蛋白質(zhì)PDB文件中為什么會(huì)出現(xiàn)非標(biāo)準(zhǔn)殘基？
自然修飾：生物體內(nèi)往往會(huì)進(jìn)行各種氨基酸的后轉(zhuǎn)錄修飾，例如磷酸化、糖基化、乙?；?。這些修飾會(huì)對(duì)氨基酸的結(jié)構(gòu)乃至功能產(chǎn)生重大影響，因此在PDB文件中，這類非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸往往會(huì)被特別標(biāo)注。
合成修飾：在實(shí)驗(yàn)室中，科學(xué)家往往會(huì)用化學(xué)方法人為地修改蛋白質(zhì)，導(dǎo)入非自然的氨基酸。這類所引入的非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸也會(huì)被標(biāo)注在PDB文件中。
解析錯(cuò)誤：在某些情況下，歷史原因或數(shù)據(jù)處理過程中的錯(cuò)誤可能導(dǎo)致非標(biāo)準(zhǔn)的氨基酸出現(xiàn)在PDB文件中。
人為設(shè)計(jì)：在一些生物工程或蛋白質(zhì)工程的應(yīng)用中，人們會(huì)將非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸插入蛋白質(zhì)以達(dá)到一些特定的目的，比如改變蛋白質(zhì)的活性，穩(wěn)定蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)或改變蛋白質(zhì)的親和性等。
值得注意的是，無論是因?yàn)樽匀恍揎棧€是人為設(shè)計(jì)或者解析錯(cuò)誤，PDB中的非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸都是必要的，因?yàn)樗鼈兲峁┝说鞍踪|(zhì)的完整和全面信息。
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