夢(mèng)想還是要有的，萬(wàn)一實(shí)現(xiàn)了呢？

如果發(fā)一篇CNS級(jí)別的文章是遠(yuǎn)期目標(biāo)

從CNS文章衍生出一篇生信分析思路就是可實(shí)現(xiàn)的短期目標(biāo)！

2022年8月Science發(fā)表了一篇關(guān)于溶酶體的研究，作者通過(guò)對(duì)溶酶體蛋白質(zhì)組進(jìn)行生物信息學(xué)分析，鑒定出了溶酶體相關(guān)蛋白（LYCHOS），其可以通過(guò)溶酶體途徑感知膽固醇，參與合成代謝信號(hào)。

看到這你可能要問(wèn)小云：所以呢？這跟生信分析有什么關(guān)系？

別急，首先，小云先跟你說(shuō)說(shuō)為什么要關(guān)注溶酶體？

小云看了一下國(guó)自然中標(biāo)的情況，發(fā)現(xiàn)溶酶體相關(guān)的項(xiàng)目在近幾年都有穩(wěn)步的提升，中標(biāo)的項(xiàng)目方向也比較多，包括溶酶體自噬、溶酶體胞吐、溶酶體依賴性凋亡、溶酶體與線粒體等細(xì)胞器的互作等等。說(shuō)明溶酶體是一個(gè)潛在的熱點(diǎn)方向！

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那么，是否有溶酶體相關(guān)的生信文章呢？小云搜索了一下，發(fā)現(xiàn)還真沒(méi)有單純分析溶酶體的！

但是有分析溶酶體相關(guān)的單個(gè)基因的，比如溶酶體相關(guān)跨膜蛋白4B (LAPTM4B)、溶酶體相關(guān)跨膜蛋白5 (LAPTM5)等。

接下來(lái)，小云想跟你們聊聊生信發(fā)文如何掛靠溶酶體？

01

首先我們要找到溶酶體相關(guān)的基因集，在這分享2種方法：

方法一：從GO數(shù)據(jù)庫(kù)下載溶酶體數(shù)據(jù)集

進(jìn)入GO (Gene Ontology) 數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè) http://geneontology.org/ ?，在搜索框內(nèi)輸入lysosome，選擇Gene Product，搜索。

搜索出結(jié)果后，在左側(cè)下拉可以點(diǎn)Organism限定物種。我們選人的話就在Homo sapiens前面的加號(hào)上點(diǎn)一下。

可以看到我們搜到了867個(gè)結(jié)果。接下來(lái)點(diǎn)擊Custom DL這個(gè)按鈕可以下載相關(guān)基因。可以看到我們搜到了867個(gè)結(jié)果。接下來(lái)點(diǎn)擊Custom DL這個(gè)按鈕可以下載相關(guān)基因。

方法二：從GSEA官網(wǎng)下載溶酶體相關(guān)的基因集

進(jìn)入GSEA的官網(wǎng)：

http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp?

點(diǎn)擊上方的Molecular Signature Database。

然后點(diǎn)擊左側(cè)的Search Gene Sets，在Keywords中填入溶酶體lysosome，點(diǎn)擊search。

找到了23個(gè)相關(guān)的基因集，然后可以根據(jù)基因集的具體描述選擇自己想要的基因集。

選擇目標(biāo)基因集，點(diǎn)擊進(jìn)去之后會(huì)看到基因集下載按鈕，可以選擇想要的格式進(jìn)行下載。

02

有了溶酶體相關(guān)的基因集，就可以進(jìn)行分析了，腫瘤和非腫瘤疾病都可以分析。分析思路可以是：分析溶酶體相關(guān)基因、溶酶體相關(guān)signature、溶酶體相關(guān)非編碼RNA等與疾病的相關(guān)性，還可以將溶酶體相關(guān)基因與其他熱點(diǎn)（比如鐵死亡、代謝等）關(guān)聯(lián)分析，可以參考類似的分析思路：

另外，如果有單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)也可以分析哦！

總結(jié)

既然種種跡象表明溶酶體是一個(gè)潛在的研究熱點(diǎn)，連Science最新發(fā)文都是它，那么溶酶體會(huì)不會(huì)是下一個(gè)生信分析熱點(diǎn)呢？

趁著現(xiàn)在溶酶體相關(guān)的生信分析思路還沒(méi)涌現(xiàn)， 可分析的空間非常大，感興趣的小伙伴快來(lái)咨詢小云吧！