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R語(yǔ)言:autoReg包,自動(dòng)輸出整潔的回歸模型結(jié)果

2023-04-13 15:32 作者:鄭老師妙趣橫生統(tǒng)計(jì)學(xué)  | 我要投稿

2023年以來(lái)浙中醫(yī)大學(xué)鄭老師開(kāi)設(shè)了一系列醫(yī)學(xué)科研統(tǒng)計(jì)課程,零基礎(chǔ)入門醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)包括R語(yǔ)言、meta分析、臨床預(yù)測(cè)模型、真實(shí)世界臨床研究、問(wèn)卷與量表分析、醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)與SPSS、臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)分析、重復(fù)測(cè)量資料分析、結(jié)構(gòu)方程模型、孟德?tīng)栯S機(jī)化等10門課,如果您有需求,不妨點(diǎn)擊下方跳轉(zhuǎn)查看:

2023年鄭老師多門科研統(tǒng)計(jì)課程:多次直播,含孟德?tīng)栯S機(jī)化方法?

回歸建模是論文中常見(jiàn)的統(tǒng)計(jì)方法,今天來(lái)學(xué)習(xí)一個(gè)R包——autoReg,使用這個(gè)R包可以快速輸出回歸模型的統(tǒng)計(jì)結(jié)果。

1. 安裝和加載R包

可以從CRAN上安裝R包。

install.packages("autoReg")
library(autoReg)

2.加載數(shù)據(jù)

使用survival包的colon數(shù)據(jù)集進(jìn)行演示。

data(colon,?package="survival")
colon

這個(gè)數(shù)據(jù)集收集了B/C 期結(jié)腸癌患者輔助化療后的生存時(shí)間數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)集中的變量解釋:

id?#?患者編號(hào)
study?#?所有患者都是1
rx?#?表示治療方式,有三種:觀察、Levamisole、Levamisole + 5-FU
sex?#?性別,男性為1,女性為0
age?#?年齡
obstruct?#?腫瘤是否阻塞結(jié)腸,1?為有,0?為無(wú)
perfor?#?結(jié)腸是否穿孔,1?為有,0?為無(wú)
adhere?#?腫瘤是否粘附鄰近器官,1?為有,0?為無(wú)
nodes?#?檢出淋巴結(jié)的數(shù)目
status?#?生存狀態(tài),1?為發(fā)生感興趣終點(diǎn)事件,0?為刪失
differ?#?腫瘤的分化程度(1=well,?2=moderate,?3=poor)
extent?#?局部轉(zhuǎn)移程度(1=submucosa,?2=muscle,?3=serosa,?4=contiguous?structures)
surg?#?從手術(shù)到登記注冊(cè)的時(shí)間(0=short,?1=long)
node4?#?超過(guò)4?個(gè)陽(yáng)性淋巴結(jié)
time?#?直至發(fā)生感興趣終點(diǎn)事件或刪失的時(shí)間
etype?#?事件類型:?1=?復(fù)發(fā),2=?死亡

查看數(shù)據(jù)類型。

str(colon)

有些數(shù)字型變量其實(shí)是分類變量,需要先轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)類型。

轉(zhuǎn)換后構(gòu)建新的數(shù)據(jù)集。

mycolon?<-?colon?%>%?#?創(chuàng)建新數(shù)據(jù)集新變量
??transmute(time,
????????????status,
????????????Age?=?age,
????????????Sex?=?factor(sex,?levels?=?c(0,?1),
?????????????????????????labels?=?c("Female",?"Male")),
????????????Obstruct?=?factor(colon$obstruct),
????????????Differ?=?factor(colon$differ),
????????????Extent?=?factor(colon$extent))
str(mycolon)?#?查看數(shù)據(jù)集結(jié)構(gòu)

3.構(gòu)建邏輯回歸模型

使用glm()函數(shù)構(gòu)建邏輯回歸模型,可以使用summary()函數(shù)輸出模型的摘要信息。

fit?<-?glm(status?~?Age?+?Sex?+?Obstruct?+?Differ?+?Extent,
???????????data=mycolon,
???????????family="binomial")
summary(fit)

詳情請(qǐng)點(diǎn)擊下方:

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwOTYyMDY3OQ==&mid=2650405111&idx=4&sn=d5a4f5991d7835811522d50cf6954e98&chksm=8351855fb4260c49bcb7130ec5f767d75b157322fc410bf5cdc044926139f201cb6b8032d5fc&token=482467525&lang=zh_CN#rd

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2023年統(tǒng)計(jì)服務(wù)

2023年,我們將開(kāi)展從科研設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析、統(tǒng)計(jì)學(xué)報(bào)告等醫(yī)學(xué)科研研究方法咨詢與服務(wù)多項(xiàng)服務(wù),若您有課題經(jīng)費(fèi)可以支持,歡迎您提前和我們聯(lián)系,2022底前采用預(yù)付方式與我們開(kāi)展合作。

2023年統(tǒng)計(jì)服務(wù)開(kāi)啟!歡迎提前洽談數(shù)據(jù)分析、科研合作服務(wù)?

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