FlowJo多通道tSNE降維流式分析圖
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多通道復雜的流式門套門數(shù)據(jù)變?yōu)楹啙嵉膖SNE降維分析圖，更直觀的反應所占比例和隸屬關(guān)系。
原理：T-sne：T-Distributed random Neighbor embedded (tSNE)是一種降維算法，它允許在保持數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的同時，在更小的維數(shù)下實現(xiàn)復雜多維數(shù)據(jù)的可視化。
那么什么是流式的降維分析？
詳細原理看下面的視頻鏈接：
https://www.bilibili.com/video/BV1F5411P7JG?spm_id_from=333.999.0.0，介紹的很詳細。
簡而言之，就是把多個熒光通道的實驗結(jié)果及其相互關(guān)系展示在一張流式結(jié)果圖上。比如在flowjo的雙參數(shù)散點圖下方勾選第三個通道，第三個通道就會以顏色熱力的方式展示出來：一部分散點就會移動到第三個通道，同樣出現(xiàn)第四個、第五個通道也會有不同的散點分布在第四、五通道上。最終在施加多個維度后，實驗結(jié)果以多個群落的方式進行最終的展示，群落的大小反應了細胞的占比，群落的遠近和集中度反應了細胞的蛋白表達水平的高低以及相似度，這就是降維分析的結(jié)果展示。
言歸正傳，如何使用flowjo完成數(shù)據(jù)的降維分析呢？
其實比較簡單，flowjo支持我們對當前的流式數(shù)據(jù)進行全自動的降維分析。
1.軟件版本要求：能進行tSNE分析的版本至少Flowjo v10.6.2。
沒有新的軟件可從下鏈接1和2下載：
地址1：https://www.bilibili.com/read/cv9623856/。
地址2：流式軟件Flowjo v10.6.2破解版，
百度網(wǎng)盤：https://pan.baidu.com/s/1fmujTwvMhAIcnOcStfKH-g，提取碼: v8ce。
地址3：https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/45105049
2.數(shù)據(jù)處理：正常進行流式分析處理，調(diào)補償劃門，活細胞圈門，熒光分群標注等等流式分析步驟（略）。
3.tSNE處理：將需要分析的活的單細胞群（流式劃門圈出標記為single cells）進行tSNE降維分析。
3.1.選中single cells欄，在點擊workspace—tSNE，進入?yún)?shù)選擇界面。
3.2.參數(shù)設置：一般只分析熒光參數(shù)，就選擇標記的熒光通道即可，若增加細胞大小活顆粒度等參數(shù)，可以選擇添加FSC或SSC等參數(shù)，然后其他參數(shù)默認即可，點擊右下角RUN。
3.3.等待分析進度完成，出現(xiàn)tSNE降維分析圖，然后在tSNE圖的窗口上點擊Edit—Copy to layout Editor，輸出到編輯窗口。
3.4.在圖像編輯窗口，將single cells下的不同各群目的細胞群gating直接用鼠標拖入layout的降維圖中，即可得到多個細胞亞群在當前tSNE上的展示結(jié)果。
3.5.在圖像編輯窗口，調(diào)整tSNE圖的字體大小，亞群顏色和統(tǒng)計參數(shù)等等。
得到想要的降維數(shù)據(jù)集后拷貝圖片，記錄數(shù)據(jù)比例等就行了。圖片一定要保存，
因為軟件關(guān)閉后tSNE數(shù)據(jù)將丟失。
結(jié)語：Flowjo安裝破解版作圖得到的tSNE圖像要及時保存，關(guān)閉軟件后就丟失了，還得重新做。對了丁香園的那篇相似帖子也是我，所以不涉及抄襲，都是我本人
注意事項：在使用破解軟件之前，必須始終插入包含證書的U盤或移動硬盤，不然軟件不會處于激活狀態(tài)無法打開！??
