文獻(xiàn)晶體數(shù)據(jù)改進(jìn)示例12(甲基磺?；瓦拎せ鶡o(wú)序)
案例來(lái)源：Cryst. Growth Des.?2023,?23, 2980?2987.
DOI：10.1021/acs.cgd.3c00082
CCDC：2179380
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圖形用戶(hù)界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）
精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）
CIF文件下載：CCDC[3]官網(wǎng)
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根據(jù)CCDC號(hào)從CCDC官網(wǎng)下到2179380.cif文件，用Olex2打開(kāi)并提取其hkl和res文件查看，如圖1所示，上面的甲磺酰基中的S–C鍵（S1–C17）和S=O鍵（S1–O1）鍵長(zhǎng)不正常，兩個(gè)均為1.6 ?左右，這顯然是有問(wèn)題的；下面的甲磺酰基的鍵長(zhǎng)是正常的，S–C鍵（S2–C31）鍵長(zhǎng)為1.75 ?，S=O鍵鍵長(zhǎng)為1.44 ?左右。
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在Olex2中按下快捷鍵Ctrl+M查看其差值電子密度圖，如圖2所示，C17周?chē)鸀榫G色電子云密度（表明此處應(yīng)為比C更大的原子），O1周?chē)鸀榧t色電子云密度（表明此處應(yīng)為比O更小的原子），考慮到原子類(lèi)型沒(méi)錯(cuò)，那只能說(shuō)明此處O1和C17均不是全占位，也就說(shuō)該基團(tuán)存在無(wú)序，另外觀(guān)察圖中央的吡啶環(huán)原子橢球，表明該吡啶環(huán)也存在輕微無(wú)序。
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按前述分析對(duì)鍵長(zhǎng)存疑的甲磺酰基和吡啶基做無(wú)序拆分處理，并用DFIX指令、SADI指令、ISOR指令和SIMU指令等對(duì)相關(guān)原子進(jìn)行適當(dāng)限制，最終結(jié)果如圖3所示。
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視頻操作演示請(qǐng)參閱：https://www.bilibili.com/video/BV1pz4y1F7Wb
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結(jié)語(yǔ)
結(jié)構(gòu)解析精修過(guò)程中應(yīng)當(dāng)注意觀(guān)察原子橢球，鍵長(zhǎng)，電子密度等相關(guān)信息，綜合考慮，如果存在無(wú)序，則應(yīng)進(jìn)行適當(dāng)?shù)臒o(wú)序處理。
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參考文獻(xiàn)
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