故事發(fā)生在《正義聯(lián)盟 part 1》（即《正義聯(lián)盟》第一部）的幾周后。正義聯(lián)盟參與了一場自然災(zāi)害的救災(zāi)。但他們救了一群難民，引起了一些政治摩擦。事后，眾人在總部蝙蝠洞集合，閃電俠表現(xiàn)得很熱情，超人則一直顯得很疏離，尤其是對蝙蝠俠。海王此時(shí)面臨著亞特蘭蒂斯對自己身份的懷疑，神奇女俠向他提起自己的族人拋棄了人類。

短暫交談后會(huì)議解散。各回各家。

蝙蝠俠和路易斯都在追查萊克斯盧瑟，他們二人秘密地碰頭，但是不歡而散。路易斯告訴蝙蝠俠超人現(xiàn)在比任何人都需要她，蝙蝠俠覺得路易斯有事瞞著他。

【萊克斯組建自己的隊(duì)伍】

在巴西某雨林內(nèi)，萊克斯找到了隱居在此的毒藥博士（《神奇女俠1》反派）。毒藥博士通過某種藥物讓自己延壽，并一直在研究新的化學(xué)武器。多年來她一直搜尋亞馬遜人的蹤跡，想要報(bào)復(fù)神奇女俠。盧瑟提出結(jié)盟。

毒藥博士和萊克斯突襲Atacama沙漠的監(jiān)獄，救出了被囚禁其中的奧姆和黑蝠鲼（此處與《海王》結(jié)尾沖突）。隨后萊克斯一行人來到中心城，找到了寒冷隊(duì)長。萊克斯主動(dòng)提出為其升級武器，幫助寒冷隊(duì)長擊敗閃電俠。

在巴黎，戴安娜和亞馬遜人Menalippe找到了一種回到天堂島的辦法。Menalippe是《正義聯(lián)盟 part1》里女王派來警告戴安娜荒原狼入侵的亞馬遜人。戴安娜把真言套索綁在自己身上，套索會(huì)幫助她回憶起回家的路。但是在獲悉回家的路之后，套索還讓戴安娜看到了一些幻象：她看見自己變成了新的戰(zhàn)神與超人戰(zhàn)斗，并擊殺了超人。戴安娜嚇得大叫出聲，Menalippe救了她。

在鋼骨，艾瑞斯，和韋恩派出的律師的陪同下，閃電俠出席了重審他父親謀殺案的聽證會(huì)。

在水下，海王和湄拉正在參與一場戰(zhàn)爭，他們將統(tǒng)一7國中最后一個(gè)。亞瑟擊敗了對方的王，但他們還是拒絕與亞特蘭蒂斯統(tǒng)一，亞瑟感到有點(diǎn)不快。

鋼骨幫助蝙蝠俠升級了他蝙蝠洞中的系統(tǒng)，甚至給阿福搞出來一個(gè)女AI助手。鋼骨問蝙蝠俠為什么不回家住，阿福說因?yàn)轵饌b一直不想面對他自己。

蝙蝠俠此時(shí)到了加拿大某荒原，因?yàn)樗那閳?bào)說有人目擊到萊克斯于此處出現(xiàn)。但他找到的是謎語人。謎語人此時(shí)蓬頭垢面像個(gè)流浪漢，他告訴蝙蝠俠萊克斯給他出了道題，他曾經(jīng)一直待在這里想答案。

路易斯這邊則查到了毒藥博士。為了保密，她把所有資料寫在紙質(zhì)筆記里。她調(diào)查到越多毒藥博士的信息，越來越害怕。她終于發(fā)現(xiàn)了萊克斯在秘密地組建自己的罪犯隊(duì)伍。

回到加拿大這里，謎語人告訴蝙蝠俠萊克斯盧瑟向他展示了反生命方程，生命本質(zhì)的謎題，然后謎語人花了很久解出了它的答案。所以謎語人已經(jīng)知道反生命方程是什么，能用來干什么。一旦盧瑟擁有了它，一切將毫無意義。隨后謎語人精神崩潰，當(dāng)著蝙蝠俠的面開槍自殺。

【正聯(lián)與家人】

神奇女俠回到了天堂島，遇見了她的母親。她的母親為她開了慶祝會(huì)。

海王成功說服之前的The Unseen族結(jié)盟，至此亞特蘭蒂斯名義上統(tǒng)一。

巴里的父親被釋放。

路易斯對超人說她接受過去的克拉克肯特已死這一事實(shí)，但她必須去繼續(xù)追查萊克斯。隨后路易斯從斯萬維克將軍那里得知盧瑟已經(jīng)竊取了三個(gè)母盒，深感大事不妙。

萊克斯的計(jì)劃最終將摧毀正義聯(lián)盟，并且讓他完全掌握反生命方程的奧秘。一旦有了反生命方程，一切生命都將被他掌控。當(dāng)盧瑟激活3個(gè)母盒后，反生命方程開始閃爍，鋼骨感覺到了異常，他成為半機(jī)械生命之后第一次感受到了數(shù)據(jù)流的停頓。

突然萊克斯眼前張開了一個(gè)爆音通道。狄薩德和達(dá)克賽德走了出來。達(dá)克賽德瞬間將反生命方程奪走。

此時(shí)，超人蝙蝠俠和路易斯正在蝙蝠洞中，得知達(dá)克賽德降臨之后，超人叮囑蝙蝠俠，這是神與神的戰(zhàn)斗，讓蝙蝠俠保護(hù)好路易斯，因?yàn)槁芬姿故撬氖澜纭?/p>

超人飛走后，路易斯和蝙蝠俠爭吵起來。布魯斯知道路易斯懷孕了，但路易斯用“你又不是孩子的父親”結(jié)束了對話。隨后路易斯試圖把自己發(fā)現(xiàn)的盧瑟的陰謀告訴蝙蝠俠，但憤怒的蝙蝠俠一直不肯聽她說話。

萊克斯告訴達(dá)克賽德他的力量可以輕易殺死超人，但達(dá)克賽德認(rèn)為讓超人臣服更有意思。于是萊克斯告知了達(dá)克賽德路易斯是超人的弱點(diǎn)。

隨后超人趕到，大戰(zhàn)一觸即發(fā)！

但達(dá)克賽德并未與超人交戰(zhàn)太久，他直接用爆音通道傳送進(jìn)了蝙蝠洞，看見了路易斯。蝙蝠俠從上方的玻璃墻后面看著這一切。布魯斯感覺自己崩潰了，他能做什么呢？

隨后超人使出全力趕到哥譚，但他剛到蝙蝠洞就看到達(dá)克賽德從眼中釋放了奧米茄射線，路易斯當(dāng)著他面被燒成了飛灰。

超人大叫出聲，他的神志粉碎了。他沖向達(dá)克賽德，但達(dá)克賽德盯了他一眼，反生命方程起作用了。超人停住了，他的思想正被反生命方程感染。蝙蝠俠驚恐萬分地看著這一切。超人痛苦地捂住頭，雙眼逐漸變紅。。。

而就在路易斯警告蝙蝠俠之前，萊克斯已經(jīng)發(fā)動(dòng)突然攻擊。毒藥博士在天堂島登錄，引爆了她研制的化學(xué)武器，大批亞馬遜人死去。神奇女俠被毒死在她母親懷中，毒藥博士自己也掛著病態(tài)的笑容死去。

在亞瑟的加冕儀式上，奧姆和黑蝠鲼當(dāng)場將其擊殺，湄拉幸存下來，但是臉上留下一道傷疤。

寒冷隊(duì)長在中心城用盧瑟給的新武器攻擊了閃電俠，鋼骨為了救閃電俠被毀掉了半邊身體。

回到蝙蝠洞，被控制的超人開始追殺蝙蝠俠。蝙蝠俠毫無還手之力。

萊克斯覺得自己大獲全勝，但就在此時(shí)他遇上了超人，超人的雙眼發(fā)射了熱視線——

【跳至五年后】

哥譚已成為一片黃沙漫天的廢墟，蝙蝠俠在一個(gè)沙丘后面看著遠(yuǎn)處的韋恩大宅廢墟。身后跟著反抗軍成員——閃電俠和只剩下半邊的鋼骨。

蝙蝠俠看了看天說:"我們得在天黑前進(jìn)去，他要來了。。?！?/p>

《正義聯(lián)盟 part2》完

原《正義聯(lián)盟2 》/(后來的《正義聯(lián)盟3》)

綠燈俠坐在他的太空船內(nèi)，即將墜入地球。他不停地呼叫，但沒有收到任何人的回應(yīng)。

飛船最后還是墜毀了。綠燈聽到船艙外有人，蝙蝠俠幫他打開了艙門。此時(shí)大量類魔朝飛船涌來。和蝙蝠俠組隊(duì)的死亡射手幫助蝙蝠俠保護(hù)綠燈。閃電俠沖了過來。蝙蝠俠大吼讓閃電俠不用出手，因?yàn)樗哪芰μ^重要。閃電俠還是救了蝙蝠俠一次，但他也被類魔淹沒，隨后綠燈救下了閃電俠。

清完雜兵后，綠燈一邊用戒指分析地球一邊跟蝙蝠俠解釋了綠燈軍團(tuán)是什么。他來地球是為了找他失蹤的搭檔，但是他懷疑搭檔也和其他大部分綠燈俠一樣已經(jīng)陣亡了。達(dá)克賽德的大軍已經(jīng)在宇宙中攻陷了很多星球。蝙蝠俠說地球上發(fā)生的事情會(huì)改變這一切。隨后太陽下山，蝙蝠俠建議大家先回去。

【正聯(lián)再集結(jié)】

蝙蝠俠等人進(jìn)入了韋恩大宅下的反抗軍營地。湄拉在那里用亞瑟的三叉戟挑水。湄拉抱怨說飲用水越來越難找。

蝙蝠俠跟哈爾說他們在計(jì)劃推翻達(dá)克賽德的統(tǒng)治。哈爾則對他們很沒有信心。他想先修好自己的宇宙船然后再回宇宙里尋找幸存的綠燈。

【正聯(lián)的最后晚餐】

鋼骨只剩下一半的身軀，但是還有控制機(jī)械的能力。他鏈接在很多機(jī)器上，被掛在蝙蝠洞中央。他們造出了宇宙跑步機(jī)，可以讓閃電俠穿越時(shí)空。綠燈問能送回什么時(shí)候。

鋼骨解釋說宇宙跑步機(jī)還不算可控，現(xiàn)在每年只能開啟一次。只能把閃電俠送回固定時(shí)間的固定地點(diǎn)。但是跑步機(jī)的運(yùn)行需要一個(gè)母盒，他們可以從達(dá)克賽德那里偷出來。但是一旦開啟了跑步機(jī)，超人就會(huì)發(fā)現(xiàn)他們的藏身之處。此時(shí)全球幾乎所有人都被反生命方程控制，包括死亡射手的女兒，這也是為什么他加入了蝙蝠俠。

明天就是他們一年中可以開啟跑步機(jī)的時(shí)候，所以他們必須趕快。他們計(jì)劃讓閃電俠警告過去的布魯斯，但是閃電俠只能在過去的時(shí)空停留十幾秒，他一直在思考那十幾秒說什么才能結(jié)束這一切。眾人提議讓閃電俠喊”阻止萊克斯盧瑟“。但會(huì)后蝙蝠俠把閃電俠拉到一旁說他過去就試過阻止萊克斯，所以那句話沒用。布魯斯說一切都是自己的錯(cuò)，因?yàn)椤彼浅说氖澜纾移茐牧诉@個(gè)聯(lián)系“。

然后蝙蝠俠在閃電俠耳邊說了一句話，閃電俠聽到之后非常震驚。蝙蝠俠卻向他保證這句話會(huì)有用。

【任務(wù)】

第二天凌晨，蝙蝠俠一群人沖進(jìn)了一座教堂，教堂里有很多被控制的人類，他們匍匐在母盒之下。蝙蝠俠等人偷走了母盒，盡全力趕回蝙蝠洞。但這是超人開始追殺他們。

死射向超人射了一發(fā)氪石子彈，但超人閃過了，隨后擊殺了死亡射手。

湄拉試圖抽出超人體內(nèi)的水分，但是被超人碾成肉泥。

綠燈攻擊了超人，但是超人用熱視線摧毀了燈戒，并炸碎了綠燈的手臂。

鋼骨拼盡全力發(fā)動(dòng)了宇宙跑步機(jī)，超人將他丟給了類魔，隨后鋼骨被扯成碎片。閃電俠跳上跑步機(jī)開始狂奔，只有蝙蝠俠擋在他前面。

蝙蝠俠手上拿著氪石矛對抗超人，但超人毫不留情地用氪石矛刺穿了蝙蝠俠，但就在超人抓住閃電俠的前一秒，閃電俠成功進(jìn)行了時(shí)空跳躍。

【閃電俠回到過去】

回到了路易斯與蝙蝠俠爭吵的時(shí)候，路易斯告訴蝙蝠俠”你不是孩子的父親”。此時(shí)閃電俠穿越過來，他朝蝙蝠俠大喊道：“路易斯騙了你，你就是孩子的父親！”隨后消失。過去的蝙蝠俠非常震驚。

路易斯此時(shí)想要警告蝙蝠俠關(guān)于萊克斯的陰謀。這一次，蝙蝠俠聽了她的話。蝙蝠俠知道了萊克斯的全部陰謀。

這時(shí)，達(dá)克賽德傳送到了蝙蝠洞，又在盯著路易斯看。蝙蝠俠又一次隔著玻璃墻看著這一切。

這一次，蝙蝠俠鼓起勇氣撞碎了玻璃墻跳了下去，他擋在了路易斯前面，被奧米茄射線打成重傷。趕來的超人看到了重傷的蝙蝠俠，勃然大怒，暴打了達(dá)克賽德，逼得達(dá)克賽德暫時(shí)撤退。

路易斯趕緊把盧瑟的陰謀告訴了超人。于是超人以最快的速度飛走，阻止了神奇女俠和海王被殺。也阻止了鋼骨被突襲。

重傷的蝙蝠俠掙扎著站起來，爬上了蝙蝠戰(zhàn)機(jī)。臨走前他告訴路易斯“我們本可以在蝙蝠洞外面一起生活。”

【地球人聯(lián)合對外】

達(dá)克賽德發(fā)動(dòng)了對地球的全面入侵。正義聯(lián)盟無法應(yīng)對，但是這次他們不是孤身奮戰(zhàn)了。

在超人的帶領(lǐng)和鼓舞下，全世界各國聯(lián)合了起來，組成聯(lián)軍。

海王和神奇女俠也帶領(lǐng)各自的族人加入戰(zhàn)斗。

【世界皆正聯(lián)】

隨著戰(zhàn)斗的進(jìn)行，哈爾喬丹也帶著一群外星綠燈俠加入了戰(zhàn)斗。

這是整個(gè)DC宇宙第一次聯(lián)合起來作戰(zhàn)。在戰(zhàn)斗中，希波呂忒為了救神奇女俠而犧牲。

閃電俠開發(fā)出了分身能力，一個(gè)人匹敵一支軍隊(duì)。

鋼骨通過控制母盒自毀的方式削弱了達(dá)克賽德。

達(dá)克賽德被擊敗。

最終是蝙蝠俠犧牲了自己拯救了世界和正義聯(lián)盟。

【結(jié)局】

神奇女俠成為天堂島的新王，她幫助天堂島重新融入了人類世界，人類獲得了多年的和平。

海王的陸地人血統(tǒng)不再受到質(zhì)疑，開始受到亞特蘭蒂斯的尊敬。

鋼骨再度進(jìn)化，真正地成為電子時(shí)代的神，并獲得了變形成人類肉體的超能力。

而路易斯哀悼著蝙蝠俠之死。超人看著她，發(fā)現(xiàn)路易斯懷孕了。路易斯向超人坦白，但超人早已看穿了一切。他知道了自己該做什么，他沒有逃避，從容地?fù)肀Я寺芬姿购投亲永锏暮⒆印?/p>

他有了一個(gè)重新成為克拉克·肯特的理由。。。

【20年后】

此時(shí)正聯(lián)已經(jīng)有了更多成員，比如火星獵人。

20年后，在紀(jì)念蝙蝠俠犧牲的紀(jì)念儀式上，哥譚警局局長芭芭拉·戈登問路易斯準(zhǔn)備什么時(shí)候告訴孩子他的親生父親是誰。因?yàn)槎陙硎状危?span id="s0sssss00s" class="SearchEntity-Wrapper">哥譚市又出現(xiàn)了犯罪，人們又開始需要蝙蝠俠。

路易斯把孩子帶到了蝙蝠洞，在那里親口告訴他他的親生父親是蝙蝠俠。

于是在哥譚的陰影與月光中，出現(xiàn)了一位新蝙蝠俠。

【正聯(lián)三部曲至此完結(jié)】

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