追蹤科研最前沿方向，那必須還得靠“CNS”老大哥啊，雖然讓小云發(fā)CNS級(jí)別的文章是“為難臣妾了”，但從里面挖掘出生信方向可就是小云的看家本領(lǐng)。

科研人科研魂，爬起來(lái)看文獻(xiàn)啦，小云給你送上Nature文獻(xiàn)大餐“The metastatic spread of breast cancer accelerates during sleep”

文章最主要的發(fā)現(xiàn)就是：當(dāng)機(jī)體睡眠時(shí)，腫瘤會(huì)產(chǎn)生更多的循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC），并且大多數(shù)自發(fā)的CTC內(nèi)滲事件發(fā)生在睡眠期間，休息期CTC極易轉(zhuǎn)移。也就是說(shuō)腫瘤充分利用人體生物鐘的節(jié)律，在人體休息時(shí)，加快增殖，并且脫離，進(jìn)入血液循環(huán)系統(tǒng)，加速轉(zhuǎn)移。

從這個(gè)方向中可以挖掘出來(lái)什么生信研究點(diǎn)呢？那就是“晝夜節(jié)律”，并且晝夜節(jié)律紊亂本身也是一個(gè)影響腫瘤的獨(dú)立危險(xiǎn)因素，剛好可以做生信呀！

小云公眾號(hào)持續(xù)為大家?guī)?lái)最新生信思路，需要復(fù)現(xiàn)或定制分析思路的朋友歡迎call小云，風(fēng)里雨里小云公眾號(hào)等你！

下面就找篇晝夜節(jié)律方向的生信文章實(shí)踐一下，看看思路吧！

發(fā)表時(shí)間：2022年1月

發(fā)表雜志：Frontiers in Immunology

影響因子：IF=8.786

文章題目：基于生物鐘的新型列線圖的識(shí)別和對(duì)前列腺癌腫瘤免疫微環(huán)境的洞察

研究背景

目前，晝夜節(jié)律（Circadian rhythm，CDH）對(duì)前列腺癌 (PCA) 的腫瘤發(fā)生和進(jìn)展的影響仍有待了解。作者建立了一個(gè)新的列線圖基于生物鐘 (circadian clock，CIC) 相關(guān)基因來(lái)預(yù)測(cè)PCA 進(jìn)展，并提供了對(duì)腫瘤免疫微環(huán)境的見(jiàn)解。

數(shù)據(jù)來(lái)源

研究流程

主要結(jié)果

1. 差異表達(dá) CIC相關(guān)基因的鑒定和風(fēng)險(xiǎn)模型的構(gòu)建

將CIC 相關(guān)基因與 TCGA 中的差異和進(jìn)展相關(guān)基因交叉后，鑒定了 68 個(gè)基因。利用 Lasso 回歸分析確定了 20 個(gè)候選基因，通過(guò)驗(yàn)證DEGs和預(yù)后的一致性，使用10個(gè)基因建立預(yù)測(cè)模型。隨后，進(jìn)行ROC曲線分析以評(píng)估風(fēng)險(xiǎn)模型的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性，并基于風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分將患者分為高低風(fēng)險(xiǎn)，進(jìn)行KM生存曲線分析。

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2. 預(yù)后列線圖的開(kāi)發(fā)

建立基因特征的列線圖來(lái)預(yù)測(cè) PCA 患者的 PFI，并利用校準(zhǔn)曲線評(píng)估列線圖可靠性。

3. 基因臨床相關(guān)性和功能分析

分析10個(gè)基因之間、基因與TMB 和 MSI、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與臨床參數(shù)之間的相關(guān)性。最后對(duì)10個(gè)基因進(jìn)行GO、KEGG富集分析。

4. 基因組改變與預(yù)后的相關(guān)性

從 GSCALite 中獲得10 個(gè)基因的的拷貝數(shù)變異 (CNV)、單核苷酸變異 (SNV) 和甲基化水平，并分析其與 PCA 患者的OS和 PFI 的相關(guān)性。

5. 腫瘤免疫微環(huán)境與CIC通路相關(guān)基因的相關(guān)性

使用三種算法（Cibersort、Xcell 和 Mcpcounter）展示了 PCA 組織和正常組織中的免疫評(píng)分分布，使用 ssGSEA 來(lái)評(píng)估免疫浸潤(rùn)水平與基因之間的關(guān)聯(lián)，利用spearman相關(guān)系數(shù)分析風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與浸潤(rùn)的免疫細(xì)胞的相關(guān)性。分析風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與TMB、MSI 之間的相關(guān)性以及CIC通路基因與免疫檢查點(diǎn)基因之間的相關(guān)性。最后，在GDSCs 和 CTRP中分析10個(gè)基因與藥物敏感性之間的相關(guān)性。

文章小結(jié)

文章利用CIC相關(guān)基因構(gòu)建了風(fēng)險(xiǎn)模型并與免疫微環(huán)境、突變、藥敏性等進(jìn)行多重關(guān)聯(lián)分析，因?yàn)樽隽烁鞣N相關(guān)性分析所以數(shù)據(jù)量比較大，但思路并不復(fù)雜。想做晝夜節(jié)律的一個(gè)關(guān)鍵步驟就是獲得“CIC相關(guān)基因集合”，拿到這個(gè)集合換個(gè)疾病就是一篇新的文章了，并且這個(gè)方向腫瘤和非腫瘤疾病都適用哦！

蹭Nature的熱點(diǎn)，發(fā)自己的文章，目前“晝夜節(jié)律”這個(gè)方向的生信文章并不多，正是發(fā)文好時(shí)機(jī)，把握住喲（小云悄悄話：發(fā)文章也要講究天時(shí)地利人和，抓住時(shí)機(jī)還是很重要）

想復(fù)現(xiàn)這種思路或者定制更多創(chuàng)新性思路歡迎直接call小云，不知道自己關(guān)注疾病能不能做晝夜節(jié)律方向或者其他熱點(diǎn)方向也可以找小云，云生信團(tuán)隊(duì)竭誠(chéng)為您的科研助力！