上半部分：

21：20，3606在跌進(jìn)12號站的會議室后，馬特的廣播便開始引導(dǎo)他前往4號站。與此同時(shí)，安全部加緊封鎖12號站其他所有出入口，準(zhǔn)備甕中捉鱉。而馬特得到了基地高層的授權(quán)，派遣科研小組前往E區(qū)的廢棄筒倉進(jìn)行傳送門再構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)。

與此同時(shí)，加納利的敢死隊(duì)找到了即將被攻破的克勞德等人的避難所，并將所有人成功救出了污染區(qū)。加納利剛安頓好幸存者，就又接到命令，前往E區(qū)的廢棄筒倉堵截突然出現(xiàn)的3606。

原來，前往4號站的軌道毀掉了，3606誤打誤撞進(jìn)入了筒倉內(nèi)，遇見了正在準(zhǔn)備開始實(shí)驗(yàn)的馬特派遣小組。小組成員支開3606后向馬特匯報(bào)，然而馬特命令實(shí)驗(yàn)照常進(jìn)行。3606和眾人親眼見證了又一個(gè)傳送門開啟的過程。事故的確和3606無關(guān)，但傳送門風(fēng)暴并沒有按照馬特所說的自動(dòng)關(guān)閉。除了跳進(jìn)傳送門的3606躲過了異形的入侵潮，其他在場的見證人都沒能撐到安全部趕來。

3606在異世界時(shí)：

加納利的敢死隊(duì)消滅了所有異形，但只剩下無法關(guān)閉的傳送門，并且沒能找到3606。與此同時(shí)，安全部副部長德蘭·穆茲達(dá)爾（Dellan Muzzidar）從瓦妮婭，克勞德和邁爾斯那里獲得了扶風(fēng)將軍所需要的重要資料，里面包含了異形入侵和違規(guī)實(shí)驗(yàn)的內(nèi)容。部長波爾終于開始懷疑3606根本就是個(gè)幌子，整起事故就是馬特進(jìn)行的違規(guī)實(shí)驗(yàn)捅了大簍子，而絕不希望丑聞泄露的基地高層在用各種手段為馬特打掩護(hù)。于是他決定將資料交給扶風(fēng)將軍，并暗中復(fù)刻一份自己保留。

扶風(fēng)將軍抵達(dá)基地后沒有急著找安全部和基地高層，反而向已經(jīng)逃脫的幸存者調(diào)查相關(guān)事故和次生災(zāi)害的情況。而安全部和瓦妮婭將所有資料整合到了一起，將調(diào)查結(jié)果的概述交給了扶風(fēng)將軍。扶風(fēng)將軍提出希望安全部能夠站在保衛(wèi)基地的立場上，在忠誠和正義之間做出選擇。

基地高層對于將軍插手調(diào)查感到不安，但又無法在交涉中占據(jù)上風(fēng)。為了掩蓋丑聞，他們一邊派人調(diào)查扶風(fēng)將軍行蹤一邊盤算如何干凈的脫身。然而扶風(fēng)將軍的行動(dòng)絕不拖泥帶水。當(dāng)天夜里他就帶著資料準(zhǔn)備離開基地，并計(jì)劃第二天將資料的結(jié)論猜測向全社會公布。

得知消息的基地高層坐如針氈，于是打算先下手為強(qiáng)。他們派出基地直屬的武裝雇傭兵“無鬼瞼”，不僅擊落了扶風(fēng)將軍的飛機(jī)，還殘忍殺害了數(shù)名軍隊(duì)士兵，將其抹黑在3606頭上。與此同時(shí)，“無鬼瞼”的首領(lǐng)雅各布·伊列維奇（Jacob Ilevich）開始收買和拉攏軍隊(duì)的代理指揮官希羅·伊祖米（Shero Itsumy），讓他做出對基地高層有利的選擇。

而對于接近真相，肆意妄為的安全部，基地高層當(dāng)即派出雅各布和希羅簽署約定，全面開放逃生通道，解散基地安防武裝并交由軍隊(duì)和“無鬼瞼”共同接管。雙方在消滅3606上達(dá)成了一致意見，并展開了合作。

下半部分：

扶風(fēng)將軍乘坐的飛機(jī)被肩扛式導(dǎo)彈擊落，這震驚了所有進(jìn)入基地的士兵和基地的人員。而垂死的將軍掙扎著爬出烈焰，拖著燃燒著的身軀倒在了剛從異世界返回的3606腳下。希羅隨即掌控了整支進(jìn)入基地的軍隊(duì)，并很快就鎖定了3606的位置，派遣武裝直升機(jī)對其進(jìn)行獵剿。不過3606借著大樓爆炸的煙塵逃離直升機(jī)的跟蹤，并潛入到一輛準(zhǔn)備駛往I區(qū)的汽車上。

因?yàn)?span id="s0sssss00s" class="color-green-01">扶風(fēng)將軍的死而察覺到危險(xiǎn)的安全部的高級干員們，帶著重要的資料備份前往I區(qū)準(zhǔn)備乘坐列車離開基地。而在雅各布的操作下，他們當(dāng)晚的列車延誤，并且在毫無察覺的情況下，其藏身處被無鬼瞼團(tuán)團(tuán)包圍。