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本期關鍵詞：CIRI-long；納米孔測序；全長環(huán)狀RNA

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一、利用CIRI-long對納米孔全長環(huán)狀RNA進行分析

標題：Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long

IF：17.021

期刊：Nat Protoc

通訊作者：趙方慶（中國科學院北京生命科學研究院）

發(fā)表日期：2023 Apr 12

Doi: 10.1038/s41596-023-00815-w

摘要：環(huán)狀 RNA (circRNA) 在調節(jié)發(fā)育過程和疾病進展中具有重要作用。由于大多數(shù)circRNA序列與其同源線性轉錄本高度相似，目前基于短讀長測序的方法依賴于反向拼接連接信號來區(qū)分環(huán)形和線性讀數(shù)（reads），這不能使circRNA的全長結構有效重建。在文中，作者描述了一種基于長讀長測序的協(xié)議 CIRI-long，用于檢測全長環(huán)狀 RNA。CIRI-long 協(xié)議結合了滾動循環(huán)逆轉錄和納米孔測序來捕獲全長 circRNA 序列。經過 poly(A) 加尾、RNase R 處理和PCR產物的大小選擇，CIRI-long 在構建的文庫中實現(xiàn)了循環(huán)讀數(shù)百分比的增加（6%），比之前的 Illumina提高了20倍。該方法可應用于細胞系或組織樣本，能夠準確檢測100-3,000 bp范圍內的全長circRNA。整個協(xié)議可在 1 天內完成，并可使用 Nanopore barcoding kit和 PromethION 測序設備進行放大從而進行大規(guī)模分析。CIRI-long 可以作為一種有效且用戶友好的協(xié)議來刻畫全長 circRNA，為circRNA 提供直接和令人信服的證據。另外，該分析管道（pipeline）為識別全長 circRNA 亞型和整合多個數(shù)據集提供了方便的功能。CIRI-long 組裝的全長轉錄本及剪接模式為探索circRNA的生物學功能提供了不可或缺的信息。

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