解讀:功能失調(diào)的CAR-T細胞的特征
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Selli等人發(fā)現(xiàn),雖然攜帶CD28的嵌合抗原受體(CAR)T細胞通過腫瘤或慢性感染刺激下發(fā)生的經(jīng)典事件,從而發(fā)生功能障礙和耗竭,但攜帶4-1BB的CAR-T細胞則以由轉(zhuǎn)錄因子FOXO3驅(qū)動的不同方式發(fā)生功能障礙。
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十多年前,CAR-T細胞被證明對B細胞惡性腫瘤具有顯著的療效。它們均靶向B細胞分子CD19,并帶有CD28或4-1BB中1個共刺激分子的胞內(nèi)信號域。研究者假設將共刺激結(jié)構(gòu)域并入CAR可改善持久性和功能,從而改善抗腫瘤作用。由于這些初始產(chǎn)品取得顯著的初步成功,美國食品和藥物管理局批準的所有6種構(gòu)建物,包括針對骨髓瘤漿細胞表達的b細胞成熟抗原的構(gòu)建物,以及臨床開發(fā)中的大多數(shù)其他CAR,包括各種適應癥,都包含這兩個信號域中的一個。
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由于CAR以高親和力識別抗原,并且由組成型啟動子表達,因此研究者早期注意到,抗原的持續(xù)刺激(有時甚至是CAR的高水平表達)可導致T細胞功能障礙。這些功能失調(diào)的T細胞在抗原刺激后的細胞毒性、細胞因子產(chǎn)生和增殖能力降低;這可以通過中斷信號轉(zhuǎn)導中的休息來克服。在患者中,高腫瘤負荷與應答降低和T細胞功能障礙增加相關。到目前為止,這種功能障礙被認為在本質(zhì)上與T細胞“耗竭”是相同的現(xiàn)象,而T細胞“耗竭”已經(jīng)在接受檢查點阻斷治療的慢性病毒感染和癌癥中得到了廣泛描述。
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Selli等通過重復體外刺激攜帶CD28或4-1BB胞內(nèi)信號域的CD19導向的CAR T細胞來模擬慢性激活,從而產(chǎn)生功能障礙,然后對轉(zhuǎn)錄、表觀遺傳和表型程序進行了全面分析。每48小時用低效靶比的新腫瘤細胞刺激CAR T細胞。2周后,CAR T細胞失去了殺傷抗原陽性靶點的能力,不能再產(chǎn)生細胞因子,也不能再增殖。接下來,他們利用飛行時間的多參數(shù)細胞測定法從表型上研究了這些功能失調(diào)的CAR T細胞。研究發(fā)現(xiàn),含有CD28的CAR - T細胞具有典型T細胞耗竭的特征,包括PD-1、TIGIT、LAG3、TIM3和CTLA4的重新表達(見圖)。相比之下,攜帶4-1BB CARs的功能失調(diào)T細胞占據(jù)不同的T分布隨機鄰居嵌入空間,其表面表達更高的CD62L和CD25。使用RNA測序檢查這些功能失調(diào)的CAR T細胞的轉(zhuǎn)錄程序顯示,基于CD28的CAR T細胞高度富集與耗竭相關的基因,而基于4- 1BB的功能失調(diào)的CAR T細胞沒有典型的耗竭標簽。
最近關于T細胞衰竭的研究強調(diào),這種狀態(tài)是由特定的表觀遺傳改變決定的。研究人員還使用染色質(zhì)開放性測序技術(ATAC-seq)證實了這些差異,特別是PD1編碼基因(PDCD1)的染色質(zhì)可及性測定法,在基于CD28的CAR T細胞中,這看起來像是典型的耗竭,但在基于4- 1BB的CAR T細胞中并非如此。研究人員隨后使用縱向單細胞RNA測序,確定大多數(shù)功能失調(diào)的4-1BB CAR T細胞是由一組涉及細胞毒性(GNLY、CCL5、PRF1、GZMA、GZMK、CTSW)、自然殺傷細胞特性(KLRK1、KLRC2)和T細胞分化(ID2)的獨特基因定義,他們將這些基因稱為TBBD標簽。有趣的是,他們的TBBD標簽在接受抗CD19 /4- 1BB?CAR構(gòu)建物Tisagenlecleucel治療的1例患者中得到了證實,該患者雖然血液中有CAR T細胞,但淋巴瘤仍發(fā)生進展。
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攜帶不同共刺激結(jié)構(gòu)域的CAR-T細胞在慢性刺激后功能失調(diào)時表現(xiàn)出不同的轉(zhuǎn)錄、表觀遺傳和表型特征。攜帶4-1BB共刺激結(jié)構(gòu)域的CAR-T細胞重新激活FOXO3,其驅(qū)動一種不同于經(jīng)典T細胞衰竭的新功能障礙程序。
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為了了解這種功能障礙的新型分子程序的起源,研究團隊研究了隨著時間的推移轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的可及性。正如預期的那樣,CD28-CAR功能障礙增加了Jun:Fos(AP1)結(jié)合的可及性,但相反,4-1BB-CAR功能障礙打開了同源盒(HOX)和叉頭框(FOX)位點,并且小的條理性RNA測序數(shù)據(jù)顯示FOXO3活性高。此外,在機制研究中,通過CRISPR/Cas干擾FOXO3可使患者對重復抗原刺激后的功能障礙產(chǎn)生抵抗,相反,F(xiàn)OXO3過表達顯著減少了4-1BB(而非CD28) CAR T細胞在重復抗原刺激下的擴增。在小鼠異種移植應激模型中,注射極少量的CAR T細胞治療較高的腫瘤負荷,攜帶4-1BB胞內(nèi)信號域的FOXO3敲除CAR T細胞改善了生存。
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值得注意的是,研究人員通過深度技術探究(從高維細胞測定到縱向單細胞RNA測序)發(fā)現(xiàn)了一種新的分子機制,同時仍然使用相對簡單的體外模型(重復抗原刺激)。分子程序本身和FOXO3的重新激活是有趣的,可能在自然界中并不常見。在自然生物學中,4-1BB刺激與T細胞受體(TCR)刺激在時間上分離,而TCR表達本身隨著抗原暴露而循環(huán),因此減少了緊張信號傳導的可能性。未來的研究可能包括在更多接受Tisagenlecleucel治療但無應答的患者中進一步驗證TBBD轉(zhuǎn)錄特征和FOXO3活性。同樣,無論疾病狀態(tài)如何,我們都應基于對新生CD19+ B細胞的長期暴露,進一步了解Tisagenlecleucel在患者中是否會耗竭。有趣的是,在接受治療的前2例患者(這2例患者均有長期緩解)中,長期暴露于新生B細胞被認為在Tisagenlecleucel持續(xù)10年的過程中發(fā)揮了作用。此外,當BCMA陽性骨髓瘤患者在使用BCMA導向的CAR T細胞持續(xù)存在的情況下復發(fā)時,對于對其他抗原具有特異性的、攜帶4- 1BB的CAR T細胞(例如已批準用于多發(fā)性骨髓瘤的兩種靶向B細胞成熟抗原[BCMA]的CAR T細胞)是否也表現(xiàn)出TBBD標簽和FOXO3再激活,這將是該領域的興趣。最后,在機制水平,研究FOXO3敲除或C-Jun過表達在減少CAR-T細胞耗竭方面是否更有效將是有趣的。
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