開始先看兩張圖吧（看圖片猜問題）：

圖1. 一張miRNA-mRNA關系圖，圖中紅色三角形表示上調miRNA，綠色倒三角表示下調miRNA (注意看我用紅色框標注的部分)。

再來看第二張圖，這是同一篇文章的qCPR驗證結果。

有沒有發(fā)現(xiàn)點問題呢？

框出來的這部分，生信結果和qCPR驗證結果是不一致（相反）的（有興趣的同學可以去看下原文doi: 10.23812/21-265-A）。這篇文章里沒有解釋這個問題（可能審稿人看漏了），但是你也運氣這么好的嗎？

相信很多科研工作者在研究中都遇到過做完qCPR實驗后發(fā)現(xiàn)結果和生信預測的不一致，部分科研工作者可能會堅持自己的實驗和分析都沒有問題就這么投出去了。但是之后往往會收到審稿人的靈魂拷問，“為什么不一致？如果不一致的話那你哪個結果是可信的（言外之意，你這研究有啥意義？）？

”通常來說，RNA-seq的靈敏度并不如qCPR高，但是這并不代表RNA-seq的結果就不可信。實際上RNA-seq和qCPR的結果都是可信的。下面就來看一下具體原因吧：

1.????? RNA-seq幾乎覆蓋基因的外顯子區(qū)域，因此獲得的基因表達量實際上綜合考慮了該基因所有外顯子區(qū)域的表達水平。而qCPR的定量是在局部區(qū)域設計引物并擴增，并不會考慮到基因全長。上述原因就會導致兩種檢測結果不一致的情況（但是兩種方法的結果都是正確的）。

2.????? 目前的測序技術都是將基因打斷成小片段，最后再重新組裝的。重新組裝會存在組裝正確性的問題，如果比較相似性很高的基因那么轉錄組數(shù)據出現(xiàn)問題的可能性也就比較大了。

還有哪些原因會導致qPCR與生信預測的結果不一致呢？

篇幅有限，來這里看更多救命原因！