什么是邊界條件？

自由表面邊界：這種邊界條件常用于大型的自由分子的模擬。

固定邊界：在所有要計(jì)算到粒子晶胞之外還要包上幾層結(jié)構(gòu)相同的位置不變的粒子，包層的厚度必須大于粒子間相互作用的力程范圍。包層部分代表了與運(yùn)動(dòng)粒子起作用的宏觀晶體的那一部分。

柔性邊界 ：這種邊界比固定邊界更接近實(shí)際。它允許邊界上的粒子有微小的移動(dòng)以反映內(nèi)層粒子的作用力施加到它們身上時(shí)的情況。

周期性邊界：在模擬較大的系統(tǒng)時(shí)，為了消除表面效應(yīng)或邊界效應(yīng)，常采用周期性邊界條件。就是讓原胞上下、左右、前后對(duì)邊上的粒子間有相互作用。為了將分子動(dòng)力學(xué)原胞有限立方體內(nèi)的模擬，擴(kuò)展到真實(shí)大系統(tǒng)的模擬，通常采用周期性邊界條件。

采用周期性邊界條件，就可以消除引入原胞后的表面效應(yīng)，構(gòu)造出一個(gè)準(zhǔn)無窮大的體積來更精確地代表宏觀系統(tǒng)。

周期邊界條件：我們模擬的體系太大就需要大量的計(jì)算，在針對(duì)于某些問題的時(shí)候，我們模擬分析的體系可以少些，但是需要加入周期性邊界條件，是因?yàn)橛羞吔缧?yīng)，所謂邊界效應(yīng)就是本該最左邊的分子與最右邊的是有相互作用的，結(jié)構(gòu)沒有設(shè)置周期性邊界，導(dǎo)致沒了。如何理解就是我們無限放大實(shí)驗(yàn)的燒杯，燒杯壁上的分子只能有一邊有相互作用。

上述為整個(gè)邊界條件，但是gromacs中部分不一定能用，我暫時(shí)沒有接觸到吧，建議都用pbc的，如果需要設(shè)置pbc=xy非周期性，這個(gè)時(shí)候是需要設(shè)置參數(shù)wall來處理進(jìn)行加墻體的。