八月份單細(xì)胞測(cè)序相關(guān)文獻(xiàn)共收集到41篇（IF>9），文末列表中列出文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺(tái)等信息，接下來(lái)先看看其中5篇。

文章展示

【標(biāo)題】粘膜或全身暴露于微生物群影響B(tài)細(xì)胞庫(kù)的形成

【平臺(tái)】10X V(D)J

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時(shí)間】2020-08-05

【摘要】微生物群定植會(huì)刺激B細(xì)胞，誘導(dǎo)免疫球蛋白，但許多菌群定植的哺乳動(dòng)物擁有高度復(fù)雜和個(gè)體化的免疫球蛋白庫(kù)。研究人員使用簡(jiǎn)化的模型，對(duì)無(wú)菌小鼠中不同微生物群進(jìn)行瞬時(shí)暴露，以探究微生物群如何塑造B細(xì)胞庫(kù)及其功能響應(yīng)能力。他們通過(guò)深度測(cè)序跟蹤了B細(xì)胞群體以及單細(xì)胞中免疫球蛋白庫(kù)的發(fā)展。腸道粘膜上的微生物暴露所產(chǎn)生的寡克隆反應(yīng)不同于無(wú)菌小鼠，并且不同于靜脈注射導(dǎo)致全身性暴露于微生物群后所產(chǎn)生的多樣性。劑量遞增后，IgA庫(kù)（主要識(shí)別細(xì)胞表面抗原）沒(méi)有擴(kuò)增，而全身性接觸微生物使IgG庫(kù)增加并可識(shí)別微生物細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞表面抗原。暴露于微生物主要影響B(tài)細(xì)胞在記憶和漿細(xì)胞階段特征性免疫球蛋白重鏈庫(kù)的形成。有序地全身性暴露于不同的微生物類群可使IgG種類多樣化，并促進(jìn)了其他特異性反應(yīng)，而依次暴露于粘膜則產(chǎn)生有限的重疊種類，并且會(huì)破壞初始IgA結(jié)合特異性。這顯示了免疫系統(tǒng)對(duì)全身性暴露的靈活反應(yīng)和避免致命性敗血癥反應(yīng)，這與暴露于粘膜后產(chǎn)生的受限反應(yīng)之間形成對(duì)比，反映了粘膜中宿主-共生微生物的一般性質(zhì)。

【標(biāo)題】有袋動(dòng)物胚胎發(fā)生和X失活的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜

【平臺(tái)】Smart-seq2

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時(shí)間】2020-08-19

【摘要】胚胎的單細(xì)胞RNA測(cè)序可以以前所未有的分辨率解決發(fā)育的轉(zhuǎn)錄環(huán)境。迄今為止，關(guān)于哺乳動(dòng)物胚胎單細(xì)胞RNA測(cè)序的研究主要集中在真哺乳亞綱動(dòng)物。對(duì)哺乳動(dòng)物之外群體的分析有可能發(fā)現(xiàn)高度保守的譜系特征和多能性因素，并且可以擴(kuò)展人們對(duì)X劑量補(bǔ)償?shù)睦斫?。大約在1.6億年前，后哺乳下綱（有袋類）哺乳動(dòng)物與真獸亞綱哺乳動(dòng)物分離。它們具有獨(dú)特的發(fā)育特征，包括晚期著床和印跡X染色體失活，這與XIST樣非編碼RNA RSX3的表達(dá)有關(guān)。本文研究者對(duì)有袋類動(dòng)物灰色短尾負(fù)鼠(Monodelphis domestica)的胚胎發(fā)生和X染色體失活進(jìn)行了單細(xì)胞RNA測(cè)序分析。研究人員揭示了表皮細(xì)胞、原始內(nèi)胚層和滋養(yǎng)外胚層的發(fā)育軌跡和轉(zhuǎn)錄特征，并鑒定了真獸亞綱動(dòng)物-有袋動(dòng)物分離之前深度保守的譜系特異標(biāo)記。RSX包被和X染色體失活在發(fā)育早期快速產(chǎn)生。該研究結(jié)果支持以下假說(shuō)：在具有早期X染色體失活的生物中，印跡X染色體失活可阻止雙等位基因X沉默。研究者發(fā)現(xiàn)XSR是一種從活性X染色體表達(dá)的RSX反義轉(zhuǎn)錄本，是印跡X染色體失活的候選調(diào)控因子。該研究數(shù)據(jù)集在進(jìn)化上提供了對(duì)哺乳動(dòng)物胚胎發(fā)育和X劑量補(bǔ)償?shù)男乱?jiàn)解。

【標(biāo)題】異型細(xì)胞-細(xì)胞通訊調(diào)節(jié)腺干細(xì)胞的多能性

【平臺(tái)】Smart-seq2

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時(shí)間】2020-08-26

【摘要】腺上皮包括乳腺和前列腺，由基底細(xì)胞(BCs)和腔細(xì)胞(LCs)組成。許多腺上皮細(xì)胞是由多能基底干細(xì)胞(BSCs)發(fā)育而來(lái)的，成年后這些細(xì)胞會(huì)被不同的單能干細(xì)胞所取代。然而，成體單能骨髓干細(xì)胞在再生條件下和癌基因表達(dá)時(shí)可以重新激活多能性。這表明，在正常生理?xiàng)l件下，一種活躍的機(jī)制限制了BSC的多能性，盡管這種機(jī)制的性質(zhì)尚不清楚。本文研究者表明LCS的消融可以在小鼠體內(nèi)和體外在器官中重新激活來(lái)自多個(gè)上皮細(xì)胞的BSCs的多能性。Bulk和單細(xì)胞RNA測(cè)序顯示在LC消融后，BSCs在產(chǎn)生LCs之前激活了一個(gè)混合的基底和腔細(xì)胞分化程序，這讓人想起在胚胎發(fā)育過(guò)程中調(diào)節(jié)多能性的遺傳程序。通過(guò)從單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)配體-受體對(duì)，研究者發(fā)現(xiàn)LCS分泌的TNF-在正常生理?xiàng)l件下限制了BC的多能性。相反，LC消融后，Notch、Wnt和EGFR通路在BSCs及其子代中被激活，阻斷這些通路或刺激TNF通路可抑制再生誘導(dǎo)的BC多能性。本研究表明，LCS和BCS之間的異型交流對(duì)于維持腺上皮干細(xì)胞的譜系保真度是必不可少的。

【標(biāo)題】結(jié)合scRNA-Seq和細(xì)胞內(nèi)蛋白活性揭示TREM2在腫瘤中的免疫抑制作用

【平臺(tái)】10X5，MARS-seq 2.0，CyTOF ?

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時(shí)間】2020-08-11

【摘要】細(xì)胞功能和活性是通過(guò)整合信號(hào)、表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄和代謝途徑來(lái)調(diào)節(jié)的。本文介紹INS-SEQ，一種大規(guī)模并行記錄單細(xì)胞RNA序列(scRNA-SEQ)和細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)活性的集成技術(shù)。研究者通過(guò)分析免疫信號(hào)、轉(zhuǎn)錄因子組合和代謝活性的不同細(xì)胞內(nèi)信號(hào)，展示了INS-SEQ在發(fā)現(xiàn)新的免疫亞群方面的廣泛用途。腫瘤模型中表達(dá)精氨酸酶1的細(xì)胞的綜合圖譜是抑制活性的代謝免疫標(biāo)志，發(fā)現(xiàn)了新的Arg1+TREM2+調(diào)節(jié)性髓樣(MREG)細(xì)胞，并確定了與這些細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)志物、代謝活性和途徑。TREM2基因消融可抑制腫瘤內(nèi)MREG細(xì)胞的積聚，導(dǎo)致功能障礙的CD8+T細(xì)胞明顯減少，腫瘤生長(zhǎng)減慢。這項(xiàng)研究建立了INS-SEQ作為一種廣泛適用的技術(shù)，用于闡明整合的轉(zhuǎn)錄和細(xì)胞內(nèi)圖譜，并鑒定腫瘤中髓系抑制細(xì)胞的分子特征。

【標(biāo)題】單細(xì)胞RNA測(cè)序揭示肺癌治療誘導(dǎo)的進(jìn)化

【平臺(tái)】Smart-seq2

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時(shí)間】2020-08-20

【摘要】肺癌是癌癥死亡的主要原因，它表現(xiàn)出異質(zhì)性，這使得適應(yīng)性成為可能，限制了治療的成功，并且仍然不完全清楚。對(duì)30例轉(zhuǎn)移性肺癌患者在靶向治療前和治療期間的49例臨床活檢標(biāo)本進(jìn)行了單細(xì)胞RNA序列測(cè)定(scRNA-seq)。20,000多份癌癥和腫瘤微環(huán)境(TME)單細(xì)胞圖譜揭示了一個(gè)豐富而充滿活力的腫瘤生態(tài)系統(tǒng)。癌細(xì)胞的scRNA-seq比臨床檢測(cè)到的基因更能照亮靶向癌基因。作為殘留病(RD)在治療中存活的癌細(xì)胞表現(xiàn)出肺泡再生細(xì)胞信號(hào)，提示治療誘導(dǎo)的原始細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)變，而那些出現(xiàn)在腫瘤治療進(jìn)展性疾病(PD)中的癌細(xì)胞上調(diào)了犬尿氨酸、纖溶酶原和縫隙連接通路。RD組T淋巴細(xì)胞活躍，巨噬細(xì)胞減少，PD表現(xiàn)為免疫抑制細(xì)胞狀態(tài)。ScRNA-seq揭示的生物學(xué)特征是獨(dú)立隊(duì)列中臨床結(jié)果的生物標(biāo)志物。這項(xiàng)研究強(qiáng)調(diào)了治療誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)移性癌癥多細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)的適應(yīng)如何影響臨床結(jié)果。

文章列表

下表列出41篇文獻(xiàn)信息，一起看看有沒(méi)有您關(guān)注的研究方向，可提供相關(guān)原文