具有正反饋回路的運動途徑揭示了大腸癌的DNA甲基化生物標志物
2021-02-22 22:10 作者:geneXplain | 我要投稿
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本文發(fā)表在BMC Bioinformatics 期刊，科學家從300例大腸癌患者（處于疾病的不同階段）的腫瘤和正常腸上皮組織樣本中獲得的數(shù)據(jù)（數(shù)據(jù)來自歐盟支持的SysCol項目），分析了完整的全基因組基因表達數(shù)據(jù)（RNA-seq）和基因組CpG島的DNA甲基化數(shù)據(jù)（使用Illumina甲基化陣列）。
使用全自動多組學分析Web服務(wù)“My Genome Enhancer”（MGE）（my-genome-enhancer.com）對DNA甲基化的潛在表觀遺傳標志物進行了鑒定。 MGE結(jié)合使用基因調(diào)控數(shù)據(jù)庫TRANSFAC?，信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑數(shù)據(jù)庫TRANSPATH? ，以及使用AI（人工智能）方法進行癌癥特異性增強子分析的軟件對海量數(shù)據(jù)進行分析。
鑒定出的生物標記物又進一步用在結(jié)腸直腸癌患者的獨立血液樣本集上進行實驗測試。結(jié)果表明，使用先進的統(tǒng)計和機器學習方法，至少選擇了6種生物標記物，它們共同實現(xiàn)了最佳的癌癥檢測潛力。生物標記包括以下基因的調(diào)控區(qū)域中的高甲基化位置：CALCA，EN01，MYC，PDX1，TCF7，ZNF43。
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