爾云間生信代碼|利用逐步回歸法篩選特征基因構(gòu)建Cox風(fēng)險模型分析
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COX比例風(fēng)險模型（cox?proportional-hazards?model），是英國統(tǒng)計學(xué)家D.R.COX（1972）提出的一種半?yún)?shù)回歸模型。該模型通常是用于醫(yī)學(xué)研究中，分析一個或多個前定變量對患者生存時間的影響。與單變量分析常用的Kaplan-Meier?曲線和logrank?tests?不同，COX模型是多因素生存分析的方法，并且，COX回歸把生存分析方法拓展到同時評估幾種風(fēng)險因素對生存時間的影響，因此有更廣泛的運(yùn)用。
在進(jìn)行特征篩選時，從大量候選變量中選擇最終的預(yù)測變量有以下兩種流行的方法：逐步回歸法（stepwise?method）和全子集回歸（all-subsets?regression）。逐步回歸法step（）里面的direction='forward','backward'，'both'的三種回歸方式，就是分別向前逐步回歸、向后逐步回歸和向前向后逐步回歸，本代碼結(jié)合了向前逐步回歸和向后逐步回歸的方法（即direction='both'），變量每次進(jìn)入一個，但是每一步中，變量都會被重新評價，對模型沒有貢獻(xiàn)的變量將會被刪除，預(yù)測變量可能會被添加、刪除好幾次，直到獲得最優(yōu)模型為止。
使用方法：
Rscript?Cox.R?-uniSigExp=uniSigExp.txt
參數(shù)說明：
USAGE:
Cox.R?-uniSigExp=<uniSigExp>
PARAMETERS:
-uniSigExp?In?the?input?file,?the?first?column?is?the?sample?name,?the?second?column?is?the?sample?survival?time,?the?third?column?is?the?sample?survivalstatus,?and?the?fourth?column?and?subsequent?column?is?the?gene?expression?matrix?to?be?included?in?the?analysis
操作步驟：
1、打開命令行界面，輸入“Rscript?Cox.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。
2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)有1個，即-uniSigExp，提供輸入數(shù)據(jù)。該輸入文件中第一列是樣本名，第二列是樣本的生存時間，第三列是樣本的生存狀態(tài)，第四列及以后是要納入分析的基因表達(dá)量矩陣。
3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示”Program?execution?is?completed"結(jié)束語。
結(jié)果展示：
1.?multiCox.xls?：多因素Cox分析結(jié)果文件
第1列為篩選出來的特征基因；
第2列coef?為系數(shù)beta；
第3列HR即hazard?ratio，代表風(fēng)險率；
第4-5列HR?.95L和HR?.95H為95%的置信區(qū)間；
第6列pvalue為p值。
2.?risk.txt?：每個患者的風(fēng)險值結(jié)果
第1列為樣本名；
第2列為患者的生存時間；
第3列為患者的生存狀態(tài)；
第4-n列為每個特征基因的表達(dá)量；
倒數(shù)第2列riskScore為每個患者的風(fēng)險值；
最后一列risk為該患者是的風(fēng)險分組。
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寫在文末：
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