在上篇中，我們介紹了如何使用Land Explorer評(píng)估關(guān)鍵marker，從GTEx基因表達(dá)視圖、Human Cell Landscape視圖尋找細(xì)胞特異性的表達(dá)模式。而且，我們也介紹了如何準(zhǔn)備數(shù)據(jù)、批量上傳單細(xì)胞差異表達(dá)基因的數(shù)據(jù)到IPA中，并進(jìn)行批量分析。在中篇我們將深入查看IPA的批量分析結(jié)果。

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1.?對(duì)比分析

核心分析完成后，您可以創(chuàng)建一個(gè)比較分析來(lái)并排比較核心分析結(jié)果（即把多個(gè)類(lèi)型細(xì)胞簇的結(jié)果并排在一張圖進(jìn)行對(duì)比）。如下顯示了Comparison?Analysis的設(shè)置窗口：

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圖1：Comparison?Analysis的設(shè)置和圖例

比較分析的結(jié)果有數(shù)個(gè)選項(xiàng)卡：經(jīng)典通路、上游分析、疾病和功能、調(diào)節(jié)因子效應(yīng)等。下圖顯示了經(jīng)典通路頁(yè)面，如上部的樹(shù)狀圖所示，就預(yù)測(cè)的經(jīng)典通路活性而言，肝星狀細(xì)胞和Kupffer細(xì)胞相互間比肝細(xì)胞更相似。在14周齡的肝細(xì)胞中，與肝功能有關(guān)的幾種通路已經(jīng)激活，例如與外源性代謝、膽固醇生物合成和急性期反應(yīng)有關(guān)的通路。

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圖2：經(jīng)典通路比較分析的局部

這種對(duì)經(jīng)典通路進(jìn)行對(duì)比分析的應(yīng)用有沒(méi)有文獻(xiàn)案例呢？歡迎參考我們之前的推文《IPA揭示單細(xì)胞視角下小鼠食管上皮細(xì)胞群的通路調(diào)節(jié)》。

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2.?總結(jié)性網(wǎng)絡(luò)圖

Graphical Summary利用了機(jī)器學(xué)習(xí)，對(duì)分析結(jié)果中的關(guān)鍵預(yù)測(cè)子集進(jìn)行優(yōu)先級(jí)排序和連接。

Kupffer細(xì)胞是在維持肝功能方面發(fā)揮關(guān)鍵作用的常駐肝巨噬細(xì)胞。在生理?xiàng)l件下，它們是靠前先天免疫細(xì)胞，保護(hù)肝臟免受細(xì)菌感染。

鑒于Kupffer細(xì)胞在肝臟中的作用，基因表達(dá)與免疫反應(yīng)和免疫細(xì)胞發(fā)育是否是一致的呢？不出所料，IPA預(yù)測(cè)出了相關(guān)功能的激活（如下圖），如單核白細(xì)胞的分化、巨噬細(xì)胞的吞噬作用，以及免疫調(diào)節(jié)因子如IRF7、IFNA2和BHLE40的激活。

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圖3：Kupffer細(xì)胞的Graphical Summary

同理，另外兩種細(xì)胞的結(jié)果圖中也可總結(jié)出關(guān)鍵的預(yù)測(cè)信息?？梢?jiàn)，Graphical Summary有助于用戶(hù)快速掌握各個(gè)細(xì)胞簇內(nèi)通路的激活和抑制狀態(tài)、以及關(guān)鍵的調(diào)節(jié)因子和功能影響。

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圖4：肝實(shí)質(zhì)細(xì)胞（左）和肝星狀細(xì)胞（右）的Graphical Summary

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3.?經(jīng)典通路的氣泡圖

在各個(gè)細(xì)胞簇的核心分析界面，您可以通過(guò)氣泡圖形式查看富集到的通路，以及他們激活和抑制的狀態(tài)。

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圖5：肝星狀細(xì)胞的經(jīng)典通路氣泡圖

并且可以打開(kāi)通路，查看各個(gè)基因的上調(diào)和下調(diào)情況。

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圖6：肝纖維化/肝星狀細(xì)胞活化通路的局部

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在下一篇推文中，我們會(huì)查看上游分析、下游分析的結(jié)果，找出生物學(xué)因果關(guān)系。