最近進入到了一個新課題組，可能需要使用到實驗室已有的分析流程開展蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)的數(shù)據(jù)分析。新實驗室的主流程使用編程語言是python3，項目開展的流程則是用Jupyter notebook實現(xiàn)的，因此，了解Jupyter notebook的使用就成了本公眾號作者的剛性需求。于是，在學(xué)習(xí)的同時進行記錄，一方面方便后續(xù)溫故知新，另一方面也方便有相應(yīng)需求的同學(xué)迅速上手。

對于Jupyter notebook而言，官方文檔是這樣介紹：Jupyter notebook是一個開源的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序，允許你創(chuàng)建和分享包含實時代碼、方程式、可視化和敘述性文本的文檔。其用途包括：數(shù)據(jù)清理和轉(zhuǎn)換、數(shù)值模擬、統(tǒng)計建模、數(shù)據(jù)可視化、機器學(xué)習(xí)等等。而對于我們這些使用者而言，這其實是一個類似于騰訊文檔的可以在線的python編譯器，利于相應(yīng)人員協(xié)作進行python開發(fā)。

那么，該如何安裝這個python包呢。以下將分為幾步進行介紹

1、??安裝方式

安裝的方式有很多，但對于已經(jīng)安裝了pip的用戶來說，則以下兩行命令即可實現(xiàn)。

2、啟動腳本

完成安裝之后，通過在命令行輸入命令（如圖一中的紅色虛線框0）打開jupyter notebook的網(wǎng)絡(luò)終端信息。

4、創(chuàng)建用戶目錄

進入Jupyter notebook的網(wǎng)頁端之后，首先映入眼簾的就是一系列的默認(rèn)文件。這些都是系統(tǒng)的默認(rèn)文件，暫時不需要用到，所以暫時忽略。而為方便在剩下的推文中更好的展示操作流程，本推文作者在根目錄下（圖二中的紅框2）創(chuàng)建了一個用戶目錄usr_dir。創(chuàng)建方法就是在圖二紅框3中選擇“新建”選項，在下拉菜單中選擇“文件夾”選項，創(chuàng)建用戶目錄。

5、創(chuàng)建項目

隨后，在圖三紅框4中的用戶目錄下，“新建”選項中點擊紅框5的“Python3(ipykernel)”選項，創(chuàng)建以ipynb格式的文件（紅框6）。該文件所包含的內(nèi)容即為一個流程所需要的所有文件的集合。

6、項目啟動

那么，如何開始我們的項目呢。首先，需要打開我們新建的項目，之后會彈出一個新的頁面，如圖四所示。而在圖四紅框7中可以輸入你的python腳本，如本文輸入的是“print(‘hello world’)”。

點擊紅框8的“運行”選項，即在紅框9中顯示結(jié)果“hello world”。其中紅框8和紅框9的內(nèi)容共同組成了項目的一個cell。通過將許許多多的cell組合起來，即構(gòu)成一個完整的Jupyter notebook項目。

7、Jupyter notebook優(yōu)勢小結(jié)

以Jupyter notebook為基礎(chǔ)開發(fā)項目，至少擁有以下三個優(yōu)勢：一是可以像圖五的紫色虛線框（下文簡稱紫框）10所顯示的那樣，將單個cell腳本和cell腳本運行的結(jié)果文件合并儲存為一個項目文件；二是通過圖6的紫框11的“上傳”選項將別人的ipynb項目上傳到網(wǎng)頁端進行分析調(diào)用；三是對于自己已經(jīng)寫好的項目，如紫框12的文件，可以通過選擇紫框13的“下載”選項，將你所撰寫好的項目以ipynb格式的文件分享給別人。

當(dāng)然，Jupyter notebook開發(fā)項目的優(yōu)勢遠(yuǎn)不止以上幾點。剩下的許多優(yōu)勢還需要讀者在后續(xù)使用過程中自己了解。

以上就是Jupyter的簡要使用指南，如想要進一步了解該腳本，可以移步官網(wǎng):https://jupyter.org/index.html

三 慣例小結(jié)

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另外，怎么說呢，投。。。。。。幣也可，不強求，但奢求?