【醫(yī)學(xué)生學(xué)R語言】箱式圖、小提琴圖、氣泡圖代碼
【醫(yī)學(xué)生學(xué)R語言系列】
1 我的認識：BV1Tg4y187ge
2 基礎(chǔ)知識：BV1qK411771x
3 散點圖：BV1GQ4y1M7ne? BV17e411x77q
4 分面：BV1hV411f7o9
5 曲線圖：BV1mK4y1C7n4
6 柱形圖：BV1B541167kU
7 圖形位置：BV1Pc411h7mR
8 坐標(biāo)軸：BV1vk4y1d73c
9 主題、標(biāo)尺：BV1JC4y1s7FT
10 箱式圖、小提琴圖：
11 氣泡圖：
箱式圖
> library(ggplot2)
> setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\教程文件夾")
> mydata= read.csv("boxplot.csv",row.names = 1)
> ggplot(mydata) +
? ? aes(x = Group, y = Level) +?
? ? geom_boxplot(alpha = .25,notch = TRUE)+
? ? geom_jitter(alpha = .5,?
? ? ? ? ? ? ? ? height = 0,?
? ? ? ? ? ? ? ? width = .25) +
? ? aes(color = Group, fill = Group) +
? ? scale_color_manual(values =?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? c("blue", "red")) +
? ? scale_fill_manual(values =?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? c("blue", "red")) +
? ? theme_bw() +
? ? labs(title = "關(guān)注B站UP主--小猴子_愛你呀呀") +
? ? labs(subtitle = "一鍵三連哦") +
? ? labs(caption = "233333")
小提琴圖
> library(ggplot2)
> setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\教程文件夾")
>?mydata= read.csv("boxplot.csv",row.names = 1)
> ggplot(mydata) +
? ? aes(x = Group, y = Level) +?
? ? geom_violin(alpha = .25, draw_quantiles = c(0.25, 0.5, 0.75))?
? ? geom_jitter(alpha = .5,?
? ? ? ? ? ? ? ? height = 0,?
? ? ? ? ? ? ? ? width = .25) +
? ? aes(color = Group, fill = Group) +
? ? scale_color_manual(values =?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? c("blue", "red")) +
? ? scale_fill_manual(values =?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? c("blue", "red")) +
? ? theme_bw() +
? ? labs(title = "關(guān)注B站UP主--小猴子_愛你呀呀") +
? ? labs(subtitle = "一鍵三連哦") +
? ? labs(caption = "233333")
氣泡圖
> library(ggplot2)
> setwd("E:\\R")
> mydata = read.table("R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")
> ggplot(mydata) +
? ? aes(x = richFactor, y = Pathway) +?
? ? geom_point() +
? ? aes(size = R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)) +
? ? scale_colour_gradient(
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?low="green",high="red") +
? ? theme_bw() +
? ? labs(title="Top20 of pathway??
? ? ? ? enrichment", color=expression(-
? ? ? ? log[10](Qvalue)),size="Gene?
? ? ? ? number",x="Rich factor",y="Pathway?
? ? ? ? name")
祝作圖順利?。“琢藗€白~~
