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生信人R語言學習必備

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小果最近沉迷ATAC-seq中無法自拔，這就帶大家來學習繪制ATAC-seq中的TSS富集熱圖。

首先，我們需要用到的軟件是deeptools。這里小果給大家簡單介紹一下deeptools：deeptools 是一套基于 python 開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù)，可用于 ChIP-seq, ATAC-seq 或 MNase-seq。deeptools 包含了多個有用的模塊，可以處理 BAM 文件或 bigWig 文件，進行多種質量檢查，創(chuàng)建標準的 bedGraph 和 bigWig 格式的歸一化覆蓋度文件，允許不同文件之間的比較（例如，處理組和對照組）。最后，使用這些歸一化和標準化的文件，deeptools 可以創(chuàng)建許多適合發(fā)表的可視化圖形，用于識別富集區(qū)域和進行基因組的功能注釋。

簡單來說，Deeptools的主要用途如下：

1. 處理 bam 文件 或者 bam 轉化的 bigwig 文件；

2. 數(shù)據(jù)質量控制；

3.?作圖，比如熱圖、折線圖

deeptools的安裝十分簡單，它的安裝方法有多種，最簡單的一種是使用 conda 命令：

這樣可以自動安裝 deeptools 及其所有的 python 依賴項

另一種方法是使用 pip 命令：

這樣也可以自動安裝 deeptools 及其所有的 python 依賴項

?這里小果考考小伙伴們，你們還記得TSS是什么嗎？如果你知道的話，那么小果覺得你真是泰酷辣！

揭曉答案咯：

TSS 是轉錄起始位點（transcription start site）的縮寫，是指一個基因的 5’ 端轉錄的第一個堿基，它是與新生 RNA 鏈第一個核苷酸相對應 DNA 鏈上的堿基，通常為一個嘌呤（A 或 G）。TSS 是基因轉錄的起點，也是啟動子的一部分。啟動子是一段區(qū)域，與 RNA 聚合酶結合并能夠起始 mRNA 的合成。TSS 前即 5’ 末端的序列稱為上游，而把其后即 3’ 末端的序列稱為下游。

Deeptools下載完成之后，小果開始帶小伙伴們畫TSS富集圖咯

首先準備bw文件,先建索引，然后轉bw，然后取注釋bed文件，接著形成矩陣文件，最后繪制TSS富集圖

?下面是第一步：對bam文件建立索引，轉bw文件

下面是獲取注釋bed文件，這里需要用到選用物種的參考基因組注釋文件嗷

又用到了我們的老朋友awk，不會的小伙伴們趕緊學起來呀

下面是形成矩陣文件，用 ComputeMatrix 計算全基因組范圍內(nèi) peaks 在基因特征的分布情況。

小果的代碼是這樣的：

下面是參數(shù)的解釋：

下面就是最后一步繪制富集圖啦，小果的代碼是這樣的：

下面就是小果畫出來的TSS富集圖啦，是不是很美觀呢？

?

今天的TSS富集熱圖學習就到這里啦，感興趣的小伙伴可以找小果討論哦，我們明天見咯~

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