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項目文章 | 高效化學同位素標記(HP-CIL)代謝組學技術探索唾液樣本中阿爾茨海默病的

2023-08-04 15:02 作者:邁理奧代謝  | 我要投稿

一、背景介紹

阿爾茨海默病(AD)是一種影響認知能力和行為表現的神經退行性疾病,目前面臨早期確認信號缺乏以及預后的精確度差等問題。相比于腦脊液、血液等,唾液具有無創(chuàng)且便于獲取等優(yōu)點,是一種很有前景的生物體液,可以促進AD生物標志物研究的多樣化。加拿大皇家科學院厲良教授采用高效化學同位素標記(High Performance-Chemical Isotope labeling,HP-CIL)代謝組學技術,收集認知正常(CN)、輕度認知障礙(MCI)和阿爾茨海默?。?strong>AD)人群唾液樣本,進行全面代謝組學分析,探索與AD相關的潛在生物標志物


二、研究路線

本研究使用了HP-CIL代謝組學技術分析CN、MCI和AD人群的唾液樣本之間的代謝物差異。其中發(fā)現集(DP):MCI(n=25)、AD(n=22)和CN(n=35),驗證集(VP):MCI(n=10)、AD(n=7)和CN(n=10)。圖1為本研究的工作流程。

圖1 工作流程

三、研究結果

01唾液代謝組的特征

我們分析了發(fā)現集(DP)中82份唾液樣本,共獲得了6230個獨特的峰對,在50%以上的樣品中普遍檢測到3801個峰對。根據精確分子量和保留時間,匹配丹磺?;瘶藴势窋祿欤–IL Library)79種代謝物,以及使用精確分子量,在MyCompoundID (MCID)數據庫識別到3588種代謝物。在神經退行性疾病方面的研究,與現有的唾液、血液代謝組學技術相比,HP-CIL代謝組學技術的整體代謝組覆蓋率顯著提升。

02多變量統(tǒng)計分析

主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)可以發(fā)現組間有一些初始分離,但CN和MCI組間分離不是很明顯,表明MCI和CN組間的代謝組學差異低于AD和CN組間;正交偏最小二乘判別分析(Orthogonal projections to latent structures,OPLS-DA)顯示三組顯著分離,具有高驗證參數(R2Y=0.93和Q2Y=0.79),證明了模型的穩(wěn)健性;為了觀察從不同人群的唾液代謝變化進展,繪制在三組人群的OPLS-DA?3D圖,結果表明代謝變化顯著,其中MCI組位于中間位置,而AD組距離CN組較遠。(圖2)

圖2 多變量統(tǒng)計分析結果(A)PCA圖、(B)OPLS-DA圖、(C)OPLS-DA 3D圖

03?AD診斷生物標志物的篩選和驗證

圖3表明,不同組間OPLS-DA圖都有明顯的組分離和有效性指標,證實了模型良好的擬合度和預測能力。在AD與CN比較的火山圖中,AD組與CN組有175種顯著差異代謝物,AD組與MCI組有142種差異代謝物,MCI組與CN組有59種差異代謝物(p<0.01,FC>1.2)(圖4)。結合OPLS-DA和火山圖分析的結果,選擇在兩種分析中都有意義的代謝物,并對其進行受試者工作特征曲線 (receiver operating characteristic curve,ROC)分析。

圖3 OPLS-DA得分曲線圖(A)CN與MCI,(B)CN與AD,以及(C)MCI與AD


圖4 火山圖(A)CN與MCI;(B)CN與AD,(C)MCI與AD

運用HP-CIL代謝組學技術對驗證集樣本(VP)進行代謝物檢測。在三組27個樣本中檢測到4157個峰對。其中,50%以上的樣品中普遍存在3184個峰對。根據DP和VP的AUC≥0.75標準,分別在AD與CN(n=63)、AD與MCI(n=48)和MCI與CN(n=2)的比較中,識別出許多代謝物,其表現持續(xù)良好。其中,確定了區(qū)分AD和CN的4種代謝物(苯丙氨酰-丙氨酸、尿毒酸、苯丙氨酰-苯丙氨酸和色氨酸-酪氨酸),區(qū)分AD和MCI的3種代謝物(苯丙氨酰-脯氨酸、丙氨酰-苯丙氨酸、苯丙氨酰-甘氨酸)。

04AD診斷模型的建立和驗證

使用MetobAnalyst對DP的三組樣本進行兩兩比較,根據結果開發(fā)了診斷模型(表1)。使用前3種代謝物(甲基鳥苷、組二酰苯丙氨酸、膽堿-胞苷)區(qū)分AD和CN,DP中AUC=1.000,VP中的AUC=1.000,診斷敏感性為100%,特異性為100%;使用相應的前3種謝物(氨基二酚、葡萄糖半乳糖羥賴氨酸-H2O、氨基丁酸+H2)區(qū)分AD與MCI,DP中的AUC=1.000,VP中的AUC=1.000,靈敏度為100%,特異度為100%;使用前2種代謝物(葡萄糖基半乳糖羥基賴氨酸H2O、谷氨酰胺卡尼汀),區(qū)分MCI和CN,DP中的AUC=0.779,VP中的AUC=0.889,敏感性為100%,特異性為70.0%。在兩兩比較中觀察到的兩個小組(CN與AD和MCI與AD)的辨別性能大大好于第三個小組(MCI與CN)。

表1 根據顯著差異的代謝物進行兩兩比較的代謝診斷模型

表2為使用明確代謝物建立了診斷模型列表。結果表明,使用三種明確代謝物苯丙氨酰-脯氨酸、苯丙氨酰苯丙氨酸和尿囊酸的生物標志物組合區(qū)分AD和CN,在DP和VP中產生的AUC值分別為0.820和0.814,敏感性為71.4%,特異性為90.0%;使用丙氨酰-苯丙氨酸和苯丙氨酰-脯氨酸組成的雙標記物對區(qū)分AD和MCI,DP組AUC值為0.881,VP組AUC值為0.786,敏感性為71.4%,特異性為80.0%。

表2 使用明確代謝物構建代謝診斷模型

為了檢查VP數據的結果,我們對DP和VP組合的數據集執(zhí)行了另一組ROC分析,同時分析這兩個數據集提供了一種間接的方法來交叉驗證此前發(fā)現的生物標志物面板性能。在表1和表2中展示AUC、靈敏度和特異度結果的總體分析。圖5和圖6顯示ROC曲線和排列測試。在所有情況下,排列測試結果都是顯著的(p<0.01)。對原始驗證數據的這種全樣本檢查表明,表1和表2所示的生物標志物小組的表現穩(wěn)健,發(fā)現的潛在生物標志物可有效進行不同人群的區(qū)分。

圖5 使用已鑒定的代謝物進行兩兩比較的ROC曲線和排列測試(重復100次)(A)AD vs CN,(B)AD vs MCI,(C) MCI vs CN


圖6 使用確定的代謝物進行成對比較的ROC曲線和排列試驗(重復100次)(A)AD vs CN,(B)AD vs MCI,(C) MCI vs CN

05代謝通路

在AD與CN和AD與MCI的比較中,有6個二肽顯著失調。唾液中顯著上調的二肽可以作為診斷生物標志物,能夠有效區(qū)分AD組和CN組,甚至AD組和MCI組。在DP與VP中,AD組與CN組也檢測到尿毒酸有一致的變化。本研究還發(fā)現AD患者唾液中尿毒酸水平失調,其尿毒酸濃度是CN組的3倍,這種差異可能是由于尿毒酸代謝的物種特異性所致。然而,唾液中尿原酸的失調支持了AD患者組胺能系統(tǒng)潛在的生物學紊亂,并表明了免疫調節(jié)和炎癥過程在AD進展過程中的重要性。

四、研究結論


本研究采用HP-CIL代謝組學技術對唾液樣本進行系統(tǒng)分析,構建了一種使用唾液發(fā)現AD的診斷生物標志物的方法,高質量的數據結果突出了其在AD研究中的重要作用,結合機器學習開發(fā)的潛在生物標志物有望實現AD的精確鑒別診斷。


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