16S+代謝組學(xué)助力李建明團(tuán)隊(duì)自閉癥新機(jī)制發(fā)文微生物一區(qū)頂刊
前言
歐易/鹿明生物合作客戶孫逸仙紀(jì)念醫(yī)院李建明團(tuán)隊(duì)在Microbiome(IF:11.607)發(fā)表了題為 “EphB6基因缺陷小鼠的腸道菌群通過介導(dǎo)維生素B6動(dòng)態(tài)平衡調(diào)節(jié)自閉癥樣行為”的文章,通過16S rRNA基因測(cè)序和LC-MS非靶向代謝組學(xué)聯(lián)合分析等手段,揭示了腸腦微生物群軸對(duì)自閉癥譜系障礙(ASD)的發(fā)展有重大影響,深入而透徹地闡明了腸道菌群影響小鼠腦功能缺陷的新機(jī)制。
英文標(biāo)題:EphB6基因缺陷小鼠的腸道菌群通過介導(dǎo)維生素B6動(dòng)態(tài)平衡調(diào)節(jié)自閉癥樣行為
研究對(duì)象:小鼠糞便、腦組織
發(fā)表期刊:Microbiome
影響因子:11.607
單位:孫逸仙紀(jì)念醫(yī)院
發(fā)表時(shí)間:2020年8月
主要運(yùn)用歐易/鹿明生物技術(shù):16S rRNA基因測(cè)序(歐易生物提供技術(shù)服務(wù)),LC-MS非靶標(biāo)代謝組(鹿明生物提供技術(shù)服務(wù))
研究背景
自閉癥譜系障礙(ASD)是一種發(fā)育障礙性疾病,目前對(duì)自閉癥的核心癥狀的有效治療很有限。ASD患者臨床研究證據(jù)表明,腸道菌群與ASD發(fā)展之間存在聯(lián)系,但腸道菌群與ASD的腦功能障礙(腸腦軸)聯(lián)系機(jī)制尚未完全闡明。
在腸道穩(wěn)態(tài)起著重要作用的EphB6基因(位于7q號(hào)染色體,屬于受體酪氨酸激酶Eph家族),因基因突變和在ASD患者中表達(dá)下調(diào),被認(rèn)為是ASD的候選基因。但尚不清楚EphB6在調(diào)節(jié)腸道菌群和ASD發(fā)生的作用機(jī)制。
本研究中作者發(fā)現(xiàn)EphB6在功能上與ASD相關(guān),并通過腸道菌群介導(dǎo)的維生素B6和多巴胺,調(diào)節(jié)患者自閉癥樣行為。作者建立了EphB6基因缺陷小鼠腸道菌群失調(diào)與中央前額葉皮層(mPFC)(關(guān)鍵的腸腦功能軸)的興奮/抑制失衡之間的功能聯(lián)系。
研究思路
實(shí)驗(yàn)方法
1.實(shí)驗(yàn)樣本
基于C57BL/6J小鼠系的健康雄性EphB6+/+(WT)和EphB6-/-(KO)小鼠模型。
2.主要實(shí)驗(yàn)方法
(1)蛋白和轉(zhuǎn)錄分析:蛋白質(zhì)印記分析、定量逆轉(zhuǎn)錄PCR分析;
(2)16S rRNA基因測(cè)序分析;
(3)代謝組學(xué)實(shí)驗(yàn):LC-MS非靶向代謝組學(xué)分析,氨基酸神經(jīng)遞質(zhì)LC-MS靶向分析,5-磷酸吡哆醛、吡哆胺和吡哆醇靶向分析;
(4)其他:蘇木精-伊紅組織染色、腸通透性測(cè)定、小鼠行為測(cè)試、立體定向手術(shù)和藥物顯微注射、腦組織電生理學(xué)檢測(cè);
實(shí)驗(yàn)結(jié)果
1.缺失EphB6導(dǎo)致小鼠自閉癥樣行為和腸道微生物紊亂
自閉癥樣行為增加:作者發(fā)現(xiàn)KO小鼠比WT小鼠梳理毛發(fā)的時(shí)間更多(圖1a),且在社交分區(qū)測(cè)試中社交互動(dòng)異常。KO小鼠在嗅覺適應(yīng)性/不適應(yīng)性測(cè)試中對(duì)充滿社交氣味的棉簽興趣較少(圖1i),表現(xiàn)出交流障礙。在高架十字迷宮測(cè)試中,KO小鼠在開臂處時(shí)間更少,而在閉臂時(shí)間更長(zhǎng)(圖1j),表明KO小鼠出現(xiàn)焦慮樣行為。總之EphB6的缺失導(dǎo)致小鼠出現(xiàn)自閉癥樣行為,包括刻板行為和社會(huì)缺陷,以及焦慮樣行為,但沒有表現(xiàn)出智力障礙。
腸通透性提高:與WT小鼠相比,KO小鼠的腸通透性顯著提高(圖1k)。此外,KO小鼠結(jié)腸中緊密連接分子Cldn4的mRNA表達(dá)更低,IL-1β(促炎因子)mRNA表達(dá)大幅增加,且有抗炎作用的IL-6表達(dá)降低,而回腸遠(yuǎn)端、結(jié)腸、肝和肺的形態(tài)學(xué)沒有改變。
糞便微生物組成變化:Bray-Curtis距離的主坐標(biāo)分析表明,KO與WT小鼠的糞便微生物群組成不同(圖1p),主要差異在KO小鼠糞便菌群中脫鐵桿菌門的粘膜螺旋藻屬豐度降低(圖1q)。
上述結(jié)果表明小鼠EphB6的缺失導(dǎo)致腸道通透性增加和腸道微生物組成發(fā)生變化。4周齡KO與WT小鼠的主坐標(biāo)分析中,腸道菌群組成不同,但3周齡小鼠腸道菌群組成相似。同時(shí)4周齡的KO小鼠表現(xiàn)出刻板行為增加和對(duì)社交氣味興趣降低,進(jìn)一步暗示異常行為與EphB6缺失小鼠中腸道微生物紊亂之間的可能關(guān)系。
圖1 | 缺失EphB6導(dǎo)致小鼠自閉癥樣行為和腸道微生物紊亂
2.移植EphB6基因缺陷小鼠的糞便菌群在C57BL/6J小鼠中引起自閉癥樣行為
將8周齡的雄性WT或KO小鼠糞便菌群灌胃給3周齡SPF雄性C57BL/6J小鼠(圖2a),三周后發(fā)現(xiàn)兩組小鼠腸道微生物組成不同(圖2b),同時(shí)發(fā)現(xiàn)接受KO小鼠糞便微生物群的C57BL/6J小鼠表現(xiàn)出刻板行為增加和社交行為減少(圖2e-i)。另外對(duì)SPF雄性C57BL/6J小鼠進(jìn)行抗生素預(yù)處理后進(jìn)行WT或KO小鼠糞便菌群灌胃實(shí)驗(yàn),2周后發(fā)現(xiàn)兩組小鼠腸道微生物組成不同,而且接受KO小鼠糞便微生物群的C57BL/6J小鼠表現(xiàn)出刻板行為增加和社交行為減少。總之,來自EphB6基因缺陷小鼠的糞便微生物群在C57BL/6J小鼠中引起了刻板行為的增加和社會(huì)行為的部分受損。
圖2 | 移植EphB6基因缺陷小鼠的糞便菌群在3周齡的SPF C57BL/6J小鼠引起自閉癥樣行為
為驗(yàn)證腸道微生物群是否在成年小鼠的自閉癥樣行為中持續(xù)發(fā)揮作用,給6周大的SPF C57BL/6J雄性小鼠口服抗生素混合物1周破壞腸道菌群后,小鼠表現(xiàn)出社交能力障礙。作者還發(fā)現(xiàn)KO小鼠腸道菌群的代謝產(chǎn)物在C57BL/6J小鼠中誘發(fā)了部分社交缺陷(圖3j-m)。而KO小鼠中去除代謝產(chǎn)物的腸道菌群也會(huì)在C57BL/6J小鼠中引起部分社交缺陷。結(jié)果表明即使在成年小鼠中,腸道菌群也與自閉癥樣行為相關(guān),并且不同的腸道細(xì)菌可能參與調(diào)節(jié)不同的行為。
圖3 | 移植EphB6基因缺陷小鼠糞便菌群會(huì)誘導(dǎo)6周齡SPF C57BL/6J小鼠的部分社交缺陷
3.移植野生型小鼠糞便菌群改善成年EphB6基因缺陷小鼠的自閉癥樣行為
16S rRNA基因測(cè)序結(jié)果表明,接受WT小鼠腸道菌群的KO小鼠糞便中脫鐵桿菌門的粘膜螺旋藻屬相對(duì)豐度增加(圖4c)。功能分析表明,接受WT小鼠腸道菌群的KO小鼠表現(xiàn)出社交行為增加(圖4f-i),且刻板行為有降低的趨勢(shì)(圖4e)??傊?,腸道微生物紊亂是導(dǎo)致EphB6缺失小鼠的自閉癥樣行為的原因。
圖4?| 移植野生型小鼠糞便菌群改善了成年EphB6基因缺陷小鼠的自閉癥樣行為
4.腸道菌群介導(dǎo)的維生素B6動(dòng)態(tài)平衡調(diào)節(jié)EphB6基因缺陷小鼠的社交行為
作者通過實(shí)驗(yàn)探索腸道菌群影響大腦并在EphB6基因缺陷小鼠中引起自閉癥樣行為的機(jī)制。有研究表明ASD與海馬體、小腦和中央前額葉皮層(mPFC)有關(guān),KO小鼠mPFC中c-Fos蛋白表達(dá)顯著高于WT小鼠。對(duì)于某些實(shí)驗(yàn)來說mPFC太小,因此后續(xù)實(shí)驗(yàn)使用了PFC。
因?yàn)镵O小鼠腸道菌群的代謝產(chǎn)物也引起了C57BL/6J小鼠的社交缺陷,作者假設(shè)某些受腸道微生物影響的物質(zhì)會(huì)導(dǎo)致KO小鼠的社交缺陷。使用LC-MS非靶向代謝組學(xué)方法檢測(cè)了小鼠PFC中代謝物,發(fā)現(xiàn)兩組小鼠之間有顯著差異(圖5a),差異代謝物富集到的代謝通路包括維生素B6代謝途徑,主要因?yàn)镵O小鼠中該途徑的吡哆胺(PM)和吡哆醛5'-磷酸(PLP)相對(duì)豐度降低(圖5b-d)。
人體維生素B6主要來自飲食和腸道細(xì)菌合成,然后被腸道吸收。檢測(cè)小鼠糞便、血液和PFC中維生素B6含量發(fā)現(xiàn),EphB6基因缺陷小鼠糞便中吡哆醇(PN)含量升高,血漿PM和PLP含量降低,前額葉皮層PLP含量降低。(圖5e-k)。接受WT小鼠腸道微生物移植一周后,KO小鼠糞便中PN含量降低,血漿中PM含量升高,PFC中PLP含量升高。這些結(jié)果表明,腸道菌群可能通過調(diào)節(jié)腸道中維生素B6吸收來調(diào)節(jié)小鼠糞便、血液和PFC中維生素B6水平。
圖5 | 腸道菌群調(diào)節(jié)EphB6缺陷小鼠的維生素B6
作者又向KO小鼠補(bǔ)充維生素B6,以闡明其對(duì)自閉癥樣行為的影響。腹腔注射1 mg PLP后一小時(shí),與對(duì)照組小鼠相比,KO小鼠的血漿PLP水平較高(圖6b),社交行為增加(圖6d-f),但相同處理對(duì)C57BL/6J小鼠的社交行為沒有影響(圖6h-j)。另外使C57BL/6J小鼠缺乏維生素B6,2周后血漿PLP水平降低,小鼠社交行為降低(圖6k-n)。結(jié)果證明了腸道菌群誘導(dǎo)的維生素B6缺乏與EphB6基因缺陷小鼠的社會(huì)缺陷之間存在聯(lián)系。
圖6 | 腸道菌群介導(dǎo)的維生素B6動(dòng)態(tài)平衡調(diào)節(jié)EphB6缺陷小鼠的社交行為
5.腸微生物群介導(dǎo)的維生素B6動(dòng)態(tài)平衡調(diào)節(jié)EphB6基因缺陷小鼠腦前額葉皮層中的多巴胺
維生素B6參與細(xì)胞多個(gè)生化反應(yīng),包括氨基酸和神經(jīng)遞質(zhì)生物合成和分解代謝。通過靶向代謝組學(xué)檢測(cè)方法,發(fā)現(xiàn)給予無菌PBS或WT小鼠糞便微生物群的WT和KO小鼠PFC中,谷氨酸、γ-氨基丁酸(GABA)、甘氨酸、天冬氨酸、絲氨酸和谷氨酰胺水平相似(圖7a/b)。與WT小鼠相比,KO小鼠PFC中多巴胺降低、5-羥色胺(5-HT)增加(圖7c)。與給予無菌PBS相比,用WT小鼠糞便菌群處理可增加KO小鼠PFC中多巴胺,但不影響5-HT。另外接受KO小鼠糞便菌群移植的SPF C57BL/6J小鼠,PFC中多巴胺水平低于接受WT小鼠糞便菌群移植的小鼠。腹腔內(nèi)注射PLP可增加KO小鼠PFC中多巴胺水平(圖7d),維生素B6缺乏可降低SPF C57BL/6J小鼠PFC中的多巴胺水平(圖7e)。總之,腸道菌群介導(dǎo)的維生素B6動(dòng)態(tài)平衡影響小鼠PFC多巴胺水平。
向KO小鼠mPFC中注射多巴胺D1受體(D1R)或多巴胺D2受體(D2R)(喹吡羅)的激動(dòng)劑,發(fā)現(xiàn)與注射人工腦脊髓液(ACSF)相比,注射D1R的KO小鼠表現(xiàn)出社交行為增強(qiáng)(圖7g-j),但注射D2R的KO小鼠沒有。注射ACSF和D1R激動(dòng)劑的C57BL/6J小鼠沒有發(fā)現(xiàn)社交行為的差異(圖7k-m),但D1R拮抗劑導(dǎo)致C57BL/6J小鼠社交行為的降低(圖7n-q)。總之,在EphB6基因缺陷小鼠中腸道菌群失調(diào)和維生素B6缺乏可通過D1R介導(dǎo)的途徑導(dǎo)致自閉癥樣行為。
圖7 | 腸道菌群通過維生素B6調(diào)節(jié)多巴胺進(jìn)而影響EphB6基因缺陷小鼠的社交行為
6.腸道菌群調(diào)節(jié)EphB6基因缺陷小鼠中央前額葉皮層中的E/I平衡
為研究EphB6基因缺陷小鼠腸道微生物群介導(dǎo)的自閉癥樣行為的細(xì)胞機(jī)制,作者記錄了接受無菌PBS或WT小鼠糞便微生物群處理的WT和KO小鼠mPFC的錐體神經(jīng)元的自發(fā)興奮性突觸后電流(sEPSCs)和自發(fā)抑制性突觸后電流(sIPSCs)。sEPSC幅度和頻率以及sIPSCs的幅度在各組之間沒有差異(圖8b-f),而KO小鼠中sIPSCs的頻率降低,接受WT小鼠糞便菌群移植可以改善這種情況(圖8g-k)。另外,接受KO小鼠糞便微生物處理的C57BL/6J小鼠mPFC的錐體神經(jīng)元中sIPSC的頻率降低。總之,腸道菌群在EphB6基因缺陷小鼠的mPFC錐體神經(jīng)元中通過多巴胺調(diào)節(jié)了E/I平衡(圖9)。
圖8 | 腸微生物群和多巴胺調(diào)節(jié)EphB6缺陷小鼠mPFC中的E/I平衡

圖9 | 腸道菌群在EphB6基因缺陷小鼠中調(diào)節(jié)社會(huì)缺陷的工作模型
相關(guān)討論
首先,本研究表明EphB6在功能上與ASD相關(guān),從建立的轉(zhuǎn)基因小鼠模型中發(fā)現(xiàn)小鼠EphB6的缺失誘導(dǎo)了自閉癥樣行為,研究還揭示了EphB6在ASD中的功能,EphB6基因缺陷小鼠可以用作ASD研究的新小鼠模型。
第二,本研究發(fā)現(xiàn)腸道微生物紊亂是EphB6基因缺陷小鼠自閉癥樣行為所必需的。通過移植KO小鼠糞便菌群,抗生素處理的C57BL/6J小鼠也可出現(xiàn)部分相似行為。研究還表明,腸道菌群在治療成人患者ASD核心癥狀方面可能發(fā)揮作用。敲除EphB6可能會(huì)誘導(dǎo)Eph家族和連接蛋白之間相互作用失調(diào),從而導(dǎo)致小鼠腸道粘膜通透性增加和腸道微生物菌群紊亂。
第三.缺乏維生素B6對(duì)于EphB6基因缺陷小鼠腸道微生物群介導(dǎo)的自閉癥樣行為至關(guān)重要。研究發(fā)現(xiàn)腸道菌群對(duì)維生素B6調(diào)節(jié)的新作用,并證實(shí)腸道菌群介導(dǎo)的維生素B6改善了EphB6基因缺陷小鼠的社會(huì)缺陷。
第四,作者建立了EphB6基因缺陷小鼠中腸道菌群與腦功能障礙(腸腦軸)連接的機(jī)制。作者發(fā)現(xiàn)EphB6基因缺陷小鼠中腸道微生物群通過調(diào)節(jié)維生素B6對(duì)PFC中多巴胺起調(diào)節(jié)作用。另外作者發(fā)現(xiàn)D1R激動(dòng)劑改善了EphB6基因缺陷小鼠的社會(huì)缺陷,并改善了這些小鼠mPFC中腸道菌群調(diào)節(jié)的E/I失衡。D1R可能通過改善EphB6基因缺陷小鼠GABA能抑制來調(diào)節(jié)它們的社會(huì)行為。
總之,腸道菌群介導(dǎo)的維生素B6缺乏引起多巴胺水平降低,進(jìn)而導(dǎo)致EphB6基因缺陷小鼠的E/I失衡和社交缺陷。
實(shí)驗(yàn)結(jié)論
本研究揭示了腸道菌群在EphB6基因缺陷小鼠的自閉癥樣行為中的關(guān)鍵作用。從機(jī)理上講,腸道微生物群介導(dǎo)的維生素B6缺乏通過降低EphB6基因缺陷小鼠中央前額葉皮層中的多巴胺水平和誘導(dǎo)E/I失衡來調(diào)節(jié)自閉癥樣的社會(huì)行為。作者提出了一種新的自閉癥譜系障礙(ASD)小鼠模型,證明了腸道菌群在遺傳因子誘導(dǎo)的自閉癥中的重要作用,并為腸道-大腦-菌群軸提供了新的見解,這些發(fā)現(xiàn)為理解和治療ASD提供了新策略。
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一篇高分文章,離不開明確地研究目的、精巧周密地實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和多種分析手段有機(jī)結(jié)合,這篇文章就是其中的典范。文章研究的核心問題——腸道菌群與自閉癥行為的關(guān)系,需要通過多項(xiàng)實(shí)驗(yàn)方案,將小鼠的行為學(xué)、組織電生理學(xué)、腸透性等表型結(jié)果,與蛋白質(zhì)/轉(zhuǎn)錄組等檢測(cè)結(jié)果相互印證,更加入了16S rRNA基因測(cè)序和非靶向/靶向代謝組學(xué)這兩項(xiàng)研究腸道微生物與宿主關(guān)系必不可少的分析手段,最終提出了腸道菌群影響小鼠腦功能缺陷的新機(jī)制,揭示了腸腦微生物群軸對(duì)ASD的發(fā)展有重大影響的巨大潛力。
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參考文獻(xiàn):
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