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原創(chuàng)?小果?生信果

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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

• 上一期小果分享了利用生信云平臺進(jìn)行某樣本亞型對免疫治療的響應(yīng)的預(yù)測，廢話不多說，我們繼續(xù)吧（仍舊是在服務(wù)器進(jìn)行操作哦）。

?食用步驟

Step1：Rscript preTIDE.R 亞型轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。

Step2：Rscript readTIDE.R 表型文件 TIDE輸出 樣本轉(zhuǎn)錄組 樣本信息 TCGA中該類癌癥全部樣本轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（剔除低表達(dá)）

Step3: Rscript readsubmap.R submap網(wǎng)站得到的矩陣中的16個pvalu

加餐~

1. 點(diǎn)擊上傳數(shù)據(jù) 輸入***文件，輸入的文件名必須和示例文件名一致，且都是英文無特殊字符。如果使用自有數(shù)據(jù)時，需注意文件名和對應(yīng)的內(nèi)容要匹配，以及輸入數(shù)據(jù)里的行名列名等等。

2. 如有非文件類參數(shù)，點(diǎn)擊 輸入?yún)?shù)對應(yīng)的值,默認(rèn)比如 pvalue值是0.05 gene值是 TP53

【輸入文件名】

所需文件展示

easy_input_anno.txt這是記錄亞型樣本的分型信息的文本文件↓

TIDE網(wǎng)站生成的輸出文件↓

這是自有樣本的轉(zhuǎn)錄組文件↓

記錄自有轉(zhuǎn)錄組信息的文件，不改變列名，程序需要利用列名sample與label進(jìn)行檢索↓

這是TCGA中該類癌癥的全部樣本數(shù)據(jù)，應(yīng)為fpkm格式，并且剔除了均值表達(dá)小于1的低表達(dá)基因↓

【生成文件展示】

skcm.immunotherapy.for.SubMap.cls

skcm.immunotherapy.for.SubMap.gct

Immune2.for.SubMap.cls

mmune2.for.SubMap.gct

以上這四個文件用于后期submap

嗝~吃得差不多了，我們下期見~

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