疫情又開新局了，小云想去的地方無一幸免，西北大環(huán)線也別想了！調(diào)好的假也不用休了，生無可戀~

唉，既然都出不去了，那只能假裝沒想出去浪（我好難···）

來來來，干活，繼續(xù)找思路！書歸正傳哈，之前分享的單基因分析的套路都是用的RNA-seq數(shù)據(jù)，有粉絲朋友問“手頭有個基因，能不能用單細胞數(shù)據(jù)做生信分析？”這·····（尷尬中）

小云一時還真沒回答上來，畢竟之前沒推薦過這種思路嘛~不過，不怕，咱可是平平無奇找思路小能手，這不就找到了1篇5.7分的用單細胞數(shù)據(jù)和bulk-RNA數(shù)據(jù)聯(lián)合做單基因分析的文章，剛找到就趕緊給大家分享一下，有好東西小云真是一會都藏不住，小伙伴們快出來看好思路啦~?~ ~

坐等來撩！對此思路有意向的小伙伴，歡迎找我們云生信團隊復(fù)現(xiàn)思路哦，總有一款創(chuàng)新性思路適合你！

文章題目：Plac1 重塑腫瘤免疫逃避微環(huán)境并預(yù)測頭頸部鱗狀細胞癌的治療反應(yīng)

發(fā)表雜志：Frontiers in Oncology

影響因子：IF=5.738

發(fā)表時間：2022年6月

研究背景

頭頸部鱗狀細胞癌（HNSCC 或 HNSC）是全球第六大常見癌癥。Plac1屬于癌癥/睪丸抗原 (CTA)家族，在 HNSC 的惡性細胞中高度表達。然而，plac1 在 HNSC 中的生物學(xué)功能和預(yù)后價值仍不清楚。

數(shù)據(jù)來源

研究內(nèi)容及主要結(jié)果

1. Plac1在HNSC中的表達模式和預(yù)后分析

利用TCGA數(shù)據(jù)庫中HNSC和子宮癌肉瘤腫瘤和正常組織的RNA-seq數(shù)據(jù)分析plac1的表達。使用了單細胞 RNA 測序數(shù)據(jù) ( GSE103322 )，進行了UMAP降維分析，并根據(jù) plac1 表達水平標記了細胞。在 TCGA-HNSC 隊列中將患者分為陽性或陰性 plac1 表達，并進行KM分析plac1 表達與生存預(yù)后的相關(guān)性。

2. Plac1的生物學(xué)功能分析

對plac1陽性和陰性表達患者，使用了 edgeR 和 DEseq2 R 包對RNA-seq 數(shù)據(jù)進行差異基因分析，并對差異基因進行GO和KEGG功能富集分析。對單細胞數(shù)據(jù)集GSE103322中的 plac1 陽性細胞與也進行 KEGG 通路分析，對plac1 陽性和 plac1 陰性細胞進行 p-EMT 特征富集分析。

3. Plac1 與 HNSC 中的非炎癥性腫瘤微環(huán)境有關(guān)

利用GSEA對plac1 陽性和 plac1 陰性樣本之間差異基因中免疫相關(guān)標志的基因集進行富集分析。通過 MCP、CIBERSORT和 TIMER XCELL等幾種反卷積方法估計浸潤性免疫細胞群的豐度。利用R 包“ESTIMATE”估計樣本的免疫評分、腫瘤純度和基質(zhì)評分。

基于單細胞測序數(shù)據(jù)，比較了 plac1 陽性樣本和 plac1 陰性樣本的 TME 成分，并對plac1 陽性細胞中的基因進行GO 分析，發(fā)現(xiàn)在 plac1 陽性樣本中成纖維細胞和肌成纖維細胞明顯更豐富。

4. Plac1 和新基因特征在免疫治療反應(yīng)中的預(yù)測作用

接下來，在免疫治療隊列中檢驗了 plac1 對 ICB 治療的預(yù)測作用，發(fā)現(xiàn)無應(yīng)答者的 plac1 表達水平顯著增加，并且plac1 陽性患者的總生存率低于 plac1 陰性患者。

隨后計算了 TCGA-HNSC 數(shù)據(jù)集中 plac1 表達與免疫抑制或免疫刺激相關(guān)基因之間的 Pearson 相關(guān)性，篩選plac1 共表達免疫基因。這些基因被進一步用于單變量和多變量Cox回歸分析，最終保留 15 個基因用于風(fēng)險評分模型構(gòu)建，最后利用KM生存曲線和ROC曲線在TCGA-HNSC 隊列和ICB 隊列中評估風(fēng)險評分模型對免疫治療的臨床反應(yīng)和患者存活率的預(yù)測效果。

文章小結(jié)

這篇文章利用scRNA-seq數(shù)據(jù)和bulk RNA-seq數(shù)據(jù)來進行單基因分析，思路比較新穎，不同于以往的常規(guī)套路，但同時分析的復(fù)雜度稍高。（不過這點生信小白也不用怕，畢竟思路創(chuàng)新性才是王者嘛，分析復(fù)雜一些也會提高文章的質(zhì)量，分析搞不定可以找小云呀，專業(yè)的“云生信團隊”來幫你解決技術(shù)問題）整個分析內(nèi)容和創(chuàng)新性發(fā)到5.7分的雜志算是相當輕松的，這個思路還可以沖擊更高分，也期待我們的粉絲朋友能用上這個思路發(fā)高分文章！