碩士、博士畢業(yè)忙，需要文章愁斷腸？

實驗不順很慌張

莫慌莫慌，還有生信來幫忙

小云這里有推薦，各種思路齊登場

今天分享“雙疾病”

還是Frontiers 8+文章

這個套路很easy

學習起來真的棒

換倆疾病就能發(fā)文

看看這個思路香不香

下面說正文兒

小云的順口溜說的怎么樣（ps：肚子里的墨水都用光了，才湊了這幾句詞），這可是很多碩博士畢業(yè)前的一座大山，現(xiàn)在有了生信這條路，實驗不順咱們生信頂上，照樣畢業(yè)！

下面說說今天分享的這個“雙疾病生信分析”套路，分析手段都是比較常規(guī)的方法，也比較好復現(xiàn)，還能發(fā)表到Frontiers 8+的期刊上（Frontiers系列對生信文章比較友好，就是版面費有點貴，想發(fā)高分的可以沖一波試試），性價比相當高?。?strong>需要復現(xiàn)或定制分析思路的朋友歡迎call小云，風里雨里小云公眾號等你！

發(fā)表時間：2022年6月

發(fā)表雜志：Frontiers in Immunology

影響因子：8.786

文章題目：以 S100A8、S100A9、S100A12 和 CXCR2 上調(diào)為特征的中性粒細胞浸潤與克羅恩病和外周動脈疾病的同時發(fā)生有關

研究背景

克羅恩病（CD）與外周動脈疾?。≒AD）密切相關。CD和PAD共存的病理生理機制尚不清楚。本研究的目的是通過對公共 RNA 測序數(shù)據(jù)庫的生物信息學分析，研究介導 CD 和 PAD 同時發(fā)生的關鍵分子和途徑。

數(shù)據(jù)來源

主要結果

1. 共同差異基因的識別

使用 edgeR 包在 GSE111889數(shù)據(jù)集中篩選了 850 個 DEG，在GSE120642數(shù)據(jù)集中篩選得到 433 個 DEG。取維恩圖的交集后，共識別出 63 個共同的 DEGs，其中54個表達趨勢相同。

2. GO 和 KEGG 通路分析

為了進一步探索這些共同DEGs 的潛在生物學信息，使用 R 包中的“cluster profiler”包進行 GO 分析和 KEGG 通路富集。GO-BP顯示DEGs主要富集于中性粒細胞趨化性、中性粒細胞遷移和粒細胞趨化性。

3. 共同DEGs的PPI網(wǎng)絡構建和hub基因鑒定

為了進一步揭示共同DEGs編碼的蛋白質(zhì)之間的潛在關系并識別hub基因，通過STRING篩選DEGs的PPI網(wǎng)絡，利用Cytoscape的插件MCODE進行模塊分析以檢測關鍵的聚類模塊。使用4種拓撲分析算法MCC、MNC、Degree和EPC預測和探索PPI網(wǎng)絡中前15個重要的hub基因，四種算法得到的 15 個基因的交集共獲得了13個候選hub基因。在GSE95095和 GSE134431數(shù)據(jù)集中進行了表達驗證，發(fā)現(xiàn)CD 和 PAD 中只有4個hub基因顯著上調(diào)，分別是 S100A8、S100A9、S100A12 和 CXCR2。

4. Hub基因的功效評價與PPI構建

使用 R 語言中的 pROC 包，在4個數(shù)據(jù)集中繪制 ROC 曲線以及4個hub基因的表達情況，以評估診斷特征的準確性。GeneMANIA 對4個hub基因及其 20 個相互作用基因進行了 PPI 分析，以預測共定位、共享蛋白質(zhì)結構域、共表達、預測和通路之間的相關性，網(wǎng)絡顯示這些基因在粒細胞趨化性、髓系白細胞遷移、粒細胞遷移、中性粒細胞遷移、白細胞趨化和白細胞遷移中富集。

5. Hub基因與免疫浸潤之間的關聯(lián)

基于GeneMANIA生物學功能分析結果，通過Spearman相關分析分析4個hub基因與23個免疫細胞的關系，發(fā)現(xiàn)4個hub基因與中性粒細胞均顯示出顯著相關性。為了確定hub基因?qū)χ行粤＜毎臐撛诠δ?，進行了GSEA 以識別hub基因高表達組和低表達組之間的差異調(diào)節(jié)通路，以確定 PAD 和 CD 中激活的信號通路。發(fā)現(xiàn)中性粒細胞活化、中性粒細胞趨化性、中性粒細胞遷移等通路的激活與4個hub基因的高表達密切相關。

文章小結

看完這篇文章是不是發(fā)現(xiàn)并沒有什么高難度分析手段，簡簡單單常規(guī)分析也可以發(fā)文，關鍵得選好方向，目前看來，雙疾病關聯(lián)分析是個好思路，非腫瘤疾病之間可以用，非腫瘤和腫瘤間可以用，原發(fā)疾病和并發(fā)癥之間可以用，可謂用途相當廣泛。并且多個疾病就能多些數(shù)據(jù)集，數(shù)據(jù)多了才能做更多的分析內(nèi)容，這是個良性循環(huán)，所以綜合來講，雙疾病方向是一片藍海，廣闊天地大有作為?。∮邢敕ǖ呐笥驯M快上車，一個方向一旦火爆起來，發(fā)文競爭力可就大多了，時不我待呀！