文獻(xiàn)研討

01 文獻(xiàn)選品思維

藥大共識期刊：一流期刊

選題背景：基于GNPS的MN構(gòu)建是我近期探索的一個工具，于是選了和一篇解決MN構(gòu)建難點(diǎn)的前沿技術(shù)

性文章，和大家交流探討，該文章發(fā)表的雜志收錄在藥大共識期刊（一流期刊）目錄。

基于FBMN的GNPS分析

02 知識重點(diǎn)（文獻(xiàn)背景）

u 分子網(wǎng)絡(luò)技術(shù)對二級質(zhì)譜進(jìn)行相似性分析構(gòu)建分子網(wǎng)絡(luò)，目前GNPS是OA的質(zhì)譜數(shù)據(jù)處理平臺，能夠?qū)Ψ肿咏Y(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化和結(jié)構(gòu)注釋，包括Classic MN，featurenetworking

u關(guān)鍵技術(shù)問題：

Classic MN: ① 采用MS-Cluster algorithm對二級質(zhì)譜進(jìn)行分析，數(shù)據(jù)利用度不高【能利

用DDA數(shù)據(jù)，對DIA（MSe），IMS無法處理】；② 數(shù)據(jù)導(dǎo)出繁瑣等（必須Vendor

format：MZxml Mzml mgf）

u解決方案：

引入FBMN利用質(zhì)譜處理軟件的能力，并通過整合

MS1信息，如同位素模式和保留時間，以及離子淌度

分離，完善MN的構(gòu)建。

優(yōu)勢：

① 區(qū)分同分異構(gòu)體

② 利用注釋

③ 包含相對定量信息

02 文獻(xiàn)解讀

Fig. 1 | Methods for the generation of molecular networks from non-

targeted MS data with the GNPS web platform.

Fig. 2 | Comparisons of classical MN and FBMN

02 文獻(xiàn)解讀 圖1. GNPS上形成MN的方法

u ① classical MN ② FBMN.

u MSConvert軟件轉(zhuǎn)化mzML .

u classical MN method 運(yùn)行完全在 GNPS

platform, 通過MS-Cluster 聚類生成MN

u FBMN：① 通過對質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征提

取和峰對齊（MZmine, MS-DIAL, XCMS,

OpenMS, Progenesis QI or MetaboScape)

②導(dǎo)出feature quantification table (.TXT

format) and MS2 spectral summary (.MGF

format) or an mzTab-M file ③ 用FBMN 在

GNPS 進(jìn)行MN分析

02 文獻(xiàn)解讀 圖3. 經(jīng)典MN and FBMN的比較

人類微生物源性脂質(zhì)

u（c）經(jīng)典MN:兩種化合物

u（d）FBMN：每種化合

物3個isomer

感謝大家觀看！

文獻(xiàn)研討

01 文獻(xiàn)選品思維

藥大共識期刊：一流期刊

選題背景：基于GNPS的MN構(gòu)建是我近期探索的一個工具，于是選了和一篇解決MN構(gòu)建難點(diǎn)的前沿技術(shù)

性文章，和大家交流探討，該文章發(fā)表的雜志收錄在藥大共識期刊（一流期刊）目錄。

基于FBMN的GNPS分析

02 知識重點(diǎn)（文獻(xiàn)背景）

u 分子網(wǎng)絡(luò)技術(shù)對二級質(zhì)譜進(jìn)行相似性分析構(gòu)建分子網(wǎng)絡(luò)，目前GNPS是OA的質(zhì)譜數(shù)據(jù)

處理平臺，能夠?qū)Ψ肿咏Y(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化和結(jié)構(gòu)注釋，包括Classic MN，feature

networking

u關(guān)鍵技術(shù)問題：

Classic MN: ① 采用MS-Cluster algorithm對二級質(zhì)譜進(jìn)行分析，數(shù)據(jù)利用度不高【能利

用DDA數(shù)據(jù)，對DIA（MSe），IMS無法處理】；② 數(shù)據(jù)導(dǎo)出繁瑣等（必須Vendor

format：MZxml Mzml mgf）

u解決方案：

引入FBMN利用質(zhì)譜處理軟件的能力，并通過整合

MS1信息，如同位素模式和保留時間，以及離子淌度

分離，完善MN的構(gòu)建。

優(yōu)勢：

① 區(qū)分同分異構(gòu)體

② 利用注釋

③ 包含相對定量信息

02 文獻(xiàn)解讀

Fig. 1 | Methods for the generation of molecular networks from non-

targeted MS data with the GNPS web platform.

Fig. 2 | Comparisons of classical MN and FBMN

02 文獻(xiàn)解讀 圖1. GNPS上形成MN的方法

u ① classical MN ② FBMN.

u MSConvert軟件轉(zhuǎn)化mzML .

u classical MN method 運(yùn)行完全在 GNPS

platform, 通過MS-Cluster 聚類生成MN

u FBMN：① 通過對質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行特征提

取和峰對齊（MZmine, MS-DIAL, XCMS,

OpenMS, Progenesis QI or MetaboScape)

②導(dǎo)出feature quantification table (.TXT

format) and MS2 spectral summary (.MGF

format) or an mzTab-M file ③ 用FBMN 在

GNPS 進(jìn)行MN分析

02 文獻(xiàn)解讀 圖3. 經(jīng)典MN and FBMN的比較

人類微生物源性脂質(zhì)

u（c）經(jīng)典MN:兩種化合物

u（d）FBMN：每種化合

物3個isomer

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編輯于 2022-03-08 02:18