R可視化——如何為散點(diǎn)圖添加置信區(qū)間或者分組圈?
2023-04-01 15:18 作者:科研那點(diǎn)事兒 | 我要投稿
? ? ?在文獻(xiàn)閱讀過(guò)程中其實(shí)很容易見(jiàn)到那種在散點(diǎn)圖中添加分組圈或者置信區(qū)間的圖片,比如PCA分析、PCoA分析、NMDS分析等。這篇推文主要給大家展示如何使用R語(yǔ)言進(jìn)行散點(diǎn)圖置信區(qū)間的添加或者分組圈的添加!
散點(diǎn)圖的繪制
? ? ? 這里,小編以PCoA分析為例哈,至于怎么進(jìn)行PCoA分析及相關(guān)細(xì)節(jié)大家可參考此前推文。首先,我們現(xiàn)根據(jù)數(shù)據(jù)進(jìn)行PCoA分析并繪制基礎(chǔ)的散點(diǎn)圖:

添加置信區(qū)間
? ? ? ?置信區(qū)間的添加一般是添加95%置信度水平上的置信區(qū)間,這里使用stat_ellipse函數(shù)進(jìn)行添加,這也是常用的一種添加方式,該函數(shù)中通過(guò)參數(shù)level可設(shè)置置信度水平,其他一些細(xì)節(jié)設(shè)置可自行探索,通過(guò)scale_fill_manual可對(duì)其填充色進(jìn)行設(shè)置,具體如下:

添加分組圈
? ? ?分組圈的添加其實(shí)相對(duì)于置信區(qū)間而言就沒(méi)有那么多要求,只是起到辨別分組的作用,所以我們只要將目標(biāo)點(diǎn)包括在圈中即可,這里主要介紹兩種方法:
1、基于ggalt包添加:

2、基于ggforce包添加:

整體代碼

如果大家需要源碼及數(shù)據(jù),可在微信公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)"置信區(qū)間"獲取!
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