大家好，歡迎觀看《時空日報》第9期。本期追蹤到時空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計7篇。以下是應(yīng)用華大時空StereoCopilot生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、兒童白血病中與持續(xù)存在的CD19 CAR-T細(xì)胞相關(guān)的轉(zhuǎn)錄特征

Transcriptional signatures associated with persisting CD19 CAR-T cells in children with leukemia

Nature Medicine; IF: 82.900; DOI: 10.1038/s41591-023-02415-3

內(nèi)容概要：通過高通量單細(xì)胞基因表達(dá)和T細(xì)胞受體測序，系統(tǒng)分析10例復(fù)發(fā)難治性兒童急性B淋巴細(xì)胞白血?。╮elapsed and refractory childhood pre-B cell acute lymphoblastic leukemia，R/R B-ALL）患者接受CD19 CAR-T細(xì)胞治療后5年內(nèi)的血液和骨髓樣本，發(fā)現(xiàn)長壽命CAR-T細(xì)胞具有CD4/CD8雙陰性表型和疲勞樣記憶狀態(tài)，并具有獨(dú)特的轉(zhuǎn)錄特征。這種持久性特征在所有長期治療反應(yīng)良好的兒童中占主導(dǎo)地位，并在兩名慢性淋巴細(xì)胞白血病成年患者中檢測到。這些發(fā)現(xiàn)提出了一種可能性，即臨床有效的、持久的CD19 CAR-T細(xì)胞存在通用的轉(zhuǎn)錄特征。

2、P53調(diào)節(jié)左心室壓力超負(fù)荷時成纖維細(xì)胞增殖和纖維化的程度

P53 regulates the extent of fibroblast proliferation and fibrosis in left ventricle pressure overload

Circulation Research; IF: 20.100; DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.121.320324

內(nèi)容概要：使用轉(zhuǎn)錄因子Tcf21MerCreMer小鼠系進(jìn)行成纖維細(xì)胞特異性譜系追蹤和腫瘤蛋白p53（p53）心臟成纖維細(xì)胞敲除，結(jié)合組織生理學(xué)、scRNA-seq和體外研究，揭示了一種調(diào)節(jié)心臟成纖維細(xì)胞積累和細(xì)胞外基質(zhì)分泌的機(jī)制，該機(jī)制部分是由p53依賴性細(xì)胞周期控制來調(diào)控左心室壓力超負(fù)荷時纖維化的時間和程度。

3、營養(yǎng)不良肌肉的細(xì)胞和分子空間圖譜

A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: 11.100; DOI: 10.1073/pnas.2221249120

內(nèi)容概要：使用嚴(yán)重營養(yǎng)不良的D2-mdx小鼠模型，通過整合空間轉(zhuǎn)錄組和scRNA-seq數(shù)據(jù)集，生成了營養(yǎng)不良肌肉的高分辨率細(xì)胞和分子空間圖譜，為研究杜氏肌肉營養(yǎng)不良癥（Duchenne muscular dystrophy，DMD）生物學(xué)和治療靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)提供了寶貴的資源。

4、定義驅(qū)動黑色素瘤轉(zhuǎn)移的轉(zhuǎn)錄程序的增強(qiáng)子網(wǎng)絡(luò)的體外定位

Ex vivo?mapping of enhancer networks that define the transcriptional program driving melanoma metastasis

Molecular Oncology; IF: 6.600; DOI: 10.1002/1878-0261.13485

內(nèi)容概要：通過對39名黑色素瘤患者進(jìn)行全基因組分析，發(fā)現(xiàn)活性增強(qiáng)子（activity of enhancers，ENHs）的分布在疾病的不同階段具有高度異質(zhì)性。通過比較原發(fā)性黑色素瘤和轉(zhuǎn)移性黑色素瘤病變的特征，重建了與黑色素瘤轉(zhuǎn)移進(jìn)展相關(guān)的超級ENHs和協(xié)同ENHs的圖譜，并表明這些調(diào)控元件具有專業(yè)化和非冗余的功能，且存在著一種分層組織，其中超級ENHs是整個轉(zhuǎn)錄程序的主導(dǎo)者，而經(jīng)典ENHs是執(zhí)行者。

5、從預(yù)測、預(yù)防和個性化醫(yī)學(xué)角度全面分析顱內(nèi)動脈瘤的線粒體功能障礙和細(xì)胞壞死性凋亡

Comprehensive analysis of mitochondrial dysfunction and necroptosis in intracranial aneurysms from the perspective of predictive, preventative, and personalized? medicine

Apoptosis;? IF: 5.561; DOI: 10.1007/s10495-023-01865-x

內(nèi)容概要：從Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫中收集75個顱內(nèi)動脈瘤（intracranial aneurysms，IAs）和37個對照樣本的轉(zhuǎn)錄譜，并采用差異表達(dá)基因、加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析、最小絕對收縮和選擇算子回歸等方法篩選關(guān)鍵基因，結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)和scRNA-seq，發(fā)現(xiàn)線粒體功能障礙和細(xì)胞壞死性凋亡在IAs形成中起重要作用，且在IA病變區(qū)的單核/巨噬細(xì)胞和血管平滑肌細(xì)胞中表達(dá)上調(diào)。線粒體誘導(dǎo)的壞死性凋亡可能是IA診斷、預(yù)防和治療的新潛在靶點(diǎn)。

6、細(xì)胞外囊泡相關(guān)相關(guān)結(jié)核亞群和免疫細(xì)胞譜的分類和表征

Classification and characterisation of extracellular vesicles-related tuberculosis subgroups and immune cell profiles

Journal of Cellular and Molecular Medicine; IF: 5.300; DOI: 10.1111/jcmm.17836

內(nèi)容概要：通過分析結(jié)核?。╰uberculosis，TB）相關(guān)的細(xì)胞外囊泡（extracellular vesicles，EVs）的表達(dá)譜，結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)和scRNA-seq，鑒定出20個差異表達(dá)基因，確定了9個EVs相關(guān)基因特征和2個EVs相關(guān)細(xì)胞亞群，并證實(shí)這些基因可作為新的生物標(biāo)志物，用于區(qū)分TB和健康對照組。此外，通過CMap數(shù)據(jù)庫預(yù)測了5種潛在的TB藥物。

7、整合scRNA-seq分析揭示用于評估胃癌預(yù)后和藥物敏感性的間充質(zhì)干細(xì)胞相關(guān)特征

Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer

Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: 3.600; DOI: 10.1007/s00432-023-05058-6

內(nèi)容概要：通過分析胃癌（gastric cancer，GC）的scRNA-seq數(shù)據(jù)，鑒定出了與間充質(zhì)干細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)志基因，并構(gòu)建了一個包含7個基因的間充質(zhì)干細(xì)胞預(yù)后標(biāo)志物。該標(biāo)志物可用于預(yù)測GC患者的預(yù)后，并反映抗腫瘤治療的療效。

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