DNA Ladders 故障排除(階梯模糊或丟失)
DNA ladder 可能會模糊或丟失,因為孔中加載的 DNA ladder 量很少,它已變性或降解,或者 DNA ladder 可能已從凝膠中流出。 此外,一些解析不佳的波段最終可能會與其他波段合并。
首先,微弱的 DNA ladder 表明您的凝膠上至少有 ladder,但在制備凝膠時上樣量或濃度不夠。
完全缺失的 DNA ladder 可能表明忘記加載 ladder 或 DNA 片段從凝膠中跑掉了。
從凝膠中流出的 ladder 意味著凝膠運(yùn)行時間太長,片段從凝膠中遷移出來。 可能是 DNA 片段從凝膠中跳出進(jìn)入緩沖液,或者它們卡在凝膠的邊緣。
您的 DNA 片段從凝膠中流出的標(biāo)志是您可能會在凝膠頂部發(fā)現(xiàn)條紋狀的斑點并且不再有條帶。 這可能意味著您的 DNA 片段可能在緩沖溶液中。 在其他情況下,您會在凝膠的最末端發(fā)現(xiàn)條帶,或者在該邊界處有條帶堆積。 無論哪種情況,優(yōu)化的運(yùn)行條件都足以解決此問題。
缺失的 DNA ladder:
缺失的 DNA ladder 可能表明您忘記加載它。 一個好的做法是在樣品之后加載 DNA ladder,并且在準(zhǔn)備電泳時始終有一個清單。
確認(rèn)您加載了 DNA ladder。 為此,請指定一個孔來裝載ladder,并在您完成樣品裝載后驗證它是否已滿。 一個很好的跡象是孔將被 ladder 的染料染色。 DNA ladder 中的加載染料可以是藍(lán)色、紫色或紅色。
?ladder可能已降解。 使用無 DNase 的移液器吸頭加載 DNA ?ladder。
您的凝膠電泳時間可能過長,導(dǎo)致 DNA ladder 從凝膠上跑掉。 減少運(yùn)行時間以避免DNA ladder跑出泳道。
圖1:缺失的 DNA ladder
模糊的DNA ?ladder:
圖2:模糊的DNA ladder