“計算機輔助藥物設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用”

生物分子互作基礎(chǔ)——生物分子互作用研究方法

蛋白數(shù)據(jù)庫——PDB 數(shù)據(jù)庫介紹、PDB 數(shù)據(jù)庫的使用

蛋白結(jié)構(gòu)分析——Pymol 軟件介紹、Pymol 軟件使用、實例講解與練習(xí)

同源建模——同源建模原理介紹、Modeller,Swiss-Model 同源建模、實例講解與練習(xí)

小分子構(gòu)建——ChemDraw軟件介紹

小分子化合物庫——小分子數(shù)據(jù)庫

生物分子互作用Ⅰ——分子對接軟件（Autodock或薛定諤) 使用、半柔性對接、對接結(jié)果評價、柔性對接

虛擬篩選——分子對接用于虛擬篩選（Vina或薛定諤）

生物分子互作用II—— 預(yù)測蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK或DS中的ZDOCK模塊）

構(gòu)效關(guān)系分析——3D-QSAR模型構(gòu)建（Sybyl軟件）

分子動力學(xué)模擬——Gromacs 進(jìn)行分子動力學(xué)模擬、?分子動力學(xué)結(jié)果分析、?結(jié)合自由能計算

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?“理論計算化學(xué)基礎(chǔ)暨Gaussian入門+進(jìn)階實戰(zhàn)與應(yīng)用”

一、計算化學(xué)理論及程序入門操作 、理論計算化學(xué)簡介、Gaussian及GaussView操作基礎(chǔ)及應(yīng)用

二、Gaussian基礎(chǔ)操作及實際計算過程——掌握文章中初級結(jié)構(gòu)示意圖的輸出、幾何優(yōu)化、實時監(jiān)控優(yōu)化過程、優(yōu)化中出錯的解決、振動分析、高斯計算過程常見報錯信息總結(jié)及解決辦法

三、Gaussian進(jìn)階操作Ⅱ：過渡態(tài)、勢能面、IRC計算、化學(xué)反應(yīng)及反應(yīng)路徑計算

四、Gaussian計算實踐專題與應(yīng)用——反應(yīng)熱力學(xué)性質(zhì)計算、評估反應(yīng)計算、模擬文獻(xiàn)計算方法、靜電勢及預(yù)測位點計算

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“GROMACS分子動力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用”（第十期）

1.分子動力學(xué)模擬基礎(chǔ)----分子模擬入門理論

2.GROMACS入門操作

3.GROMACS建模方法 ——掌握基本操作流程——使學(xué)員具有扎實的技術(shù)基礎(chǔ)

GROMACS初級分析工具講解 ——掌握基本數(shù)據(jù)分析——使學(xué)員具備問題解決能力

4 .GROMACS計算實例——熟練掌握GROMACS計算一整套流程

復(fù)雜體系建模分析——傘形采樣?計算結(jié)合自由能、?藥物分子開發(fā)溶劑篩選、?固/晶體建模仿真、磷脂雙分子層生物膜建模

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