ChIP-Seq，MeRIP-seq峰（peak），eccDNA等染色體分布可視化
圖1. 人類染色體
1，打開(kāi)染色體分布繪圖頁(yè)面
首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開(kāi)染色體分布繪圖頁(yè)面。左側(cè)為常見(jiàn)作圖導(dǎo)航，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。也可以在主頁(yè)搜索框中搜索chromosome，找到繪圖頁(yè)面。
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_up_down_gene_chromsome_distribution_plot_095
圖2.染色體分布繪圖頁(yè)面
2，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)。
圖3. 輸入數(shù)據(jù)示例
示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括兩組，即最多繪制染色體上面和下面兩組數(shù)據(jù)：
第1列是染色體號(hào)，去掉了chr
第2列是基因組坐標(biāo)，對(duì)于小片段來(lái)說(shuō)，起始坐標(biāo)，終止坐標(biāo)及中點(diǎn)坐標(biāo)在染色體尺度上基本沒(méi)有區(qū)別，因此，這里可以直接使用獲得的peak的中點(diǎn)坐標(biāo)。
3，粘貼示例數(shù)據(jù)
直接復(fù)制示例數(shù)據(jù)中的up兩列數(shù)據(jù)，和down兩列數(shù)據(jù)（可選），分別粘貼到輸入框。
注意：不是拷貝excel文件，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒(méi)關(guān)系，只要在excel中是整齊的就行。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等。
圖4.輸入
我們?cè)O(shè)置了圖片尺寸，顏色，物種，字體等參數(shù)。
圖5.可調(diào)參數(shù)
圖6.預(yù)覽與下載
圖中紅色為數(shù)據(jù)1，例如上調(diào)peak；藍(lán)色為數(shù)據(jù)2，例如下調(diào)peak。
沒(méi)有預(yù)覽就是沒(méi)有出圖，這時(shí)請(qǐng)參考示例數(shù)據(jù)，檢查自己輸入數(shù)據(jù)的格式。
遇到文字截?cái)?，需要修改字體、調(diào)整字體大小等，。
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