鐵死亡(Ferroptosis)是一種鐵依賴性的調節(jié)性細胞死亡方式，與多種人類疾?。ɡ绨┌Y、心血管疾病和退行性疾病等）緊密相關。鐵死亡的過程很復雜，由多種代謝物和生物分子組成，也有一些特征基因發(fā)生變化?，F(xiàn)如今鐵死亡已成為除m6A、自噬、腸道微生物、腫瘤免疫等明星研究的又一大熱點，開啟這樣一個新課題不知從何入手？FerrDb數(shù)據(jù)庫可以助你輕松入門鐵死亡研究熱點，達到事半功倍的效果！

?FerrDb數(shù)據(jù)庫是由廣州醫(yī)科大學附屬腦科醫(yī)院、四川大學生命科學學院以及生物資源與生態(tài)環(huán)境教育部重點實驗研究團隊共同建成的， FerrDb是現(xiàn)如今第一個人工整理的鐵死亡數(shù)據(jù)庫，用于管理和鑒定鐵死亡相關的標志物和調控因子以及鐵死亡關聯(lián)疾病的數(shù)據(jù)庫 。截止到目前為止，該數(shù)據(jù)庫從PubMed數(shù)據(jù)庫下載了784篇關于鐵死亡的文章，并從中提取整理了259個調控基因、111個標記和95個鐵死亡相關疾病 。FerrDb中的數(shù)據(jù)都可免費下載和使用。

FerrDb網(wǎng)址：http://www.zhounan.org/ferrdb

一、網(wǎng)站主頁

二、直接搜索基因

在檢索框中，輸入我們想討研究的鐵死亡基因，我們以GPX4為例。

在結果頁面我們可以看出在Driver，Inducer, Inhibitor和Disease分類中無結果，在Suppressor和Marker分類中檢索到了結果，說明GPX4是鐵死亡的抑制基因和標志物。結果中GPX4的相關信息包括ID、驗證方法、實驗對象、作用途徑、蛋白編號和參考文獻等等。

?? 點擊“View”可以看到詳細的基因鐵死亡作用途徑：

???點擊“UniProtKB” 藍色鏈接可以直接進入Uniport網(wǎng)站查看該基因其他更多的詳細信息 ：

?? 點擊“PMID” 可以直接鏈接到pubmed中的參考文獻：

三、六種分析模塊

在網(wǎng)站首頁我們可以看到有六個研究模塊，包括Drivers ，Suppressors ，Markers ，Inducers， Inhibiters和 Diseases。

?? Drivers模塊研究促進鐵死亡的基因；

?? Suppressors模塊研究抑制鐵死亡的基因；

?? Markers模塊研究標記鐵死亡發(fā)生的基因；

?? Inducers 模塊研究可以引起鐵死亡的小分子；

?? Inhibiters模塊研究可以抑制鐵死亡的小分子；

?? Diseases模塊研究與鐵死亡相關的疾病和鐵死亡在其中的作用。

我們以Driver和Disease為例：

?? 點擊Driver，進入如下頁面：

這里展示的基因的信息與上述一致，包含ID、驗證方法、實驗對象、作用途徑、蛋白編號和參考文獻等等，不再展開介紹。

?? 點擊Disease，進入如下頁面，顯示與鐵死亡相關的疾病，涉及的基因鏈接和文獻鏈接：

四、主菜單功能

主菜單中可以直接找到在主頁面直接鏈接的部分內容，另外，可以從主菜單中進入數(shù)據(jù)下載和基因互作網(wǎng)絡展示等。

?? 在Brower下拉框中，前面的幾項與主頁面的鏈接內容是一樣的，多了一項Multirole regulator，點擊后，出現(xiàn)如下表格：

點擊某一基因，進入基因信息頁面，與直接搜索某基因的結果一致：

???點擊“Download”，進入以下頁面：

在鐵死亡相關文獻中發(fā)現(xiàn)了259個基因，這些基因的注釋揭示了108個驅動基因，69個抑制基因和111個基因標志物。這三種基因之和是288個基因，與259個不符，是因為有多個基因屬于多個注釋集，如venn圖所示。表格中也展示了調控鐵死亡的小分子數(shù)量，及其中被標記為誘導劑和抑制劑的數(shù)量，鐵死亡關聯(lián)的疾病種類的數(shù)量等。在Annotation data中，這些數(shù)據(jù)可以以不同的文件形式下載。

???點擊“Utilities”下拉框中的“regulation network”，進入以下頁面：

可以選擇展示Driver或Suppressor的網(wǎng)絡，是整合各個途徑來生成的調控網(wǎng)絡，并可以點擊特定節(jié)點查看子網(wǎng)絡：

比如，我們點擊Suppressor中的TP53，可以生成TP53的調控子網(wǎng)絡：

結語

本次鐵死亡數(shù)據(jù)庫的使用就展示到這里，里面細節(jié)的部分，小伙伴們可以根據(jù)自己的需要進一步挖掘內容，一起實操起來吧！

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參考文獻

Zhou N, Bao J. FerrDb: a manually curated resource for regulators and markers of ferroptosis and ferroptosis-disease associations. Database (Oxford). 2020;2020:baaa021. doi:10.1093/database/baaa021