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TBtools進(jìn)行序列提取；基因家族的鑒定blast和hmmer；基于Windows系統(tǒng)的iqtree系統(tǒng)進(jìn)化樹；關(guān)于Windows系統(tǒng)上的java安裝

R與Rstudio的安裝。R語言是一種專門做數(shù)據(jù)分析的語言，是生物信息學(xué)常用的分析工具。Rstudio是能夠方便展示R語言的一個(gè)平臺(tái)軟件。我們先安裝R。

1，在這個(gè)網(wǎng)站上（https://cran.r-project.org/mirrors.html）選擇中國(guó)清華的鏡像網(wǎng)站（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/）

Download R forWindows>base>Download R-4.2.2 for Windows

這一步有可能會(huì)因?yàn)榫W(wǎng)絡(luò)問題報(bào)錯(cuò)，報(bào)錯(cuò)的話我們?nèi)ケ贝蟮溺R像看看，（https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/），選擇（R-4.2.2-win.exe）下載。

2，雙擊安裝，我把它存在D盤，后面都是直接默認(rèn)的下一步。

最后在桌面生成了一個(gè)R4.2.2的圖標(biāo)，打開它，這個(gè)就是R的標(biāo)準(zhǔn)界面了

3，接下來安裝Rtools，因?yàn)橛行㏑包，需要這東西。在北大的鏡像網(wǎng)站（https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/bin/windows/Rtools/rtools42/files/），因?yàn)槲疫@個(gè)R版本是4.2，就選擇rtools42-5355-5357.exe，下載后自行安裝，這個(gè)環(huán)境變量是自動(dòng)設(shè)置了，不必再像裝JAVA那樣自己設(shè)置環(huán)境變量。

其實(shí)到這里為止，R已經(jīng)是可以使用了，但這個(gè)界面對(duì)很多人來說并不友好，Rstudio則可以使R變得更方便運(yùn)行。

4，下面安裝Rstudio（https://posit.co/download/rstudio-desktop/），下載是免費(fèi)的，第二步install RStudio Desktop，點(diǎn)擊下載。

5，雙擊安裝，安裝到自己指定的文件夾中，完成后，打開bin文件夾，里面有個(gè)rstudio.exe的程序，雙擊打開即可，三個(gè)窗口。左邊的就是剛剛安裝的R的窗口，是執(zhí)行命令的窗口，右上角是看變量的窗口，右下角多功能窗口。

6，接下來我們?cè)O(shè)置一些鏡像，為了以后下載R包的時(shí)候能順利下載。首先在R的窗口，查看現(xiàn)在的鏡像

options()$repos

我的第一個(gè)命令，有個(gè)報(bào)錯(cuò)，其他人不一定會(huì)報(bào)錯(cuò)的。說位置不對(duì)，雖然不影響，但那行紅字很顯眼，原因可能是我原本的C盤的文檔我挪到了D盤了，且路徑有中文，解決方法(https://www.bilibili.com/read/cv17005408)。

解決完了，目前的鏡像就是官網(wǎng)，打開.Rprofile，前面有個(gè)點(diǎn)的別漏了。

file.edit(file.path("~",".Rprofile"))

寫入兩行代碼：

options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))

print("已設(shè)置北大阿里云鏡像")

保存，再退出重進(jìn)，再來看看當(dāng)前鏡像，options()$repos，變了，且開始的描述也多了那行字。有時(shí)候一些鏡像可能會(huì)不好用，自己就去替換吧。

7，接下來安裝各種R包，首先我們先安裝一個(gè)BiocManager，在官網(wǎng)上看到BiocManager版本是3.16，是適合4.2版本的R的。

安裝命令，直接復(fù)制粘貼上去就行

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

??? install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.16")

偶爾會(huì)彈出個(gè)更新的，a更新全部就行。

8，安裝R包的命令有2個(gè)，一個(gè)是用R自帶的命令

install.packages("package_name")

另外一個(gè)就是通過剛剛安裝的BiocManager安裝

首先加載BiocManager

library(BiocManager)

再安裝

BiocManager::install("package_name")

大家可以試著安裝WGCNA，dplyr，ggplot2，limma，tidyverse，DESeq2等R包，有批量安裝的命令

install.packages(c("package1","package2", "package3"))

BiocManager::install(c("package1","package2", "package3") )

下面做一個(gè)安裝R包的示例，示范安裝名為dplyr的R包：

install.packages("dplyr")

或者通過biocmanager安裝，先加載biocmanager再安裝dplyr

library(BiocManager)

BiocManager::install("dplyr")

安裝時(shí)可能會(huì)加載各種各樣的依賴包哦。

大家要思考每個(gè)代碼的意思哦，有些代碼是需要自行修改的，不可以單純的復(fù)制粘貼，有時(shí)候報(bào)錯(cuò)了，也要看報(bào)錯(cuò)的信息，嘗試百度自己解決。

那今天就完成了R、Rtools，Rstudio的安裝，鏡像設(shè)置和和BiocManager等R包的安裝了。