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circRNA新文速遞丨Mol Cancer、J Hematol Oncol等雜志發(fā)表circRNA最新研究進(jìn)展

2023-07-05 15:57 作者:circRNA官方號(hào)  | 我要投稿

歡迎各位來(lái)到“circRNA新文速遞”欄目,我們將為您實(shí)時(shí)推送circRNA領(lǐng)域相關(guān)的科研成果,歡迎大家關(guān)注!


本期關(guān)鍵詞:環(huán)狀RNA合成系統(tǒng)、外泌體環(huán)狀RNA、鐵死亡、circARFGEF2、circAFF2、circ-FBXW7、wnt信號(hào)、circFBXW7-185AA、circFBXW7、肺癌、結(jié)直腸癌(CRC)、胰腺導(dǎo)管腺癌、肺腺癌(LUAD)。


1、circ-FBXW7通過(guò)m6A依賴的Wnt信號(hào)的翻譯抑制增強(qiáng)TKI在肺腺癌中的敏感性

標(biāo)題:Enhancement of TKI sensitivity in lung adenocarcinoma through m6A-dependent translational repression of Wnt signaling by circ-FBXW7

期刊:Mol Cancer

IF:37.3

通訊作者:孫欣(西安交通大學(xué)第一附屬醫(yī)院)

發(fā)表日期:2023.7.1

DOI:10.1186/s12943-023-01811-0


背景與目的:靶向表皮生長(zhǎng)因子受體(Epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突變的酪氨酸激酶抑制劑(Tyrosine kinase inhibitors, TKIs)顯著減輕了肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)患者的痛苦。第三代EGFR-TKI奧希替尼(Osimertinib)已成功用于臨床治療,克服了對(duì)原發(fā)性和獲得性T790M和L858R突變點(diǎn)的耐藥。然而,治療失敗反應(yīng)的問(wèn)題已成為一個(gè)不可克服的問(wèn)題。


方法:通過(guò)多種綜合方法的結(jié)合,作者成功地在腫瘤組中確定了一個(gè)在癌變、耐藥和復(fù)發(fā)中發(fā)揮重要作用的獨(dú)特群體。研究提示,解決TKI耐藥可能涉及靶向干細(xì)胞樣細(xì)胞的更新和再生。為了研究潛在的機(jī)制,作者進(jìn)行了RNA微陣列和m6A表觀轉(zhuǎn)錄組微陣列分析,然后評(píng)估轉(zhuǎn)錄因子。此外,還專門設(shè)計(jì)了一個(gè)標(biāo)簽來(lái)檢測(cè)多肽circRNA-AA,并通過(guò)m6A調(diào)控來(lái)確認(rèn)其表達(dá)。


結(jié)果:作者在腫瘤干細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了獨(dú)特的分子標(biāo)簽,這些分子標(biāo)簽導(dǎo)致了治療效果不佳。替代Wnt通路的激活可以維持這些細(xì)胞的更新和抵抗?fàn)顟B(tài)。通過(guò)生物信息學(xué)分析和陣列研究,觀察到circFBXW7在奧希替尼耐藥細(xì)胞株中的表達(dá)顯著降低。值得注意的是,circFBXW7的異常表達(dá)模式?jīng)Q定了奧希替尼的細(xì)胞應(yīng)答。功能研究表明,circFBXW7抑制腫瘤干細(xì)胞的更新,并使耐藥的LUAD細(xì)胞和干細(xì)胞對(duì)奧希替尼重新敏感。在潛在的機(jī)制方面,作者發(fā)現(xiàn)circFBXW7可以翻譯成短多肽,稱為circFBXW7-185AA。這些多肽以m6A依賴方式與β-catenin相互作用。這種相互作用通過(guò)誘導(dǎo)后續(xù)泛素化導(dǎo)致β-catenin穩(wěn)定性降低,從而抑制經(jīng)典Wnt信號(hào)通路的激活。此外,作者預(yù)測(cè)m6A閱讀器YTHDF3與hsa-Let-7d-5p具有共同的結(jié)合位點(diǎn)。增強(qiáng)Let-7d在轉(zhuǎn)錄后水平的表達(dá)可降低YTHDF3的水平。Wnt信號(hào)對(duì)Let-7d的抑制釋放YTHDF3對(duì)m6A修飾的刺激,促進(jìn)circFBXW7-185AA的翻譯。這就形成了一個(gè)積極的反饋循環(huán),促進(jìn)了癌癥的發(fā)生和發(fā)展。


結(jié)論:作者的實(shí)驗(yàn)室研究、體內(nèi)實(shí)驗(yàn)和臨床驗(yàn)證表明,circFBXW7通過(guò)作用于β-catenin泛素化和抑制來(lái)調(diào)節(jié)Wnt通路功能,從而有效抑制LUAD干細(xì)胞的能力和逆轉(zhuǎn)TKIs的耐藥性。circRNA在奧希替尼治療中的調(diào)控作用鮮有報(bào)道,作者的研究結(jié)果揭示了這一過(guò)程是在m6A修飾的影響下運(yùn)作的。這些結(jié)果凸顯了該方法在增強(qiáng)治療策略和克服多種TKI治療耐藥方面的巨大潛力。


2、外泌體環(huán)狀RNA:對(duì)癌癥進(jìn)展和臨床應(yīng)用潛力的新見(jiàn)解(綜述)

標(biāo)題:Exosomal circRNA: emerging insights into cancer progression and clinical application potential

期刊:J Hematol Oncol

IF:28.5

通訊作者:嚴(yán)永敏(江蘇大學(xué)附屬武進(jìn)醫(yī)院&江蘇大學(xué)附屬奧陽(yáng)醫(yī)院)、許文榮(江蘇大學(xué)醫(yī)學(xué)院&江蘇大學(xué)附屬奧陽(yáng)醫(yī)院)

發(fā)表日期:2023.6.26

DOI:10.1186/s13045-023-01452-2


摘要:

外泌體circRNA作為一種新的遺傳信息分子,促進(jìn)腫瘤細(xì)胞和微環(huán)境細(xì)胞(如免疫細(xì)胞、成纖維細(xì)胞和其他成分)之間的交流,從而調(diào)節(jié)癌癥進(jìn)展的關(guān)鍵方面,包括免疫逃逸、腫瘤血管生成、代謝、耐藥、增殖和轉(zhuǎn)移。有趣的是,微環(huán)境細(xì)胞在外泌體circRNA釋放介導(dǎo)的影響腫瘤進(jìn)展和免疫逃逸方面有了新的發(fā)現(xiàn)。鑒于外泌體circrna的內(nèi)在穩(wěn)定性、豐度和廣泛分布,它們是液體活檢的優(yōu)秀診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物。此外,人工合成的circRNA可能為癌癥治療開(kāi)辟新的可能性,可能支持納米顆粒或植物外泌體遞送策略。本文綜述了腫瘤細(xì)胞和非腫瘤細(xì)胞來(lái)源的外泌體circRNA在腫瘤進(jìn)展中的功能和潛在機(jī)制,特別關(guān)注其在腫瘤免疫和代謝中的作用。最后,作者研究了外泌體circRNA作為診斷生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)的潛在應(yīng)用,強(qiáng)調(diào)了其在臨床應(yīng)用的前景。


3、一種基于起源于嗜熱四膜蟲(chóng)的核酶的精確和高效環(huán)狀RNA合成系統(tǒng)

標(biāo)題:A precise and efficient circular RNA synthesis system based on a ribozyme derived from Tetrahymena thermophila

期刊:Nucleic Acids Res

IF:14.9

通訊作者:鄒麗輝、肖飛、于雪(中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院老年醫(yī)學(xué)研究所)

發(fā)表日期:2023.6.28

DOI:10.1093/nar/gkad554


摘要:

環(huán)狀RNA(circRNA)的經(jīng)典制備策略通常是在環(huán)狀產(chǎn)物中引入大量的線性轉(zhuǎn)錄本或額外的核苷酸。在本研究中,作者旨在開(kāi)發(fā)一種基于優(yōu)化的嗜熱四膜蟲(chóng)來(lái)源的內(nèi)含子Ⅰ型的自剪接核酶的circRNA高效制備系統(tǒng)。將目標(biāo)RNA序列插入核酶的下游,并在核酶上游添加一個(gè)互補(bǔ)的反義區(qū)域以輔助環(huán)化。


然后,作者通過(guò)DNMT1,CDR1as,FOXO3和HIPK3基因,比較了核酶或側(cè)翼內(nèi)含子互補(bǔ)序列(ICS)介導(dǎo)的循環(huán)效率,發(fā)現(xiàn)作者的系統(tǒng)的環(huán)化效率顯著高于側(cè)翼ICS介導(dǎo)的方法。因此,由核酶介導(dǎo)的環(huán)狀產(chǎn)物不會(huì)引入額外的核苷酸。同時(shí),過(guò)表達(dá)的circFOXO3維持了其調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖、遷移和凋亡的生物學(xué)功能。最后,利用柯薩奇B3病毒(Coxsackievirus B3,CVB3)內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)(internal ribosome entry site,IRES)序列,構(gòu)建了基于核酶的環(huán)狀mRNA表達(dá)系統(tǒng),并成功翻譯了環(huán)狀mRNA。因此,該新型、方便、快速的工程RNA環(huán)狀體系可用于未來(lái)環(huán)狀RNA的功能研究和大規(guī)模制備。


4、突變型KRAS介導(dǎo)circARFGEF2的生物發(fā)生促進(jìn)胰腺導(dǎo)管腺癌的淋巴轉(zhuǎn)移

標(biāo)題:Mutant KRAS mediates circARFGEF2 biogenesis to promote lymphatic metastasis of pancreatic ductal adenocarcinoma

期刊:Cancer Res

IF:11.2

通訊作者:陳汝福(廣東省人民醫(yī)院)

發(fā)表日期:2023.6.26

DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-3997


摘要:

環(huán)狀RNA(circRNAs)參與癌癥的發(fā)生、增殖和轉(zhuǎn)移。circRNAs的生物發(fā)生可能受到腫瘤遺傳格局的影響。在此,作者鑒定了一個(gè)新的circRNA,circARFGEF2(hsa_circ_0060665),它在KRASG12D胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)中表達(dá)上調(diào),并且與KRASG12D PDAC的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移呈正相關(guān)。在體外和體內(nèi)實(shí)驗(yàn)中,circARFGEF2過(guò)表達(dá)顯著促進(jìn)KRASG12D PDAC淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。在機(jī)制上,KRASG12D PDAC中的circARFGEF2的生物發(fā)生被選擇性剪接因子QKI-5顯著激活,QKI-5募集U2AF35以促進(jìn)剪接體組裝。QKI-5與ARFGEF2前體mRNA的內(nèi)含子3和6中的QKI結(jié)合基序和鄰近的反向補(bǔ)體序列結(jié)合,從而促進(jìn)circARFGEF2的生物發(fā)生。circARFGEF2吸附miR-1205,促進(jìn)JAK2活化,JAK2磷酸化STAT3,觸發(fā)KRASG12D PDAC淋巴管生成和LN轉(zhuǎn)移。重要的是,在KrasG12D/+Trp53R172H/+Pdx-1-Cre(KPC)小鼠PDAC模型中,circARFGEF2沉默顯著抑制LN轉(zhuǎn)移。這些發(fā)現(xiàn)為突變KRAS介導(dǎo)的circRNA生物發(fā)生的機(jī)制和促進(jìn)轉(zhuǎn)移的功能提供了見(jiàn)解。


5、環(huán)狀RNA FEACR通過(guò)與NAMPT相互作用抑制鐵死亡,減輕心肌缺血/再灌注損傷

標(biāo)題:Circular RNA FEACR inhibits ferroptosis and alleviates myocardial ischemia/reperfusion injury by interacting with NAMPT

期刊:J Biomed Sci

IF:11.0

通訊作者:王胤(青島大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究院)、張宇輝(中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院阜外醫(yī)院)、王昆(青島大學(xué)附屬山東省婦幼保健醫(yī)院&青島大學(xué)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究院)

發(fā)表日期:2023.6.27

DOI:10.1186/s12929-023-00927-1


背景與目的:研究表明環(huán)狀RNA(circular RNAs,circRNAs)在心肌缺血再灌注(myocardial ischemia and reperfusion,I/R)后心肌細(xì)胞死亡中發(fā)揮重要作用。鐵死亡是近年來(lái)發(fā)現(xiàn)的一種新的細(xì)胞死亡形式,已被證明參與了心肌I/R的調(diào)控。本研究利用circRNA測(cè)序探索I/R后調(diào)控心臟鐵死亡的關(guān)鍵circRNA,并研究潛在circRNA的功能機(jī)制。


方法:通過(guò)circRNA測(cè)序探索心肌I/R后差異表達(dá)的circRNA。采用定量聚合酶鏈反應(yīng)檢測(cè)circRNA在不同組織中的表達(dá),并檢測(cè)circRNA在心肌細(xì)胞中的亞細(xì)胞定位。通過(guò)功能獲得和功能缺失實(shí)驗(yàn)探討circRNA在心肌I/R后心肌細(xì)胞鐵死亡和心肌組織損傷中的作用。應(yīng)用RNA pull-down探索與circRNA相互作用的蛋白質(zhì)。


結(jié)果:作者鑒定了一個(gè)鐵死亡相關(guān)circRNA (FEACR),它在心肌細(xì)胞鐵死亡中具有潛在的調(diào)控作用。FEACR過(guò)表達(dá)可抑制I/r誘導(dǎo)的心肌梗死,改善心功能。FEACR抑制可誘導(dǎo)心肌細(xì)胞發(fā)生鐵死亡,F(xiàn)EACR過(guò)表達(dá)可抑制缺氧/復(fù)氧誘導(dǎo)的鐵死亡。機(jī)制上,F(xiàn)EACR直接與煙酰胺磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶(NAMPT)結(jié)合,增強(qiáng)NAMPT的蛋白穩(wěn)定性,從而增加NAMPT依賴的Sirtuin1 (Sirt1)表達(dá),通過(guò)降低FOXO1乙?;?,促進(jìn)FOXO1的轉(zhuǎn)錄活性。FOXO1進(jìn)一步上調(diào)鐵死亡抑制因子FTH1的轉(zhuǎn)錄,從而抑制心肌細(xì)胞鐵死亡。


結(jié)論:circRNA FEACR介導(dǎo)的NAMPT-Sirt1-FOXO1-FTH1信號(hào)軸參與調(diào)控心肌細(xì)胞鐵死亡,保護(hù)心臟功能免受I/R損傷。因此,FEACR及其下游因子可能成為減輕缺血性心臟病鐵死亡相關(guān)心肌損傷的新靶點(diǎn)。


6、ALKBH5/ ythdf2介導(dǎo)的circAFF2 m6A修飾通過(guò)抑制Cullin neddylation增強(qiáng)結(jié)直腸癌的放射敏感性

標(biāo)題:ALKBH5/YTHDF2-mediated m6A modification of circAFF2 enhances radiosensitivity of colorectal cancer by inhibiting Cullin neddylation

期刊:Clin Transl Med

IF:10.6

通訊作者:蔣敬庭、顧文棟、鄭曉(蘇州大學(xué)附屬第三醫(yī)院)

發(fā)表日期:2023.7.1

DOI:10.1002/ctm2.1318


背景:環(huán)狀RNA(circRNA)和N6-甲基腺苷(m6A)在腫瘤的發(fā)生和發(fā)展中起著關(guān)鍵作用,包括結(jié)直腸癌(CRC)。然而,對(duì)于circRNA和m6A在CRC放射敏感性中的相互作用知之甚少。在這里,作者研究了一種新的m6A調(diào)節(jié)的circRNA在CRC中的作用。


方法:篩選來(lái)自放射敏感和放射耐藥結(jié)直腸癌組織中差異表達(dá)的環(huán)狀RNA。通過(guò)甲基化RNA免疫沉淀法檢測(cè)所選環(huán)狀RNA的修飾。最后,對(duì)選定的環(huán)狀RNA進(jìn)行放射敏感性試驗(yàn)。


結(jié)果:作者發(fā)現(xiàn)circAFF2與CRC的放射敏感性和m6A密切相關(guān)。circAFF2在放射敏感直腸癌患者中高表達(dá),且circAFF2高表達(dá)的患者預(yù)后較好。此外,circAFF2在體外和體內(nèi)均能增強(qiáng)CRC細(xì)胞的放射敏感性。circAFF2的調(diào)控涉及alkbh5介導(dǎo)的去甲基化,隨后通過(guò)YTHDF2進(jìn)行識(shí)別和降解。救援實(shí)驗(yàn)顯示circAFF2可以逆轉(zhuǎn)ALKBH5或YTHDF2誘導(dǎo)的放射敏感性。在機(jī)制上,circAFF2與CAND1結(jié)合,促進(jìn)CAND1與Cullin1結(jié)合并抑制其類化修飾,從而影響CRC的放射敏感性。


結(jié)論:作者鑒定并表征了circAFF2是一種新的m6A修飾的circRNA,并驗(yàn)證了ALKBH5/YTHDF2/circAFF2/Cullin-NEDD8軸是CRC的潛在放療靶點(diǎn)。

circRNA新文速遞丨Mol Cancer、J Hematol Oncol等雜志發(fā)表circRNA最新研究進(jìn)展的評(píng)論 (共 條)

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