單細(xì)胞測序樣本處理指南(四)- 組織樣本的速凍保存和運(yùn)輸(用于提核)

速凍保存的組織樣本適用于單細(xì)胞核的抽提實(shí)驗(yàn),高質(zhì)量的單細(xì)胞核,可用于隨后的單細(xì)胞核測序(snRNA-Seq)以及單細(xì)胞染色質(zhì)可及性測序(scATAC-Seq)等實(shí)驗(yàn)。如因?qū)嶒?yàn)時(shí)間或?qū)嶒?yàn)條件所限,不能立即進(jìn)行單細(xì)胞核抽提實(shí)驗(yàn),可選擇將組織樣本進(jìn)行速凍保存和運(yùn)輸。
一、動(dòng)物組織樣本的速凍保存
???將動(dòng)物組織樣本(保證每份樣本濕重>100mg)放入盛有預(yù)冷的PBS的培養(yǎng)皿中,反復(fù)潤洗以去除組織表面的筋膜和血塊。最后用干凈紗布或吸水紙吸干液體(防止液體在組織表面形成冰晶),注意操作迅速,全程保持在冰上操作。
???將動(dòng)物組織樣本放入事先做好標(biāo)記的凍存管(管壁與管蓋上都做好標(biāo)記),立即投入液氮速凍2min以上,隨后可置于-80℃短暫保存(1周內(nèi))。
???將裝有樣本的凍存管轉(zhuǎn)移至液氮中長期保存,并記錄相應(yīng)樣本信息和凍存位置信息。
???速凍保存的組織樣本:建議置于干冰環(huán)境中維持冷凍運(yùn)輸(-78℃),寄送前請(qǐng)先預(yù)估運(yùn)輸時(shí)間,確保運(yùn)輸過程中保留有足夠干冰,運(yùn)輸過程中注意做好緩沖保護(hù)。
二、植物組織樣本的速凍保存
?? 選取生長狀態(tài)良好,幼嫩部位的植物組織(保證每份樣本>1g),放入盛有預(yù)冷ddH2O的培養(yǎng)皿中,反復(fù)潤洗以去除組織表面的泥土等雜質(zhì)。最后用干凈紗布或吸水紙吸干液體(防止液體在組織表面形成冰晶),注意操作迅速,全程保持在冰上操作。
?? 將組織樣本放入事先做好標(biāo)記的凍存管(管壁與管蓋上都做好標(biāo)記),立即投入液氮速凍2min以上,隨后可置于-80℃短暫保存(1周內(nèi))。
?? 將裝有樣本的凍存管轉(zhuǎn)移至液氮中長期保存,并記錄相應(yīng)樣本信息和凍存位置信息。
?? 速凍保存的組織樣本:建議置于干冰環(huán)境中維持冷凍運(yùn)輸(-78℃),寄送前請(qǐng)先預(yù)估運(yùn)輸時(shí)間,確保運(yùn)輸過程中保留有足夠干冰,運(yùn)輸過程中注意做好緩沖保護(hù)。
三、速凍樣本的注意事項(xiàng)
???需保證組織狀態(tài)良好,離體后立即速凍,并且保存和運(yùn)輸條件良好。
???珍貴樣本可以減少用量,但每份樣本量至少要保證能獲得10萬個(gè)細(xì)胞核。
???為確保實(shí)驗(yàn)順利進(jìn)行,推薦每個(gè)樣本準(zhǔn)備3份,每份單獨(dú)分裝,一份為預(yù)實(shí)驗(yàn)樣本,因?yàn)椴煌锓N、不同組織的實(shí)驗(yàn)參數(shù)需要優(yōu)化;一份為正式實(shí)驗(yàn)樣本;一份為備份。?
?? 請(qǐng)同時(shí)在管壁與管蓋上標(biāo)記樣品信息,并且標(biāo)記清晰。
?? 為避免速凍的離心管在運(yùn)輸過程中破碎,建議使用凍存管運(yùn)輸。如使用1.5mL離心管,請(qǐng)確保其質(zhì)量良好,或者運(yùn)輸時(shí)將1.5mL離心管裝入15mL離心管中。
?? 對(duì)生物樣本進(jìn)行速凍過程中,會(huì)頻繁使用液氮。請(qǐng)佩戴護(hù)目鏡等安全保護(hù)措施,并避免液氮飛濺潑灑,以免燙傷。