本人的簡(jiǎn)書平臺(tái)：啊輝的科研，原文鏈接“https://www.jianshu.com/p/488b6e66056c”

發(fā)在b站主要為了做個(gè)備份

之前的序列提取教程請(qǐng)看：https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4。

之前的基因家族鑒定教程請(qǐng)看：https://www.jianshu.com/p/c876a5636554，https://www.jianshu.com/p/24e4ad69f3e5。

今天來講如何構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，使用的軟件是iqtree，這是一個(gè)基于最大似然法估算的建樹軟件，可以在Windows系統(tǒng)上運(yùn)行。

1，于此網(wǎng)址“http://www.iqtree.org/”自行下載，并解壓。

2，將已經(jīng)鑒定好的自己的基因家族蛋白序列（fasta格式），先用MAFFT網(wǎng)站做多序列比對(duì)。我的蛋白序列文件命名是“PtbZIP_AtbZIP.fasta”，然后交到MAFFT網(wǎng)站“https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/”，拉到下面點(diǎn)“submit”。

3，結(jié)果出來后，點(diǎn)擊“Fasta Format”下載多序列比對(duì)好的文件，并命名，我習(xí)慣命名加個(gè)F，如“PtbZIP_AtbZIP_F.fasta”。

4，將這個(gè)比對(duì)好的文件“PtbZIP_AtbZIP_F.fasta”放到剛剛解壓后的iqtree中的bin文件夾，

5，打開命令窗口，一般在桌面左下角打“cmd”

5.1，或者快捷鍵“Win+R”，再打“cmd”

6，進(jìn)入界面以后，因?yàn)槲沂欠旁诹薋盤我先進(jìn)入F盤，打“F:”，確定，進(jìn)入

6.1，再進(jìn)入bin文件夾，打“cd F:\軟件\iqtree\iqtree-1.6.12-Windows\bin”，自己是什么路徑就進(jìn)入自己的路徑

7，輸入命令

iqtree -s PtbZIP_AtbZIP_F.fasta -alrt 1000 -bb 1000 -nt AUTO

我這個(gè)示例，17條序列，自己筆記本跑了5分鐘，等它出來這個(gè)界面就是完成了

8，回到bin文件夾，看到多出很多文件，我們只要一個(gè)contree的文件，這個(gè)文件是用notepad打開后就是一行，這種稱為nwk格式。

9，可以將這個(gè)文件用itol網(wǎng)站做一個(gè)美化，自己注冊(cè)登錄，https://itol.embl.de/personal_page.cgi，里面很多按鈕可以自己點(diǎn)著玩，itol的教程自行百度吧，可以做出很漂亮圖，唯一的缺點(diǎn)就是不能保存格式，自己弄好了記得輸出PDF格式。