文獻晶體數(shù)據(jù)改進示例10(孿晶)
案例來源：Inorg. Chem.?2023,?62, 3153?3161
DOI：10.1021/acs.inorgchem.2c04050
CCDC：2113327
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圖形用戶界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）
精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）
CIF文件下載：CCDC[3]官網(wǎng)
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根據(jù)CCDC號從CCDC官網(wǎng)下到2113327.cif文件，用Olex2打開并提取其hkl和res文件查看，如圖1所示，觀察到精修中添加了孿晶法則（twin law），以及三甲基硅基的無序。
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如果將精修中的孿晶法則移除，并把無序去掉，結(jié)果如圖2所示，看起來R因子還可接受，最大殘余峰1.1也不算大，不過在結(jié)構(gòu)中兩個異丙基和三甲基硅基處可見明顯的Q峰，遇到這種情況，第一反應(yīng)通常是對其進行無序處理。
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不過呢，在進行無序處理之前，可以先看看結(jié)構(gòu)驗證報告的情況，發(fā)現(xiàn)兩個G級警報PLAT930和PLAT931，提示可能存在孿晶，如圖3所示。
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在PLATON[4]中運行TwinRotMat進行孿晶檢測，如圖4所示。
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檢測結(jié)果如下，發(fā)現(xiàn)了一個孿晶法則及相應(yīng)的批比例因子，如圖5所示。
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將孿晶法則和批比例因子摘抄為指令“TWIN -0.002 1.002 0 0.998 0.002 0 0 0 -1 2”和“BASF 0.22”并寫入ins文件，如圖6所示。另外可點擊界面右下角“HKLF5-Gener”按鈕以生成HKLF5格式的ins和hkl文件，如圖7所示。。
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在精修中加入孿晶法則后，R因子驟降，殘余峰也驟降，并且異丙基附近也沒有可疑的Q峰了，只不過三甲基硅基還是需要進行無序拆分處理，如圖8所示。
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使用HKLF5格式ins和hkl文件精修的結(jié)果如圖9所示。
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注意：有些數(shù)據(jù)采用簡單的加入TwinRotMat檢測到的孿晶法則和批比例因子進行精修時，無法使數(shù)據(jù)得到改善，甚至情況變得更糟糕，則可嘗試使用PLATON產(chǎn)生的HKLF5格式文件進行精修。通常情況下，當(dāng)?shù)谝环N方法不行時，第二種方法能夠得到較好結(jié)果。如果兩種方法均無法給出良好結(jié)果，那就需要從原始衍射照片入手進行孿晶拆分了。
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本案例中兩種方法均可給出不錯的結(jié)果，因此無論采用那個方法均可，其結(jié)果分別為圖10和圖11所示。
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本案例如果僅僅是做無序處理，而對孿晶視而不見，似乎也可以接受，如圖12所示。
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視頻操作演示請參閱：https://www.bilibili.com/video/BV1nw411r7cF
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結(jié)語
有時對不太關(guān)心的G類警報也可傾注一部分精力，也許就發(fā)現(xiàn)了意想不到的問題所在。當(dāng)然，在做無序處理之前，先進行孿晶檢測不失為一個好習(xí)慣。
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參考文獻
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