爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)

原創(chuàng)?小果?生信果

一、String網(wǎng)站進(jìn)行PPI分析，下載TSV文件

登入string網(wǎng)站，點(diǎn)擊search，選擇進(jìn)入Multiple proteins

https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=btnIJ1IPN1ts&input_page_active_form=multiple_identifiers

將關(guān)注基因輸入list?of?name框中，organisms框中選擇物種

點(diǎn)擊search，后點(diǎn)擊continue

下載TSV文件，我下載的是 ?as short tabular text output??

二、TSV文件導(dǎo)入cytoscape

點(diǎn)擊如下圖標(biāo)

選擇先前下載的TSV文件?

后點(diǎn)擊 OK?導(dǎo)入，我們這里得到了176個(gè)節(jié)點(diǎn)和566個(gè)互作關(guān)系對(duì)

三、運(yùn)行MCODE插件篩選hubgene

Apps一欄選擇MCODE插件，如未下載可在Apps一欄中的App?Manager中搜索MCODE下載

點(diǎn)擊Analyze?Current?Network

這樣我們就得到了諸個(gè)子網(wǎng)絡(luò)

點(diǎn)擊from?selected?nodes，all?edges

就可以得到關(guān)注的子網(wǎng)絡(luò)

我們可以將 將分?jǐn)?shù)最高的網(wǎng)絡(luò)里面全部基因當(dāng)作hub gene?

點(diǎn)擊export?table?to?files導(dǎo)出hub?gene文件

今天的分享就到這里了，歡迎大家隨時(shí)找小果交流哦

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