(番外一)太古宙—古太古代:深古菌,來(lái)自神話(huà)
我們的主角來(lái)自33億年前的古太古代。

她是那么的古老,也是那么的渺小。在下圖,我們甚至找不到她的名字,她叫
Bathyarchaeia(深古菌綱)

Microbiol 1, 16048 (2016). https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.48
? ? ? ?Bathyarchaeia(深古菌綱),以前被稱(chēng)為miscellaneous Crenarchaeotal group (泉古菌組,MCG) 或Bathyarchaeota Meng et al. 2014,是普遍分布在缺氧地下環(huán)境中的古細(xì)菌,其中包括海洋、淡水、熱液、溫泉沉積物和土壤,尤其是沿海環(huán)境。據(jù)估計(jì),在全球范圍內(nèi),Bathyarchaeia占有2.0 ~ 3.9×10/28個(gè)細(xì)胞(翻譯地有些怪怪的),為地球上最豐富的微生物群之一。
? ? ?然而,由于迄今為止仍沒(méi)有對(duì)Bathyarchaeia進(jìn)行實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng),因此根據(jù)直接從環(huán)境樣本和宏基因組裝配基因組(mag)中獲得的16S核糖體RNA (rRNA)基因的特性確定了它們的分類(lèi)。這導(dǎo)致了明顯的系統(tǒng)發(fā)育不一致和不穩(wěn)定。例如,Bathyarcheia最初被分為17個(gè)亞組,并進(jìn)一步擴(kuò)展至25個(gè)。最近,基因組分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)(GTDB)古生菌分類(lèi)單元重新將Bathyarchaeota(深古菌門(mén))重新分類(lèi)為Bathyarchaeia(深古菌綱),并將其歸入Thermoprotota門(mén)。

2023年來(lái)自上海交通大學(xué)的Hou教授研究后,將其分為8個(gè)目水平分類(lèi)單元:
? ? 八大類(lèi)以不同的中國(guó)傳統(tǒng)神話(huà)人物命名,代表了它們獨(dú)特的環(huán)境特征。其中包括
畢方(畢方,一種象征野火的單腿鳥(niǎo),這個(gè)分支很大程度上來(lái)自溫泉)、
金烏 (金烏,一種生活在太陽(yáng)的三條腿的鳥(niǎo),它們的成員大多來(lái)自熱液噴口)、
朱雀(朱雀,一種被稱(chēng)為火神的紅鳥(niǎo),所有的物種都來(lái)自熱液噴口),
無(wú)枝祁(無(wú)枝祁,淮河之神;大部分來(lái)自海洋沉積物,尤其是河口)、
厚土(厚土,大地之神,大部分是從土壤中發(fā)現(xiàn)的)、
媽祖 (海洋女神,是傳說(shuō)中掌管海上航運(yùn)的女神,主要來(lái)自東海沉積物)、
白澤(白澤,一種生活在寒冷的昆侖山脈的奇特生物;這一譜系有各種各樣的分布,但大部分來(lái)自寒冷的海洋沉積物)
玄武 (玄武,一種被稱(chēng)為冰和水之神的黑海龜,地下水沉積物中只有一種MAG)
? ? ?自從2015年,阿斯加德古菌發(fā)現(xiàn)以來(lái),用神話(huà)給古菌命名屢見(jiàn)不鮮。自李猛教授命名了悟空古菌(Wukongarchaeota)Liuet al. 2020后,中國(guó)神話(huà)再次登上舞臺(tái)。
? ? ? 這一支古菌在茫茫菌海中不見(jiàn)菌影,在33.7億年前的古太古代,那個(gè)古菌盛世中悄然出現(xiàn),此時(shí),古菌第一帝國(guó)蒸蒸日上,一路高歌。
? ? ? 來(lái)自南非的卡普瓦地盾(Kaapvaal craton)和西澳大利亞的皮爾巴拉地盾(Pilbara craton) ——原始大陸出露,潮汐沖刷著河岸,在沒(méi)有植物根系的情況下,將其中的礦物質(zhì)如磷和藍(lán)細(xì)菌[非產(chǎn)氧光合作用]等微生物席帶入淺海,來(lái)自富含有機(jī)物的淺層海底火山(或陸地溫泉)的深古菌在獨(dú)天得厚的條件中興起。畢方和金烏迅速分化。
點(diǎn)這里(鏈接)

? ? ? ?

? ? ? ?到了27億年前,陸地快速擴(kuò)張,無(wú)枝祁,厚土,媽祖,白澤,玄武崛起。18億年前的元古宙,短時(shí)間強(qiáng)烈海底火山活動(dòng)造就了朱雀。
? ? ?歷史唯物主義(Historical Materialism)表明:
? ? ?生產(chǎn)力決定生產(chǎn)關(guān)系,生產(chǎn)關(guān)系對(duì)生產(chǎn)力具有反作用。
? ? ?經(jīng)濟(jì)基礎(chǔ)決定上層建筑,上層建筑對(duì)經(jīng)濟(jì)基礎(chǔ)具有反作用。
既是地球造就了深古菌,也是她影響了地球。在3億年前的石炭紀(jì),白澤演化出了分解木質(zhì)素的能力,自從石炭紀(jì)末期全球煤炭?jī)?chǔ)量驟降,3億年后產(chǎn)生了深遠(yuǎn)的影響。

我來(lái)自神話(huà),既是地球造就了我,也是我影響了地球。我就是
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?——Bathyarchaeia(深古菌綱)

物種名單:Bathyarchaeia(深古菌綱),以前被稱(chēng)為miscellaneous Crenarchaeotal group (泉古菌組,MCG) 或Bathyarchaeota Meng et al. 2014
簡(jiǎn)要:是普遍分布在缺氧地下環(huán)境中的古細(xì)菌,其中包括海洋、淡水、熱液、溫泉沉積物和土壤,尤其是沿海環(huán)境。據(jù)估計(jì),在全球范圍內(nèi),Bathyarchaeia占有2.0 ~ 3.9×10/28個(gè)細(xì)胞,為地球上最豐富的微生物群之一。
分類(lèi):歸入Thermoprotota門(mén),2023年來(lái)自上海交通大學(xué)的Hou教授研究后,將其分為8個(gè)目水平分類(lèi)單元
生存年代:33.7億年前至今

文獻(xiàn):
Taxonomic and carbon metabolic diversification of Bathyarchaeia during its coevolution history with early Earth surface environment(DOI: 10.1126/sciadv.adf5069)