Nature文獻(xiàn)解讀 | 揭開(kāi)單細(xì)胞CUT&Tag(scCUT&Tag)的神秘面紗!
2021年4月12日,美國(guó)華盛頓大學(xué)Anoop P. Patel和美國(guó)弗雷德·哈欽森癌癥研究中心Steven Henikoff研究團(tuán)隊(duì)在《Nature Biotechnology》上發(fā)表一篇“Single-cell CUT&Tag analysis of chromatin modifications in differentiation and tumor progression”的文章[1]。
結(jié)果顯示H3K27me3的scCUT&Tag分析可區(qū)分人血中的細(xì)胞類型,并允許從異質(zhì)組織生成特定細(xì)胞類型的多梳基團(tuán)(PcG)景觀。
此外,他們使用scCUT&Tag對(duì)治療前后腦腫瘤患者的H3K27me3進(jìn)行了分析,鑒定了腫瘤微環(huán)境中的細(xì)胞類型以及主要樣品和治療后PcG活性的異質(zhì)性。
作者(Henikoff)和方法( scCUT&Tag),大家會(huì)不會(huì)有點(diǎn)似曾相識(shí)?就是我們之前的中提到的Henikoff和CUT&Tag技術(shù)。
Henikoff團(tuán)隊(duì)在本文中,針對(duì)bulk CUT&tag技術(shù),巧妙“嫁接”10x單細(xì)胞捕獲平臺(tái),將每個(gè)細(xì)胞標(biāo)記上特定的barcode,實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞分辨率的蛋白-DNA互作關(guān)系研究。
研究策略樣品:小鼠中樞神經(jīng)系統(tǒng)的成千上萬(wàn)個(gè)細(xì)胞,PBMC細(xì)胞;
檢測(cè)靶標(biāo):活躍啟動(dòng)子、增強(qiáng)子和基因體(H3K4me3、H3K27ac和H3K36me3);非活性區(qū)(H3K27me3);
檢測(cè)平臺(tái):CUT&Tag ,10xGenomics system;
scCUT&Tag(10.1038/s41587-021-00865-z)
方案1:神經(jīng)細(xì)胞(先提細(xì)胞核)
方案2:PBMC細(xì)胞(Tn5片段化后再抽核)
愛(ài)博泰克作為酶原料商,成功克隆了pA-Tn5,pG-Tn5,及pAG-Tn5轉(zhuǎn)座酶,可以提供無(wú)縫替換的核心酶元件。
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