn)物。而化學(xué)合成,通過(guò)化學(xué)反應(yīng)將rApp修飾連接到寡核苷酸5‘端,無(wú)需酶和ATP的參與。具有純度高、成本低等優(yōu)勢(shì)。

迪贏生物基于專業(yè)的核酸化學(xué)科學(xué)家團(tuán)隊(duì)的研發(fā)和成熟穩(wěn)定的合成純化生產(chǎn)平臺(tái),現(xiàn)提供5‘腺苷?;揎?,可化學(xué)合成5’腺苷?;疧ligo,用于下游miRNA建庫(kù)等相關(guān)場(chǎng)景。


高純度 高質(zhì)量

迪贏生物自主合成的rApp腺苷?;怂?,經(jīng)過(guò)質(zhì)譜檢測(cè)和HPLC純化,合成產(chǎn)物具有純度高、準(zhǔn)確率高的特點(diǎn)。


Mass質(zhì)譜

HPLC高效液相


rApp在miRNA文庫(kù)構(gòu)建中的應(yīng)用

體內(nèi)miRNA較短(21-23nt),具有5'-磷酸和3'-OH末端。因此使用T4 RNA連接酶和ATP將接頭連接到miRNA末端會(huì)發(fā)生miRNA自連接。5'-App修飾的接頭可以很好的解決這個(gè)問(wèn)題,通過(guò)使用RNA連接酶在不存在ATP的情況下將5'-App修飾的接頭連接到miRNA的3'-OH端,而不能將一個(gè)RNA的5'端與另一個(gè)RNA的3'端連接,從而避免了 RNA分子間的自連,減少了文庫(kù)中RNA嵌合體的存在。


rApp的其他應(yīng)用

核酶/脫氧核酸酶體外選擇的活化核酸底物

在RNA結(jié)構(gòu)功能研究中通常需要結(jié)合位點(diǎn)特異性修飾。然而,由于這種修飾目前不可能通過(guò)體外轉(zhuǎn)錄方法實(shí)現(xiàn),因此必須將修飾的化學(xué)合成RNA寡核苷酸和RNA轉(zhuǎn)錄物的各種組合連接在一起,以產(chǎn)生所需的長(zhǎng)的修飾RNA分子。含有所需位點(diǎn)特異性修飾的5'-App寡核苷酸可作為開(kāi)發(fā)核糖/脫氧核糖酶的體外選擇和隨后構(gòu)建用于結(jié)構(gòu)功能研究的特定長(zhǎng)RNA的活化底物。


活化5‘端富含嘧啶的RNA

在5'端富含嘧啶的RNA通常很難甚至不可能用噬菌體聚合酶在體外轉(zhuǎn)錄。因此,獲得5'-磷酸化的富含嘧啶的RNA,從而適合于連接,是一項(xiàng)重大挑戰(zhàn)。這種RNA分子的5'-腺苷酸化可能是激活它們進(jìn)行連接的可行策略。


5’標(biāo)記

連接到寡聚物上的腺苷酸基團(tuán)包含核糖2',3'-二醇部分,可使用高碘酸鈉氧化為醛。因此,5’-App核酸在這種氧化后,可以通過(guò)醛的還原胺化在5’端用熒光染料或其他生物物理探針標(biāo)記。這種標(biāo)記策略可用于在不可能或不希望使用固相合成插入特定的5’端修飾的情況。



【參考文獻(xiàn)】

[1]?Chiuman W , ?Li Y . Making AppDNA using T4 DNA ligase[J]. Bioorganic Chemistry, 2002, 30(5):332-349.

[2]?Dai Q , ?Saikia M , ?Li N S , et al. Efficient chemical synthesis of AppDNA by adenylation of immobilized DNA-5'-monophosphate.[J]. Organic Letters, 2009, 11(5):1067-70.


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