在做模擬計(jì)算時(shí)，科學(xué)指南針檢測(cè)平臺(tái)工作人員在與很多同學(xué)溝通中了解到，好多同學(xué)對(duì)此項(xiàng)目不太了解，針對(duì)此，科學(xué)指南針檢測(cè)平臺(tái)團(tuán)隊(duì)組織相關(guān)同事對(duì)公開(kāi)課進(jìn)行問(wèn)題收集并整理，希望可以幫助到科研圈的伙伴們；

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1.請(qǐng)問(wèn)FCC結(jié)構(gòu)怎么截取111平面并是矩形

回看異質(zhì)結(jié)搭建對(duì)不同形狀界面處理方法那部分

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2.XSD文件名字怎么設(shè)置的？

隨意設(shè)置，別亂改文后綴名就好

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3.請(qǐng)問(wèn)隱藏的文件那個(gè)怎么設(shè)置來(lái)著

隨意打開(kāi)一個(gè)文件夾

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4.計(jì)算成功了但沒(méi)有outmol文件怎么辦？

如果是可以嘗試右擊jobs窗口里的任務(wù)重新下載試試。或者直接去服務(wù)端jobs保存文件夾下去找。

如MS2019 windows服務(wù)端在

安裝目錄\BIOVIA\Materials Studio 19.1 x64 Server\etc\Gateway\root_default\dsd\jobs

MS2019 linux服務(wù)端在

安裝目錄/BIOVIA/MaterialsStudio19.1/etc/Gateway/root_default/dsd/jobs

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5.非晶的怎么搭呢

回看第三講界面吸附模型（指南針學(xué)院schooin可看回放）

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6.請(qǐng)問(wèn)怎么搭建合金的超晶胞？

建議先建立合金再進(jìn)行擴(kuò)胞，合金的搭建見(jiàn)第三講。可以使用disorder腳本枚舉建立，也可以通過(guò)手動(dòng)替換原子得到

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7.請(qǐng)問(wèn)下配位數(shù)怎么求呢？

建議查閱相關(guān)文獻(xiàn)或者書(shū)籍，這個(gè)并沒(méi)有一個(gè)肉眼看就能確定的標(biāo)準(zhǔn)

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8.左下角的只有project?窗口怎么辦

View-Explorers-勾選全部三種Explorer

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9.這個(gè)結(jié)構(gòu)不合理啊，一個(gè)碳上連五根鍵?

僅是演示建模

另外量子化學(xué)，第一性原理等基于量子力學(xué)的計(jì)算 不用在意幾重鍵的問(wèn)題，只需要關(guān)注是不是多了或者少了原子以及位置是否合理。

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10.是根據(jù)什么計(jì)算化學(xué)鍵數(shù)量的呀，能量嗎

進(jìn)行鍵級(jí)分析才可以知道。做計(jì)算化學(xué)請(qǐng)忘記腦海中關(guān)于形式鍵級(jí)那些概念

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11.這一步操作的時(shí)候出現(xiàn)的問(wèn)題

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仔細(xì)檢查是不是將project建立在了含有中文的路徑下

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12.已知物質(zhì)結(jié)構(gòu)是否可以用ms計(jì)算出量？

看不懂這個(gè)問(wèn)題

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13.120°90°90°是怎么確定的？

左下角屬性lattice 3D窗口查看得到的

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1. MOF搭建

MOF搭建，確定晶胞，然后繪制好片段，然后再填充到晶胞中，并仔細(xì)修改各種連鍵，然后優(yōu)化即可。

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15.質(zhì)子化后的胍基咋畫(huà)電荷每個(gè)N分配1/3？

計(jì)算后做原子的布居分析后才知道

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16.四氧化三錳團(tuán)簇怎么畫(huà)呀請(qǐng)問(wèn)

個(gè)人推薦，對(duì)于這種常見(jiàn)物質(zhì)，直接去數(shù)據(jù)庫(kù)下載結(jié)構(gòu)就好。

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17.forcite可以優(yōu)化有機(jī)藥物嗎

選擇正確的力場(chǎng)就可以準(zhǔn)確優(yōu)化結(jié)構(gòu)，如果要研究電子相關(guān)性質(zhì)需要用量子力學(xué)為基礎(chǔ)的相關(guān)理論工具，而不能使用Forcite

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18.老師，有機(jī)聚合物可以去哪個(gè)網(wǎng)站下載？

這個(gè)需要自己搭建。

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19.聚合物放入P1晶胞后，晶格大了怎么處理呢

不清楚這個(gè)情況具體發(fā)生細(xì)節(jié)，不過(guò)建議回看第三講界面吸附模型的講解，尤其注意我對(duì)聚合物非晶胞的搭建簡(jiǎn)易

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20.COD?數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址可以發(fā)一次嗎

http://www.crystallography.net/cod/

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21.問(wèn)一下? MS里的建模然后力場(chǎng)優(yōu)化與chem3d里建模優(yōu)化有什么區(qū)別

Chem3D里面的優(yōu)化與動(dòng)力學(xué)功能支持的理論方法很少，建議不要做為計(jì)算工具

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22.chem3D粘貼到MS能演示一下嗎

Chem3D保存結(jié)構(gòu)為PDB然后將PDB文件拖入MS的project窗口中就可以

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23.金屬氧化物cif里氧原子多了怎么辦？

分情況來(lái)看，如果是分?jǐn)?shù)占據(jù)導(dǎo)致的錯(cuò)誤，可以看模擬計(jì)算聯(lián)盟公眾號(hào)關(guān)于分?jǐn)?shù)占據(jù)體系的講解。如果單純就是搭建時(shí)候手畫(huà)導(dǎo)致的，直接刪掉就好，刪掉時(shí)候注意一下，留心其他位置氧原子是否也因?yàn)閷?duì)稱性被同時(shí)刪去

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