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COSMOlogic——質(zhì)量水平和參數(shù)化

2022-06-28 18:33 作者:邱新龍分子模擬小破屋  | 我要投稿

Cosmotherm直接從COSMO文件讀取化合物的輸入。必須選擇至少一個COSMO文件(COSMO)或壓縮COSMO文件(ccf)作為復(fù)合輸入。請注意,CosmothermxCOSMO不支持帶空格的CosmothermxCOSMO文件名,隨Cosmotherm提供的文件可在不同的量子化學(xué)級別上使用。量子化學(xué)宇宙計算產(chǎn)生的靜電學(xué)的質(zhì)量、精度和系統(tǒng)誤差取決于量子化學(xué)方法以及基組。因此,Cosmotherm針對每個支持的方法/基集組合分別進行參數(shù)化。所有的參數(shù)化都基于在給定方法/基組水平上量子化學(xué)優(yōu)化的分子結(jié)構(gòu)。使用哪種方法的建議取決于所需的質(zhì)量和預(yù)測的預(yù)期用途。Cosmotherm在化學(xué)和工程熱力學(xué)中的應(yīng)用(例如,預(yù)測雙星或LLE數(shù)據(jù)、溶液中的活度系數(shù)或蒸汽壓)通常需要高質(zhì)量的中小型分子混合物的性能預(yù)測(最多25個非氫原子)。對于這種類型的計算,建議使用TZVP或TZVPD-FINE水平。TZVP級別包括使用TZVP基集對分子結(jié)構(gòu)進行的全渦輪摩爾BP-RI-DFT COSMO優(yōu)化,如下所示為BP-TZVP,以及相應(yīng)的參數(shù)文件BP TZVP 19。ctd。2012年推出的TZVPD FINEvel基于Turbomole BP-RI-DFT COSMO單點計算,TZVPDbasis設(shè)置在優(yōu)化的BP/TZVP/COSMO幾何結(jié)構(gòu)之上。COSMO單點計算使用了TZVPD基集和漫反射基函數(shù),以及一種新型的分子表面腔結(jié)構(gòu)(精細網(wǎng)格行進四面體腔,fine),該結(jié)構(gòu)創(chuàng)建了一個COSMO表面,與標(biāo)準(zhǔn)COSMO腔相比,其分段更加均勻。利用TZVP基組在Turbomole BP-RI-DFT水平上優(yōu)化該水平的氣相能量文件,然后利用TZVPD基組(相關(guān)BP TZVPD FINE 19)進行單點BPRI-DFT計算。ctd參數(shù)集還包括HB2012氫鍵項和基于Grimme等人的“D3”方法的新型范德華色散項。這表明改進的熱力學(xué)性質(zhì)預(yù)測結(jié)果適用于經(jīng)典COSMO-RS氫鍵項顯示出弱點的化合物類別,例如TZVPD-FINE水平上的仲、叔脂肪胺和聚醚化合物,有機液相和氣相熱力學(xué)的更廣泛領(lǐng)域與標(biāo)準(zhǔn)TZVP和DMOL3 PBE方法的質(zhì)量相同或稍好。因此,TZVPD-FINE水平被認為是目前可用的“最佳質(zhì)量”計算方法。請注意,BP-TZVPD-FINE水平有待不斷修訂和改進。因此,與其他標(biāo)準(zhǔn)參數(shù)集相比,不同參數(shù)化對細粒度的實際預(yù)測可能存在更大的差異。更重要的是,與其他標(biāo)準(zhǔn)方法相比,精細水平的計算要求更高,這些方法涉及量子化學(xué)計算以及宇宙熱計算本身。但無論如何,用戶都不應(yīng)該被鼓勵嘗試這個級別:它可能比標(biāo)準(zhǔn)級別BP-TZVP-COSMO和DMOL3-PBE更好地滿足他們在房地產(chǎn)預(yù)測方面的特殊要求,尤其是如果涉及提到的復(fù)合類。

如果使用DMOL3程序包而不是TURBOMOLE,則可通過DMOL3水平達到與TZVP水平相當(dāng)?shù)念A(yù)測質(zhì)量。DMOL3程序包的COSMO計算采用PBE DFT泛函和數(shù)值DNP基集的完整COSMO和氣相幾何優(yōu)化。對于相應(yīng)的宇宙熱參數(shù)化,使用Mol3 PBE 19。ctd參數(shù)文件。

篩選大量化合物,例如預(yù)測化合物在各種溶劑中的溶解度,通常需要的預(yù)測質(zhì)量略低于化學(xué)工程應(yīng)用中的預(yù)測質(zhì)量。所涉及的分子通常較大(>100個原子),并且必須通過量子化學(xué)計算大量化合物。因此,必須在計算需求和預(yù)測質(zhì)量之間做出折衷:一個很好的折衷方案是在計算非常便宜的半經(jīng)驗MOPAC AM1-COSMO水平上優(yōu)化分子幾何,然后在Turbomole BP-RI-DFT COSMO水平上使用小SVP基集進行單點COSMO計算。該方法在下文中命名為BP-SVP-AM1,相應(yīng)的參數(shù)化可在BP-SVP AM1 19 ctd參數(shù)文件中找到。有關(guān)可用量子化學(xué)水平和參數(shù)化的更多信息,請參閱Cosmotherm參考手冊第3節(jié),請注意,從19版開始,Osmotherm參數(shù)化中使用的單位轉(zhuǎn)換和基本物理常數(shù)(阿伏伽德羅常數(shù)N玻爾茲曼常數(shù)k、基本電荷e、電子質(zhì)量me、普朗克常數(shù)h和電常數(shù)e)根據(jù)舊參數(shù)化文件中最新的NIST/CODATA建議進行了更新,保留了physicaconstants和unit Conversion的原始值,以確保預(yù)測與這些參數(shù)集的向下兼容性。


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