LD衰減分析的目的：

????① 過(guò)濾連鎖不平衡的SNP位點(diǎn)（僅用于群體結(jié)構(gòu)分析，避免強(qiáng)相關(guān)性的SNP對(duì)群體結(jié)構(gòu)分析影響）。

????② 找關(guān)聯(lián)分析后定位的QTL r2（相關(guān)系數(shù)）對(duì)應(yīng)的衰減距離內(nèi)的基因。

LD衰減過(guò)濾SNP位點(diǎn)只用于群體結(jié)構(gòu)分析中，過(guò)濾掉r值高于標(biāo)準(zhǔn)r的SNP（即高連鎖高相關(guān)的SNP），過(guò)濾掉的位點(diǎn)不會(huì)用于關(guān)聯(lián)分析。

常見(jiàn)標(biāo)準(zhǔn)：LD系數(shù)（r2）衰減到最大值的一半時(shí)，所對(duì)應(yīng)的距離，則為后續(xù)分析使用。

LD衰減分析可以使用tassel、plink、popLDdecay、gapit等工具進(jìn)行。這里只演示popLDdecay，需要在linux系統(tǒng)使用。

popLDdecay的中文使用手冊(cè)：https://zhuanlan.zhihu.com/p/431182680

Q矩陣可以用admixture、fast structure、structure等工具分析得到。這里只演示admixture，需要在linux系統(tǒng)使用。

大致步驟是：先用plink根據(jù)LD衰減分析得到的范圍進(jìn)行篩選，再用admixture進(jìn)行分析。